javplayer 使用教程_药物设计软件Sybyl教程（一）：基于Tripos力场对小分子配体进行结构优化...

文 / 利刃君微信ID/ ziyuanliren666全文共1104字，推荐阅读时间6分钟。

教程内容：

以SYBYL-X 2.0软件为例，对小分子配体进行基于Tripos力场的能量最小化计算，优化分子结构，获得合理构象。

视频教程

建议在wifi环境下观看~

图文教程

1.导入结构

点击File > Import File，Files of type选molecule，在Directory选择小分子所在的文件位置，然后在Selection 列表中点击需导入的分子，点击OK。

2.重命名分子

在分子显示界面，鼠标左键点击选择小分子，点击Edit > Molecule> Name可更改小分子名称，利刃君这里命名为tripos_BP，点击OK。

3.添加力场，指定电荷类型

点击Compute > Minimize > Molecule，打开在Minimize对话框

点击Modify打开Energy对话框；

设置Force Field选项菜单为Tripos；

设置Charges选项菜单为Gasteiger-Huckel电荷；

点击OK。

4.进行能量最小化

在Minimize对话框中，点击Minimize Details，打开Minimize Details对话框；

设置最大重复次数(Max. Iterations)为1000；

设置Gradient为0.005；设置Color Option为Force；

点击OK。

5.运行任务

在Minimize对话框中，将job name更改为tripos_BP，点击OK运行任务；

可在文本窗口中看到计算过程，待计算完成后，结果信息会显示出来。

6.保存小分子结构

分子结构优化完成后，可点击File > Export File > Save Molecule，将文件名更改为tripos_BP，格式选择.mol2，点击Save进行保存，方便后续使用。

以上就是利刃君为大家带来的借助Sybyl软件进行基于Tripos力场对小分子配体进行结构优化的教程啦~

更多Sybyl软件使用教程，进入“叮当学术”公众号首页，点击下方菜单栏”分子模拟“中的”Sybyl教程“子菜单即可获取~

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