【3】SimpleIKT读取.nii文件

【1】参考文献

医学图像处理

SimpleITK、pydicom的安装使用——踏上python生物医学图像处理的初学之路

【2】代码

#!/usr/bin/env python
# -*- encoding: utf-8 -*-
'''
@File    :   test10.py
@Time    :   2021/04/30 17:56:59
@Author  :   Jian Song
@Contact :   1248975661@qq.com
@Desc    :   None
'''# here put the import libimport SimpleITK as itk
from matplotlib import pyplot as plt
import cv2
import os
'''
[1]SimpleIKT 读取数据
需要注意，SimpleIKT读取出来的图片的维度顺序与NiBabel 不同
https://blog.csdn.net/Emily_Buffy/article/details/104879558?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-baidujs_title-1&spm=1001.2101.3001.4242[2]批量nii文件转换为png图像
https://blog.csdn.net/weixin_43330946/article/details/89576759Question1:如果不保存图片，怎么将nii文件的图像信息转换为普通的图像像素信息，设计到图像的方向、圆点、缩放尺寸的变化。
'''#创建一个不存在的文件夹
def  makefilepath(folder_path):   if not os.path.exists(folder_path):  #判断是否存在文件夹如果不存在则创建为文件夹os.makedirs(folder_path)#显示.nii文件
def show_nii(img):num=1for i in range(0,img.shape[0],10):plt.imshow(img[i,:,:],cmap='gray')       plt.subplot(4,6,num)num+=1#print("Translate success！The total are %s"%num)#将.nii文件转换为png图片并存放在文件夹中
def niitopng(img):num=1for i in range(0,img.shape[0],1):makefilepath("./spliteimg/")str1="spliteimg/"+str(i)+".png"cv2.imwrite(str1,img[i,:,:])num+=1#该函数原本是想将nii文件的图像转换为普通图像后压入到列表中
#问题1：nii文件的像素值范围不在0-255，远大于或者小于该区间，如何调整？？ 暂未解决
#将.nii文件转换为单张图像压入到列表中，
def niiintolist(img):imglist=[]for i in range(0,img.shape[0],1):        image_one=img[i,:,:]cv2.imshow("test image",image_one)if i==1:print(image_one.shape)cv2.waitKey(100)imglist.append(image_one)#将单张图像的像素数据写入到文件中
def savevalue(image):with open("result.txt","a") as f:for i in range(image.shape[0]):for j in range(image.shape[1]):f.write(str(image[i][j]))f.write(' ')f.write('\n')print("打印了第%s行"%j)print("save succesful!")if __name__=="__main__":itk_img=itk.ReadImage('F:\\mediacldata\\Pancreasimages\\Pancreas-CT\\data\\PANCREAS_0001.nii.gz')img=itk.GetArrayFromImage(itk_img)print(img.shape) #(144, 192, 160)show_nii(img)# niitopng(img)plt.show()# niiintolist(img)

【3】结果展示

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