本篇主要介绍bet的用法,在此之前需要安装FSL软件,教程见FSL安装

颅骨剥离(bet)

在进行大脑MRI图像研究时,常常会专注某个区域,FSL的bet则是一个提取大脑的算法,当然某些其他软件也有这个功能。算法会去除脖子、眼球等不相干的图像。

一 、图形界面操作

开始实际操作,终端输出fsl启动软件界面如下

点击红框显示如下

参数解释
Fractional intensity threshold…:默认为0.5就可(你可以试试0.2和0.8的效果,会使剥离的大小变化)

bet算法通常就选这两个其中之一。一个标准算法,一个鲁棒算法

标准提取算法和鲁棒提取算法比较(很细微的差别,具体用哪个取决于自己)

高级选项:
1.Output brain-extracted image:默认勾上的,生成提取大脑后的图像(我们不用管)
2.Output binary brain mask image:提取脑部后还生成一个mask(生成两个文件,显示如下)

3.Apply thresholding tp brain and mask image:肉眼也看不出差别(不知道什么效果)

4.Output exterior skull surface image:不知道是个啥玩意,看下面吧

5.Output brain surface overlaid onto original image:生成两个图像,1.提取的脑部2.还生成一个在原始图像上勾画轮廓的图像(可用于检查)

以上就是各个参数勾选后的效果,但实际用到的不多

二、命令行操作

如果要批量提取大脑就需要使用命令行

liunx命令:bet AD_1.nii.gz AD_1_brain -o -R (终端输入bet可以查看更多参数应用)

AD_1.nii.gz:原始图像路径
AD_1_brain:为剥离后的图像路径(自己设置)
-o:表示额外生成AD_1_brain_overlay.nii.gz边界叠加在原图上,用于检查效果(如果不用检查也可以去掉这个参数)。
-R:应用鲁棒bet算法

会写shell脚本就可以使用上面的命令批量处理数据了

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