NCBI数据上传（一）：扩增子测序数据

本篇文章把上传数据（扩增子测序）的步骤尽可能详细的整理出来，希望能对各位科研工作者有所帮助。其它类型数据上传讲解将依次在后续推文中奉上，大家持续关注哦！

1.注册及登录账号

1）注册一个NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）网页：按照提示填写账号、密码、邮箱等信息。

2）登录账号，点击左上角的NCBI大图标回到NCBI的主页，然后点击图中Submit按钮进入提交数据页面。

2.生成Biosample编号

1）进入Submit界面之后点击Make a selection的小三角，选择Biosample，点击GO。（提交数据前必须先把样品信息录入生成Biosample编号。

2）在下一个界面中点击蓝色按钮New submission。

3）进入如下页面，根据实际情况填写提交者的信息：包括姓名，邮箱（需要填写一个以单位后缀邮箱），学校学院，单位地址，填写完成点击Continue。

4）接下来填写数据释放的时间，可选择立即释放，也可选择指定日期；下一个选项选择batch/Multiple Biosamples，然后点击Continue即可。

5）接下来选择样品类型Sample Type，通常的微生物多样性样品选择第四个选项Metagenome or environmental sample，特殊的样品类型也可根据实际情况选择。然后点击最下方的Continue。

6）接下来填写样品信息Attributes，在线填写和上传excel文件都可，小编习惯下载他们的模板填写后上传的方式：点击第二个选项，然后Download Excel。

7）打开该Excel，文件如下，以本次提交的3个样品为例，其中绿色的栏目为必填项，如果不知道具体信息就填写“not collected”，填的越详细NCBI审核的速度会越快，如果都填“not collected”也可以，不过NCBI反馈给你Biosample编号会慢一些，大约需要2-3天。

8）上传之后就可以点击Continue进入下一个关卡了。值得注意的是，很多同学在点击Continue后会报错，网站提示有重复样品名称（但实际上表格里没有重复），这时候您需要在之前的excel表的最后一列再加一列replication，赋予每个样品不同的重复值即可，然后再次上传即可进入下一步。

9）接下来就是生成BioSample的最后一步，确认信息后点Submit即可。

10）接下来要做的就是坐等NCBI的邮件，第一封邮件是点击Submit后自动发送的，可以忽略。我们需要等的邮件是包含Biosample编号的邮件，如下图所示。这封邮件里会详细说明您的每个样品跟Biosample accession号的对应关系，后续上传raw data需要用到。

3.raw data上传

1）待收到BioSample编号之后，我们要再次登录NCBI，进入Submit界面，这次我们选择Sequence Read Archive(SRA)，然后点击New submission进入最后的数据上传关卡。

2）同样的，第一步填写个人信息。

3）填写通用信息，这里我们没有注册Bioproject号，所以选择No（也可以单独申请Bioproject编号，小编认为那样操作有点繁琐）。Biosample这里要选择yes，Release date根据需要选择即可。点击Continue。

4）接下来到了Bioproject阶段，根据实际项目内容填写项目的摘要，简单的几个词描述一下就可以了。后边的几个选项没有特殊情况的话第一个选择No，其他的不填即可。然后Continue。

5）跟Biosample差不多，也需要填写一个表格，在线填写和下载模板填写再上传一样的，小编以下载Excel表格填写为例。

6）这个表格是这个样子的：biosample accession编号就是邮件里的编号，library_ID这里可以自行命名只要不重复即可。剩下的选项如图所示，通常情况是这样填写，在filename那里，请各位同学一定要保证跟后续要上传的文件名完全一致，并且不能有“,”、“-”等奇奇怪怪的符号，如果有可以改成下划线“_”或者删掉。

7）接下来就是最后一步了，上传数据。在这里，我们需要安装一个IBM的软件——Aspera Connect用于大数据传输（下载地址：https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list，下载安装即可，推荐使用360浏览器，与Aspera关联比较方便，如果实在不会使用可以留言或者加小编微信获取详细使用方法）。

8）选择图中第一个选项，在choose files选择你的所有文件，网站会自动使用Aspera帮您上传文件，速度很快。出现下图的界面就说明正在上传中了。

9）上传完成后点击Continue后会弹出一个确认界面，信息无误后，点击Submit即可完成上传。接下来就是等待NCBI的工作人员审核数据，绝大部分情况下是没有问题的，2天内会收到确认邮件，其中就包含编辑需要的数据登录号。

有其他问题，可以通过下面方式联系我们！咨询电话：027-63497508

NCBI数据上传（一）：扩增子测序数据相关推荐

NCBI数据库—上传16S rRNA测序数据
NCBI上传16S rRNA测序数据 1.登陆NCBI官网 NCBI官网链接 2.选择上传序列类型上传16S rRNA测序数据,直接选16S rRNA就可以,然后弹出上传数据集的类型,选择SRA 3 ...
检查文件上传完成_“我的数据上传NCBI又报错了...” “攻略拿去！”
在上一期的内容中,我们分享了NCBI测序数据上传的主要步骤和资料填写的注意事项.今天跟大家分享最后一步:原始测序数据的上传以及上传后项目编号的相关类型和含义. 图1 NCBI测序数据上传步骤 | 原始 ...
监测现场实时数据上传到中移物联网OneNet云平台
OneNet,中移物联网云平台,是由中国移动打造的PaaS物联网开放平台.平台能够帮助开发者轻松实现设备接入与设备连接,快速完成产品开发部署,为智能硬件.智能家居产品提供完善的物联网解决方案(摘自36 ...
NCBI|叶绿体基因组数据上传
叶绿体基因组NCBI上传小编最近在NCBI上传了好几次数据-想着可以把具体的上传步骤写下来,供大家参考.以下是叶绿体基因组的上传示例,大家可以瞅瞅图片准备工作 1.登录NCBI官网:https: ...
组学数据上传（五）：代谢组学数据
继扩增子.转录组.蛋白组.基因组数据上传教程发布后,组学数据上传教程最后一弹--代谢组数据上传教程来罗,有需要的一定要点赞加收藏!后续上传数据遇到问题可以私聊小编!接下来我们来了解下代谢组学常用数据库 ...
数据上传（三）：蛋白质组学数据
数据上传需要知道的小知识为什么上传数据? 1. 供审稿人检查数据与数据处理流程. 2. 与学术界共享,其他人得以再次利用数据进行深度挖掘或不同角度进行研究(你也可以下载并再利用别人的数据). 3. ...
2020-08-20 将数据上传到 S3 或从S3下载
将数据上传到 S3 在上个 notebook 中,你应该使用给定剽窃/非剽窃文本数据语料库的特征和类别标签创建了两个文件:training.csv 和 test.csv 文件. 以下单元格将加载一些 ...
接口请求，上传byte数组byte[]数据异常，负数变正数/负数变63
接口请求,上传byte数组byte[]数据异常,负数变正数/负数变63 参考文章: (1)接口请求,上传byte数组byte[]数据异常,负数变正数/负数变63 (2)https://www.cnbl ...
【AllJoyn专题】基于AllJoyn和Yeelink的传感器数据上传与指令下行的研究
接触高通物联网框架AllJoyn不太久,但确是被深深地吸引了.在我看来,促进我深入学习的原因有三点:一.AllJoyn开源,对开源的软硬件总会有种莫名的喜爱,虽然或许不会都深入下去:二.顺应潮流,物联 ...
MaxCompute Tunnel SDK数据上传利器——BufferedWriter使用指南
为什么80%的码农都做不了架构师?>>> 摘要: MaxCompute 的数据上传接口(Tunnel)定义了数据 block 的概念:一个 block 对应一个 http re ...

NCBI数据上传（一）：扩增子测序数据

NCBI数据上传（一）：扩增子测序数据相关推荐

最新文章

热门文章