NCBI|叶绿体基因组数据上传
叶绿体基因组NCBI上传
小编最近在NCBI上传了好几次数据…想着可以把具体的上传步骤写下来，供大家参考。以下是叶绿体基因组的上传示例，大家可以瞅瞅 图片
准备工作
1.登录NCBI官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/， 依次点击“sign in to NCBI”——“See more 3rd party sign in options”——搜索“Microsoft live.com”。
”sign in to NCBI“
”See more 3rd party sign in options“
选择你登录的方式，小编使用的是“Microsoft live.com”
2. 登录账户：输入邮箱账号，点击“下一步”，稍后输入密码。
3.点击上传数据：
点击“submit”
点击“GenBank”目录下中间的“submit”
点击“start Banklt Submission”，开始上传
上传任务信息填写
上传任务概览，完成这几个部分的信息填写，即可上传成功！！
01 Contact
填写联系人的相关信息，包括姓名 、学校 、学院、地址 、城市、所在地区/省份、 邮编以及邮箱等。
02 Refrence
填写提供序列的作者姓名。
03 Sequencing Technology
请根据实际情况依次填写以下信息：（以下仅作示例展示）
测序平台、组装情况、组装软件、版本、样本名、覆盖率，填写完成点击“continue”；
04 Nucleotide
请根据实际情况依次填写以下信息：（以下仅作示例展示）
- 选择序列发表的时间
- Molecule Type，分子类型：这里选择“Other genomic DNA”
- Topology，拓扑结构：这里选择“circle”
- 是否提交完整的细胞器基因组序列：因为我们提交的是叶绿体，所以这里选择“Yes”
- 上传序列文件：fasta文件（上一步选择“Yes”则需上传）。需要在fasta 文件中的第一行加上拉丁文的物种名。
格式如下：Seq1 [organism=genus species] （注意名称后面有一个空格）
填写完毕，继续进行下一步，点击“continue”。
fasta文件格式示例
***注意：如果不知道物种的拉丁文名称，可以按以下方式查找：
①登录此网站https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/，查询物种的拉丁名；
②点击“Nucleotide BLAST”；
③在图中标红的方框内输入部分序列，点击“BLAST”；
④选择相似度最高的物种，如100%相似度，即可得到此物种的拉丁文名称。
05 Submission Category
选择投稿的类别，这里选择“Original”，点击进行下一步.
06 Source Modifiers
请根据实际情况填写（以下仅作示例展示）
- 选择源细胞器/位置信息：这里选“plastid：chloroplast”
- Source modifier 填的是“country”
- Value 填“china”
填完点击“continue”继续下一步。
07 Feartures
这里需要上传tbl文件，需将gbf文件转为tbl文件。
- 点击“选择文件”按钮选择tbl文件，点击“Uplode File”上传。
***注意：如何将gbk文件转换成tbl文件？
①使用在线转换工具，登录网站：
https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/GenBank2Sequin.html
②上传叶绿体的注释文件，填写以下信息：
Organism：物种的拉丁名
Molecule Type ：genomic DNA
Circle
Genetic Code：Standard
Location：chloroplast
③下载.tbl文件
2) 上传tbl文件之后你可能会遇到报错，我们需要把报错的部分从tbl文件中删除（可用notepad++修改），然后再提交一次即可。
***注意：如何删除错误？
在notepad++中打开文件并搜索上方出现的错误，如果实在不知道哪里有错，就直接把这段CDS删掉。
3) 该页面的下半部分有一个“continue”按钮，需要拖动鼠标往下找，点击此按钮进行下一步。
08 Review and Correct
最后一步啦，就是查看检验你填的信息有没有问题，有问题的话还可以修改，确认无误之后，最后点击“Finish submission”提交，最后结果等邮件通知行了。
如果你想查看你提交的记录和相关文件，重新登录提交页面，进去之后你就可以看到了。
然后就结束啦~
有问题可以关注“作图帮”公众号联系图图！
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