本篇主要介绍bet的用法,在此之前需要安装FSL软件,教程见FSL安装

颅骨剥离(bet)

在进行大脑MRI图像研究时,常常会专注某个区域,FSL的bet则是一个提取大脑的算法,当然某些其他软件也有这个功能。算法会去除脖子、眼球等不相干的图像。

一 、图形界面操作

开始实际操作,终端输出fsl启动软件界面如下

点击红框显示如下

参数解释
Fractional intensity threshold…:默认为0.5就可(你可以试试0.2和0.8的效果,会使剥离的大小变化)

bet算法通常就选这两个其中之一。一个标准算法,一个鲁棒算法

标准提取算法和鲁棒提取算法比较(很细微的差别,具体用哪个取决于自己)

高级选项:
1.Output brain-extracted image:默认勾上的,生成提取大脑后的图像(我们不用管)
2.Output binary brain mask image:提取脑部后还生成一个mask(生成两个文件,显示如下)

3.Apply thresholding tp brain and mask image:肉眼也看不出差别(不知道什么效果)

4.Output exterior skull surface image:不知道是个啥玩意,看下面吧

5.Output brain surface overlaid onto original image:生成两个图像,1.提取的脑部2.还生成一个在原始图像上勾画轮廓的图像(可用于检查)

以上就是各个参数勾选后的效果,但实际用到的不多

二、命令行操作

如果要批量提取大脑就需要使用命令行

liunx命令:bet AD_1.nii.gz AD_1_brain -o -R (终端输入bet可以查看更多参数应用)

AD_1.nii.gz:原始图像路径
AD_1_brain:为剥离后的图像路径(自己设置)
-o:表示额外生成AD_1_brain_overlay.nii.gz边界叠加在原图上,用于检查效果(如果不用检查也可以去掉这个参数)。
-R:应用鲁棒bet算法

会写shell脚本就可以使用上面的命令批量处理数据了

FSL之bet颅骨剥离相关推荐

  1. freeSurfer颅骨剥离

    命令参考 https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/recon-all recon-all  -i 输入文件路径.nii -s 创建用于保存文件夹名称  -s ...

  2. excel怎么添加换行符_在Excel公式中添加换行符

    excel怎么添加换行符 在Excel公式中添加换行符 (Add Line Break in Excel Formula) It's easy to add a line break when you ...

  3. Frontiers in Neuroscience:弥散张量成像(DTI)研究指南

    弥散张量成像(DTI)的研究越来越受到临床医生和研究人员的欢迎,因为它们提供了对脑网络连接的独特见解.然而,为了优化DTI的使用,必须考虑到几个技术和方法方面的问题,因为这些问题会影响到DTI研究结果 ...

  4. MRI数据预处理--使用FSL-BET轻松去头骨,提取脑组织

    许多脑成像分析工作流程中的第一个处理步骤是从颅骨内部提取脑组织.该过程叫 Brain extraction(大脑提取) or skullstripping(颅骨剥离) 机器扫描的图像不仅包含大脑,还包 ...

  5. 医学影像处理相关软件及python包

    一.软件 1. Freesurfer FreeSurfer是一个软件包,用于分析和可视化来自横断面或纵向研究的结构和功能神经影像数据.FreeSurfer为结构MRI数据提供完整的处理流,包括:颅骨剥 ...

  6. PAIN:慢性颈痛患者核心节点破坏:一种图分析方法

    <本文同步发布于"脑之说"微信公众号,欢迎搜索关注~~> 摘要 众所周知,慢性疼痛会改变大脑的网络动态.这些动态通常通过识别大脑网络拓扑结构的改变来证明.一种常用的方法 ...

  7. MRI图像预处理流程

    最近在学习医学影像处理,主要是基于sMRI,记录一下一些预处理过程,希望对一些人有帮助. 首先是ACPC校准: 前连合(anterior commissure, AC)后缘中点 至 后连合(poste ...

  8. Li‘s 核磁共振影像数据处理-19-FSL界面可视化操作介绍

    讲解视频内容请移步Bilibili: https://space.bilibili.com/542601735 入群讨论请加v hochzeitstorte 请注明"核磁共振学习" ...

  9. 基于原始影像数据的深度学习模型预测脑龄可获得可靠的遗传生物标志物

    基于机器学习对神经影像数据进行分析可以准确预测健康人的年龄.预测年龄与健康大脑的年龄的偏差被证明与认知障碍和疾病有关.在这里,我们基于深度学习的预测建模方法,特别是卷积神经网络(CNN),进一步测试了 ...

最新文章

  1. 独家 | 一文解析统计学在机器学习中的重要性(附学习资源)
  2. Redis实现分布式锁1
  3. MySQL入门之插入、删除、修改表数据
  4. android 渐变展示启动屏
  5. C#路径中使用斜杠/和反斜杠\的区别
  6. 填核酸采样资料,手机号填错了,身份证号码没错。
  7. 刚刚地震了,怎么办?
  8. table制作课程表案例
  9. 从《道德经》看项目经理修炼的7条法则,你做到了几条?
  10. 网页被劫持会造成什么影响
  11. 【日期】根据日期求星期
  12. threejs 使用陀螺仪实现手机端全景
  13. 强制结束进程的命令和软件
  14. win10 UEFI+BMR无损改为UEFI+GPt
  15. 案例精选 | 志翔科技:安全与高效并重 构筑芯片行业数据安全堡垒
  16. 城市列表-根据拼音首字母排序
  17. Qt的exe文件生成
  18. 《文明之光 第一册》一一7.3 第二节 最珍贵的财富(1)
  19. Vue中的插件小练习
  20. Java项目:SSM在线社区药品销售商城

热门文章

  1. 从计数器逻辑中揭秘神奇的HDL
  2. Xshell7 要继续使用此程序,您必须应用最新的更新或使用新版本
  3. 如何取消Chrome浏览器自动翻译
  4. lsdyna如何设置set中的node_list_ANSA中进行二次开发的Python基础知识
  5. Vue动态控制表格列的显示隐藏
  6. Oracle Temp临时表空间及其故障处理
  7. Axure RP9——【图片放大预览效果】
  8. 解决maven打包 无法加载本地lib/下的jar包问题(程序包XXX不存在)
  9. 给生活来一次傅立叶转换
  10. 没钱没资源没人脉?年入千万的她写了这本副业思维的书