rsem比对_无参转录组分析:使用 Trinity 进行转录本拼接(参考脚本)
1,参考脚本:
nohup /home/zxd/software/trinityrnaseq-Trinity-v2.4.0/Trinity --seqType fq --max_memory 4G --CPU 1 --samples_file ../sample.txt --SS_lib_type RF >trinity.log 2>trinity.err &
2,链特异性参数设不对 结果全是错的
一.文库类型
转录组文库构建的时候,可以选择链特异性文库或非链特异性文库。
链特异性文库,我们清楚的知道得到的 reads 跟转录本是同向的还是反向的。
链特异性文库构建,有多种方法,最常用的就是基于 dUTP 的方法。
文库类型有两种表示方法。
第一种表示方法:
第二种表示方法:
二.参数设置
在数据分析中,最复杂、最容易出错、出错了影响最为严重的除了用错书记,就是搞错文库类型参数了。设置错了可能导致转录本很短、表达量极低、比对率极低等。在数据分析的时候,一定要问清楚构建文库的实验人员。
常用软件的参数设置如下。
1. 转录本拼接软件
在进行转录本拼接的时候,需要考虑链特异性的问题。
1.1 Trinity
非链特异性 默认,不需要设置
链特异性 参数为:—SS_lib_type ,如果使用dUTP,值为 RF
1.2 cufflinks
非链特异性 —library-type fr-unstranded, 默认
链特异性 如果使用dUTP:—library-type fr-firststrand
2. 将 reads 比对到基因组的软件
2.1 tophat
非链特异性 —library-type fr-unstranded, 默认
链特异性 如果使用dUTP:—library-type fr-firststrand
2.2 hisat2
非链特异性 默认,不需要设置
链特异性 如果使用dUTP: —rna-strandness RF, 添加了该参数后,每条 reads 将在 sam 文件中出现 XS 的tag,‘+’ ‘-’ 代表该 reads 所在的转录本与基因组序列的关系。
2.3 STAR
STAR 的比对中,不需要手动设置文库类型的参数。
3.表达定量
表达定量软件根据比对的 sam 文件,计算 read counts,需要提供链特异性信息。
3.1 eXpress
非连特异性 默认,不需要设置
链特异性 如果使用dUTP:—rf-stranded
3.2 RSEM
RSEM 使用 --strandedness 参数设置 。
非链特异性 --strandedness none
链特异性 如果使用dUTP: --strandedness reverse
参考:本文来自 基因课,生物信息视频课程
rsem比对_无参转录组分析:使用 Trinity 进行转录本拼接(参考脚本)相关推荐
- 分析方法升级三代测序辅助,优化无参转录组测序策略
分析方法升级&三代测序辅助,优化无参转录组测序策略 无参转录组拼接升级 Corset 让"基因"概念更准确 在无参转录组项目中,利用主流软件 Trinity 进行 De n ...
- 使用Trinity 软件进行拼接(无参转录组)
文章背景(此背景非彼背景) 本文主要是对Trinity软件的背景.安装以及参数做一个详细的介绍.别问为什么没有接着做 02--转录组分析--软件下载:因为发现师兄留下来的数据是需要用无参转录组进行分析 ...
- java 反射无参方法_无参构造方法 ? 反射
若一个类中未定义默认的构造方法,当通过反射的机制这个类的实例会报下面的错误: Exception in thread "main" java.lang.[b]Instantiati ...
- 宏转录组方法_最后一周|高级转录组分析和R语言数据可视化第十二期 (线上线下同时开课)...
"福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析.宏基因组.Python课程线上直播课.报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下 ...
- 高级转录组分析和R语言数据可视化第十三期 (线上线下同时开课)
" 福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析.宏基因组.Python课程线上直播课.报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线 ...
- 本周开课 | 第 17 期高级转录组分析和R数据可视化火热报名中!!!
福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现安排<高级转录组分析和R数据可视化>于2022年4月15-17 线上/线下课程 (线上课是通过腾讯会议实时直播线下课,实时 ...
- 第16期高级转录组分析和R数据可视化培训(2022年1月)
福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现安排<高级转录组分析和R数据可视化>于2022年1月14-16 线上/线下课程 (线上课是通过腾讯会议实时直播线下课,实时 ...
- 2021年最后一期 | 转录组分析的正确姿势你了解了吗?
转录组分析是目前应用最广的高通量测序分析技术之一.常见设计是不同样品之间比较,寻找差异基因.标志基因.协同变化基因.差异剪接和新转录本,并进行结果可视化.功能注释和网络分析等. 转录组的测序分析也相对 ...
- 相约2023 | 第 20 期高级转录组分析和R数据可视化火热报名中!!!
福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现安排<高级转录组分析和R数据可视化>于2023年02月17-19 线上/线下课程 (线上课是通过腾讯会议实时直播线下课,实 ...
最新文章
- pandas中dataframe索引排序实战:pandas中dataframe索引降序排序、pandas中dataframe索引升序排序
- oracle死锁trace,Oracle 学习之性能优化(十)锁
- scala 数据类型体系一览图
- ProgressBar 类
- python类的构造方法名称_搞懂Python的类和对象名称空间
- corosync和pacemaker实现httpd和mysql双集群
- android友盟错误日志,Taro(React-native)集成友盟错误日志分析U-App移动统计
- 2020年灵活用工行业研究报告
- 雷军自曝25年前旧照 网友发现端倪:25年前就有MIX 2S了?
- 【ElasticSearch】ElasticSearch 7.8 IK 同义词 配置
- 分治法——查找问题 —— 寻找一个序列中第k小的元素和查找最大和次大元素
- python按条件拆分列表元素_Python按多个元素和条件拆分列表
- 读取SAE J1939协议数据流
- iPhone13全系列参数对比
- vul/0day/shellcode/payload/poc/exp
- 华为设备如何将接口配置为中继模式_华为无线路由器怎么设置中继
- 打印机服务器显示未连接,解决win10打印机提示“无法连接打印机 后台处理程序未运行”的方法...
- apache评分条件_APACHE Ⅲ 评分标准.doc
- 计算机管理 存储空间不足,win10系统提示“存储空间不足无法处理此命令”的处理技巧...
- 基于大数据的模型预测用户是否会进行交易 文档+答辩PPT+Python源码及数据