易基因｜宏病毒组测序技术介绍

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病毒宏基因组学（Meta-virome）是在宏基因组学理论的基础上，结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支，是某类样本中所有病毒(virus)或病毒类似物(virus-like-particle)及其所携带遗传信息的总称。宏病毒组直接以环境中所有病毒的遗传物质为研究对象，能够快速准确的鉴定出环境中所有的病毒组成，在病毒发现、病毒溯源、微生物预警等研究方面具有重要作用。宏病毒研究可应用于人或动物肠道或者血液样本、海洋、土壤等的研究，用以挖掘潜在的对人类和环境的危害。

易基因科技同丹麦哥本哈根大学知名微生物课题组联合开发高效的宏病毒组颗粒富集方法，可对微量样本进行病毒颗粒富集，并保证病毒活性及高均质性，为宏病毒组学、噬菌体与细菌之间的互作关系等研究提供优良技术支持，保驾护航！

技术优势：

对样本进行病毒颗粒富集，实现微量样本中的病毒组进行有效分离。
对噬菌体不造成损伤，最大程度保证了病毒活性，适用于下游FVT研究。
相较于传统的PEG，CsCl等方法，均质性高，噬菌体偏好性低。
全面的数据分析策略，定制的多组学关联数据挖掘。

研究方向：

宏病毒组学研究在病毒发现、病毒溯源、微生物预警等研究方面具有重要作用：

农业领域：环境污染、生态系统破坏和作物残留化学物质
生态环境领域：调控寄主群落结构、参与元素地球化学循环、基因水平移动媒介
医药领域：噬菌体和噬菌体疗法的研究、人体肠道病毒组研究

技术路线：

实验策略：

分析内容：

送样要求：

经典案例

医学方向（合作团队研究）

噬菌体是粪便病毒组的主要成员，粪便病毒组移植（FVT）或能有效的调节肠道菌群。Gut最新发表了来自丹麦哥本哈根大学团队（易基因合作方）的研究，在该项概念验证试验中发现，接受瘦小鼠的粪便病毒组移植后，饲喂高脂食物的小鼠体重增长变慢，同时还能保持正常的血糖指标，FVT引起的肠道菌群变化介导了这些保护性功能代谢作用。这项研究表明，FVT疗法或能用来改善肥胖和糖尿病等肠道菌群相关代谢类疾病。

农学方向：

对猪粪便样本的病毒组和微生物组分析表明，噬菌体和原噬菌体很少携带抗生素抗性基因

Billaud,et al.(2021). Analysis of viromes and microbiomes from pig fecal samples reveals that phages and prophages rarely carry antibiotic resistance genes. ISME Communications. 1. 55. 10.1038/s43705-021-00054-8.

1.背景：

了解抗生素抗性基因（ARGs）的传播对人类健康至关重要。为此，有必要确定哪种类型的可移动基因元件（MGEs）能够将它们从动物宿主传播到人类病原体中。先前研究表明，在猪粪便中，抗生素抗性基因（ARGs）可能由噬菌体编码。然而由于细菌DNA污染问题，仍然缺乏令人信服的证据证明猪病毒组中的噬菌体编码ARGs。

2.方法：

收集14个猪或仔猪的粪便样本，使用标准程序对纯化的病毒组（VP）和总微生物组（P）进行DNA提取进行深度测序分析，以研究噬菌体和原噬菌体编码的ARGs。

3.结论：

本研究结果显示ARGs不存在于活性病毒体形成的噬菌体基因组中（低于病毒组中病毒重叠群的0.02%），但存在于三个原噬菌体中，占微生物组数据集中鉴定的病毒重叠群的0.02%。然而在病毒组中没有检测到对应的噬菌体，其遗传图谱表明可能有缺陷。研究结果表明在猪粪便样本中，噬菌体和原噬菌体很少携带ARGs。此外，本研究数据首次全面了解了前噬菌体和病毒颗粒之间的相互作用，并揭示了inoviruses和Oengus-like两大噬菌体分支。

在猪粪便样本噬菌体和原噬菌体重叠群中发现的ARGs

参考文献：

① Faecal virome transplantation decreases symptoms of type 2 diabetes and obesity in a murine model DOI: 10.1136/gutjnl-2019-320005

② Billaud,et al.(2021). Analysis of viromes and microbiomes from pig fecal samples reveals that phages and prophages rarely carry antibiotic resistance genes. ISME Communications. 1. 55. 10.1038/s43705-021-00054-8.

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