一、问题

给你1个文件bigdata,大小4663M,5亿个数,文件中的数据随机,如下一行一个整数:

现在要对这个文件进行排序,怎么搞?

二、内部排序

先尝试内排,选2种排序方式:

privatefinalint cutoff = 8;public void perform(Comparable[] a) {perform(a,0,a.length - 1);}private int median3(Comparable[] a,int x,int y,int z) {if(lessThan(a[x],a[y])) {if(lessThan(a[y],a[z])) {return y;}elseif(lessThan(a[x],a[z])) {return z;}else {return x;}}else {if(lessThan(a[z],a[y])){return y;}elseif(lessThan(a[z],a[x])) {return z;}else {return x;}}}private void perform(Comparable[] a,int low,int high) {int n = high - low + 1;//当序列非常小,用插入排序if(n <= cutoff) {InsertionSort insertionSort = SortFactory.createInsertionSort();insertionSort.perform(a,low,high);//当序列中小时,使用median3}elseif(n <= 100) {int m = median3(a,low,low + (n >>> 1),high);exchange(a,m,low);//当序列比较大时,使用ninther}else {int gap = n >>> 3;int m = low + (n >>> 1);int m1 = median3(a,low,low + gap,low + (gap << 1));int m2 = median3(a,m - gap,m,m + gap);int m3 = median3(a,high - (gap << 1),high - gap,high);int ninther = median3(a,m1,m2,m3);exchange(a,ninther,low);}if(high <= low)return;//lessThanint lt = low;//greaterThanint gt = high;//中心点Comparablepivot =  a[low];int i = low + 1;/** 不变式:*   a[low..lt-1] 小于pivot -> 前部(first)*   a[lt..i-1] 等于 pivot -> 中部(middle)*   a[gt+1..n-1] 大于 pivot -> 后部(final)**   a[i..gt] 待考察区域*/while (i <= gt) {if(lessThan(a[i],pivot)) {//i-> ,lt ->exchange(a,lt++,i++);}elseif(lessThan(pivot,a[i])) {exchange(a,i,gt--);}else{i++;}}// a[low..lt-1] < v = a[lt..gt] < a[gt+1..high].perform(a,low,lt - 1);perform(a,gt + 1,high);}

三、归并排序:

/*** 小于等于这个值的时候,交给插入排序*/privatefinalint cutoff = 8;/*** 对给定的元素序列进行排序** @param a 给定元素序列*/@Overridepublic void perform(Comparable[] a) {Comparable[] b = a.clone();perform(b, a, 0, a.length - 1);}private void perform(Comparable[] src,Comparable[] dest,int low,int high) {if(low >= high)return;//小于等于cutoff的时候,交给插入排序if(high - low <= cutoff) {SortFactory.createInsertionSort().perform(dest,low,high);return;}int mid = low + ((high - low) >>> 1);perform(dest,src,low,mid);perform(dest,src,mid + 1,high);//考虑局部有序 src[mid] <= src[mid+1]if(lessThanOrEqual(src[mid],src[mid+1])) {System.arraycopy(src,low,dest,low,high - low + 1);}//src[low .. mid] + src[mid+1 .. high] -> dest[low .. high]merge(src,dest,low,mid,high);}private void merge(Comparable[] src,Comparable[] dest,int low,int mid,int high) {for(int i = low,v = low,w = mid + 1; i <= high; i++) {if(w > high || v <= mid && lessThanOrEqual(src[v],src[w])) {dest[i] = src[v++];}else {dest[i] = src[w++];}}}

数据太多,递归太深 ->栈溢出?加大Xss?数据太多,数组太长 -> OOM?加大Xmx?

耐心不足,没跑出来.而且要将这么大的文件读入内存,在堆中维护这么大个数据量,还有内排中不断的拷贝,对栈和堆都是很大的压力,不具备通用性。

四、sort命令来跑

跑了多久呢?24分钟.

为什么这么慢?

粗略的看下我们的资源:

内存 jvm-heap/stack,native-heap/stack,page-cache,block-buffer 外存 swap + 磁盘 数据量很大,函数调用很多,系统调用很多,内核/用户缓冲区拷贝很多,脏页回写很多,io-wait很高,io很繁忙,堆栈数据不断交换至swap,线程切换很多,每个环节的锁也很多.

总之,内存吃紧,问磁盘要空间,脏数据持久化过多导致cache频繁失效,引发大量回写,回写线程高,导致cpu大量时间用于上下文切换,一切,都很糟糕,所以24分钟不细看了,无法忍受.

五、位图法

private BitSet bits;public void perform(String largeFileName,int total,String destLargeFileName,Castor<Integer> castor,int readerBufferSize,int writerBufferSize,boolean asc) throws IOException {System.out.println("BitmapSort Started.");long start = System.currentTimeMillis();bits = new BitSet(total);InputPart<Integer> largeIn = PartFactory.createCharBufferedInputPart(largeFileName, readerBufferSize);OutputPart<Integer> largeOut = PartFactory.createCharBufferedOutputPart(destLargeFileName, writerBufferSize);largeOut.delete();Integer data;int off = 0;try {while (true) {data = largeIn.read();if (data == null)break;int v = data;set(v);off++;}largeIn.close();int size = bits.size();System.out.println(String.format("lines : %d ,bits : %d", off, size));if(asc) {for (int i = 0; i < size; i++) {if (get(i)) {largeOut.write(i);}}}else {for (int i = size - 1; i >= 0; i--) {if (get(i)) {largeOut.write(i);}}}largeOut.close();long stop = System.currentTimeMillis();long elapsed = stop - start;System.out.println(String.format("BitmapSort Completed.elapsed : %dms",elapsed));}finally {largeIn.close();largeOut.close();}}private void set(int i) {bits.set(i);}private boolean get(int v) {return bits.get(v);}

nice!跑了190秒,3分来钟. 以核心内存4663M/32大小的空间跑出这么个结果,而且大量时间在用于I/O,不错.

问题是,如果这个时候突然内存条坏了1、2根,或者只有极少的内存空间怎么搞?

六、外部排序

该外部排序上场了. 外部排序干嘛的?

内存极少的情况下,利用分治策略,利用外存保存中间结果,再用多路归并来排序;

map-reduce的嫡系.

1.分

内存中维护一个极小的核心缓冲区memBuffer,将大文件bigdata按行读入,搜集到memBuffer满或者大文件读完时,对memBuffer中的数据调用内排进行排序,排序后将有序结果写入磁盘文件bigdata.xxx.part.sorted. 循环利用memBuffer直到大文件处理完毕,得到n个有序的磁盘文件:

2.合

现在有了n个有序的小文件,怎么合并成1个有序的大文件?把所有小文件读入内存,然后内排?(⊙o⊙)… no!

利用如下原理进行归并排序:

我们举个简单的例子:

文件1:3,6,9 文件2:2,4,8 文件3:1,5,7

第一回合:文件1的最小值:3 , 排在文件1的第1行 文件2的最小值:2,排在文件2的第1行 文件3的最小值:1,排在文件3的第1行 那么,这3个文件中的最小值是:min(1,2,3) = 1 也就是说,最终大文件的当前最小值,是文件1、2、3的当前最小值的最小值,绕么?上面拿出了最小值1,写入大文件.

第二回合:文件1的最小值:3 , 排在文件1的第1行 文件2的最小值:2,排在文件2的第1行 文件3的最小值:5,排在文件3的第2行 那么,这3个文件中的最小值是:min(5,2,3) = 2 将2写入大文件.

也就是说,最小值属于哪个文件,那么就从哪个文件当中取下一行数据.(因为小文件内部有序,下一行数据代表了它当前的最小值)

最终的时间,跑了771秒,13分钟左右.

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