Python与Julia结合使用的个人经验
Python与Julia结合使用的个人经验
- 一、库的创建
- 1.1. Python库的创建
- 1.2. Julia包的创建
- 二、库的调用
- 2.1. Julia调用Julia包
- 2.2. Python中调用Python库
- 2.3. Julia调用Python库
- 2.4. Python中调用Julia包
- 三、Tips about VS Code
本人非专业程序员,下面讲的是我从事科学计算时得到的一点心得。
Julia速度很快,我随手写的Julia代码,常常比我精心用numba优化的Python代码快。但另一方面,Python确实令我难以割舍。一是Julia绘图国内教程较少,我看官方文档也画不出满意的图;二是Python的库确实很多,上至很多专业软件都出了相应的Python库,下至我们组内也流传着师兄写的伪彩图函数。
因此我还是希望Python继续发挥“胶水”的作用,来整合 自己写的Julia包以及其他程序结果。
一、库的创建
1.1. Python库的创建
暂略。搜__init__.py
的用法。
1.2. Julia包的创建
关于包的创建,暂且先参考这个视频。
下次我再创建包的时候,可以来记录下我的简单流程。
第一步,我们需要Julia REPL,目录为你要放置包的目录。
比如我的包都放在
"D:\\Documents\\Julia\\MyModules"
中,我是windows平台,在这里shift+右键
,选择“在此处打开Powershell窗口”,然后输入Julia
启动REPL。这时默认就是上面的文件夹:
julia> pwd()
"D:\\Documents\\Julia\\MyModules"
(其实VSCode下面的窗口也可以)
第二步,按下]
切换到包管理模式——我们要创建包,所以后面都是在包管理模式下。输入generate 包名
。于是,在你当前文件夹下面会出现两个文件:
(@v1.6) pkg> generate 包名Generating project 包名:包名\Project.toml包名\src/包名.jl
这里:
包名
一整个文件夹就是你的包;- 包目录下面
src
文件夹是代码文件存放处;src
下面的包名.jl
则是和包同名的源文件。包的主体:module...end
模块、using
了哪些别人的包、export
了哪些函数,就在这里。如果你有很多文件,可以用include("./XXX.jl")
来包含。
- 包目录下面
Project.toml
是程序员能看懂的环境管理信息。你的包如果调用别的包,在这里就能看到所依赖的版本。
- 包目录下面
第三步,切换到包目录,即Project.toml
所在的目录。然后利用Project.toml
的内容:
(@v1.6) pkg> activate .Activating environment at `D:\Documents\Julia\MyModules\包名\Project.toml`(包名) pkg>
激活当前文件夹所在的环境。注意pkg>
前面会变成你的包名。
第四步,
(包名) pkg> instantiateNo Changes to `D:\Documents\Julia\MyModules\包名\Project.toml`No Changes to `D:\Documents\Julia\MyModules\包名\Manifest.toml`
很明显,初始化一些东西。此时会额外在跟目录下生成Manifest.toml
文件。它是机器看得懂的Project.toml
。听说如果你调用别人的库,可以锁代码版本,我不会。后面你添加了别人的包,这里也会更新。这个貌似后面要经常更新。
第五步(其实可以穿插在编辑源码的过程中),添加一些包,
(包名) pkg> add 其它包名
二、库的调用
2.1. Julia调用Julia包
假设你已经创建了自己的程序库/包,可以研究下这段代码:
tryglobal computername = ENV["COMPUTERNAME"] # windows电脑只有"COMPUTERNAME"
catchglobal computername = ENV["HOSTNAME"] # Linux只有"HOSTNAME"
endif computername == "家里电脑"push!(LOAD_PATH, "E:/Documents/JuliaProgram/MyModules/") # 只有一个平台的看这一行就好
elseif computername == "宿舍电脑"push!(LOAD_PATH, "F:/Documents/JuliaProgramme/MyModules")
elseif computername=="DESKTOP-FDIN0I7"push!(LOAD_PATH, "D:/Documents/Julia/MyModules")
end
上面之所以要global
是因为Julia中文文档-变量作用域中有写,try...catch...end
会引入局部的作用域(局部作用域是一个易错点):
- 若之前
computername
已经定义,它会出现歧义警告,并在try
内创建局部变量(注意:交互和非交互结果不同); - 若之前
computername
未定义,则只会在try
内创建局部变量,用完就丢掉。为了防止变成全局变量,需要加上global
来提示。
这段代码,总的来说实现了两个功能:
- 将你自己的包目录添加到搜索目录;
- 不同电脑/服务器可以运行同样的代码。第一行是为了获得电脑名;后面是为了针对不同的电脑/服务器(不同电脑可以用onedrive、坚果云、群晖等等同步同一个个人程序库),分别将你的包目录添加到
LOAD_PATH
,这样你using
或者import
的时候,Julia就会分情况添加你的库。
2.2. Python中调用Python库
import socket, sys
host_name = socket.gethostname()
if (host_name == 'localhost.localdomain'): sys.path.insert(0, '/home/XXX/MyFunction') # 导师工作站
if (host_name[0:6] == 'acc-ap'): sys.path.insert(0, '/sharefs/heps/user/XXX/MyFunction') # acc-apXX服务器
if (host_name == 'DESKTOP-FDIN0I7'): sys.path.insert(0, 'D:/Documents/PythonFiles/001.科研/000.Accelerator/MyFunctionForAccelerator') # 办公室电脑
if (host_name == '宿舍电脑'): sys.path.insert(0, r'F:/Documents/PythonProgramme/001.科研/000.Accelerator/MyFunctionForAccelerator') # 宿舍电脑
if (host_name == 'XXXXX'): sys.path.insert(0, r'D:/PythonFile/001.科研/000.Accelerator/MyFunctionForAccelerator') # Surface
if (host_name == '家里电脑'): sys.path.insert(0, r'E:/Documents/PythonProgramme/001.科研/000.Accelerator/MyFunctionForAccelerator') # 家里电脑
前两段是为了获得电脑/服务器名,剩下就是为了针对不同电脑,将各自的库文件夹添加到Python搜索的目录。
2.3. Julia调用Python库
需要安装PyCall
这个Julia包。
请注意下面py
前缀,这个在Julia中称为“宏”,类似Python中的“装饰器”。我的理解,它的作用就是:
- 打开python内核(如果这段程序前面没有打开的话);
- 提交后面紧接的文字给python内核——有点像你在python终端中打字给它;
- 等着新的指令——意味着后面可以接着前面继续执行。
using PyCallpy"""
import matplotlib.pyplot as plt
plt.style.use("science")
"""xdata = [0.0, 1, 2, 3, 4]
ydata = [4.0, 3, 2, 1, 0]py"""
def plot1(xdata, ydata, xlabel, ylabel):plt.figure(figsize=(3,3), dpi=200)plt.plot(xdata, ydata)plt.grid()plt.xlabel(xlabel)plt.ylabel(ylabel)plt.show()
"""py"plot1"(xdata, ydata, raw"$x$", raw"$y_1$") # 这里有传参的方法
可以看到我三次分别提交的py
装饰的python程序片段,它都能正确执行。
2.4. Python中调用Julia包
需要安装Julia
这个Python库。
from julia import Mainloadpath="""
tryglobal computername = ENV["COMPUTERNAME"]
catchglobal computername = ENV["HOSTNAME"]
endif computername == "家里电脑"push!(LOAD_PATH, "E:/Documents/JuliaProgram/MyModules/")
elseif computername == "宿舍电脑"push!(LOAD_PATH, "F:/Documents/JuliaProgramme/MyModules")
elseif computername=="DESKTOP-FDIN0I7"push!(LOAD_PATH, "D:/Documents/Julia/MyModules")
endusing DoubleRFs # 导入自己写的包
"""
Main.eval(loadpath) # 这段就会启动Julia内核、执行上面的Julia代码,并等待着
Main.eval(s)
的作用,类似于你在Julia终端输入了s
这个字符串。终端会从你输入的这行字识别出你知道想干什么,并返回值。
x, y=Main.eval("DoubleRFs.getSynchrotronTunes(400, 3643872.777, 6e9, 1.560987361026252e-5, 2.0399026, -0.584545192849095, 0.1806991469840516, 756, 3, 1360.4)")
万幸Julia内核/终端会在后面等着你输入——我这里第二次提交Main.eval()
,可以看到它接着第一次using DoubleRFs
继续执行了。
这里x, y
获得的结果是正常的(只不过数值类型从Julia中的Vector
变成python中numpy
的numpy.ndarray
了)。
plt.plot(x, y, ".")
plt.xlabel(r"$z$")
plt.ylabel(r"$\nu_s$")
plt.show()
三、Tips about VS Code
如果你用到VSCode,可以在打开.jl
代码时,点开设置-用户代码片段-julia.json
,添加如下片段:
{// Place your snippets for julia here. Each snippet is defined under a snippet name and has a prefix, body and // description. The prefix is what is used to trigger the snippet and the body will be expanded and inserted. Possible variables are:// $1, $2 for tab stops, $0 for the final cursor position, and ${1:label}, ${2:another} for placeholders. Placeholders with the // same ids are connected.// Example:// "Print to console": {// "prefix": "log",// "body": [// "console.log('$1');",// "$2"// ],// "description": "Log output to console"// }"My Julia Module":{"prefix": "MyModule","body": ["try"," global computername = ENV[\"COMPUTERNAME\"]","catch"," global computername = ENV[\"HOSTNAME\"]","end","if computername == \"家里电脑\""," push!(LOAD_PATH, \"E:/Documents/JuliaProgram/MyModules/\")","elseif computername == \"宿舍电脑\""," push!(LOAD_PATH, \"F:/Documents/JuliaProgramme/MyModules\")","elseif computername==\"DESKTOP-FDIN0I7\""," push!(LOAD_PATH, \"D:/Documents/Julia/MyModules\")","elseif computername==\"TINA\""," push!(LOAD_PATH, \"D:/JuliaProgramme/MyModules\")","end",]}
}
以后在.jl
(julia文件)中键入MyModule
就会出来这一整个片段。
python类似,就是.py
文件时,编辑python.json
文件。
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