Nibabel 读取 nii 文件和 nii.gz 文件

读取nii文件并且将nii文件转换为png格式

import numpy as np
import nibabel as nib
import os
import imageio# 文件路径
nii_path = 'your nii path'
save_path = 'your save_path'# 1. 提取niifile文件（其实是提取文件）
img = nib.load(nii_path)
# 获取niifile数据
img_fdata = img.get_fdata(dtype = np.float64)# 2. 根据需求将CT值在阈值之外的截断掉
upper = 1000
lower = -1000
img_fdata[img_fdata > upper] = upper
img_fdata[img_fdata < lower] = lower# 打印数据的shape
print(img_fdata.shape)# 3. 将数据转存
(x, y, z) = img_fdata.shape
for i in range(z):silce = img_fdata[:, :, i]  # 三个位置表示三个不同角度的切片imageio.imwrite(os.path.join(save_path, '{}.png'.format(i)), silce)

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