JoVE 视频实验杂志

官网：https://www.jove.com/

包括上万个实验和分析方法视频，还有几十个领域的数百个专业视频教程资源。

这个杂志被SCI收录了吗？必须的。杂志在Web of Science中JCR信息如下：

2年影响因子 1.1，5年影响因子1.6。杂志和视频需要订阅才能访问，一定成度限制了传播和引用，但今年开始允许有权限有用户分享视频，将进一步促进科学传播，上升空间极大。

下面是我分享的链接，有3个月的访问权，可复制链接在浏览器中观看视频，感受一下文章的质量。

国内也有上百家单位订阅，详见：https://www.jove.com/subscribe/subscribed-institutions

如果觉得好，可以推荐自己单位的图书馆订阅。

微生物组相关文章示例

示例1. 一种确定环境富集对小鼠结肠肿瘤模型结肠菌群生物多样性影响的方法

A Method to Define the Effects of Environmental Enrichment on Colon Microbiome Biodiversity in a Mouse Colon Tumor Model

分享链接：https://www.jove.com/embed/player?id=57182&access=8o4ok5lyn9&t=1&s=1&fpv=1

示例2. 二步法PCR结合高通量测序16S rDNA

Microbiota Analysis Using Two-step PCR and Next-generation 16S rRNA Gene Sequencing

分享链接：https://www.jove.com/embed/player?id=59980&access=bywtlf7e8g&t=1&s=1&fpv=1

示例3. 多年生草的土壤、根际和根系微生物群落的分离与分析

Isolation and Analysis of Microbial Communities in Soil, Rhizosphere, and Roots in Perennial Grass Experiments

https://www.jove.com/embed/player?id=57932&access=v83yhdiu57&t=1&s=1&language=Chinese&fpv=1

复制以及链接，在浏览器中可访问，有效期3个月。记得打开右下角的CC字幕，不错任何细节。

微生物组教学资源示例

• 示例1. 细菌16S rRNA基因扩增、测序和序列分析教程

原文链接：https://www.jove.com/science-education/10510/16s-rrna-sequencing-pcr-based-technique-to-identify-bacterial

分享链接：https://www.jove.com/embed/player?id=10510&access=hsu67r53wj&t=1&s=1&fpv=1

样片预览：https://v.qq.com/x/page/a0970vyiomn.html

• 示例2. 梯度稀释和细菌纯培养分离单菌

原文链接：https://www.jove.com/video/10509/pure-cultures-streak-plating-isolation-single-bacterial-colonies-from

分享链接：https://www.jove.com/embed/player?id=10509&access=losu418qcp&t=1&s=1&fpv=1

• 示例3. 细菌、真菌在植物营养中的作用

原文链接：https://www.jove.com/science-education/11104/the-roles-of-bacteria-and-fungi-in-plant-nutrition

分享链接：https://www.jove.com/embed/player?id=11104&access=9capwyhmxd&t=1&s=1&fpv=1

写方法发SCI

宏基因组公众号有近9万海内外华人同行关注，现受JoVE杂志邀请作为客座主编组织微生物组分析和可视化方法学专刊。

更多信息请访问专刊网址：https://www.jove.com/methods-collections/426/analysis-visualization-methods-for-amplicon-metagenomic-data

专刊介绍

高通量测序的进展促进了微生物组研究的发展，并且已经生成了大量的微生物组数据集。微生物组数据分析使研究人员能够了解微生物组与宿主之间的相互作用机制。但是，由于缺乏用于复杂分析和可视化的教程，因此没有生物信息背景的生物学家很难进入该领域，开展分析存在一定困难。

该集合旨在为研究人员提供易于使用的微生物组分析和可视化方法。该集合的范围包括分析软件，数据库本地和在线使用，分析流程以及统计和可视化方法的教程。可视化方法包括但不限于α和β多样性，分类学组成，差异比较，排序，相关性，网络和进化。统计方法主要包括组成型数据分析和机器学习等。

邀请信社交版

致宏基因组公众号用户：

迄今为止，尽管在微生物组分析中共享新技术和分析方法这类文章至关重要，但迄今为止很少有期刊可以接受视频文章供我们发表。

因此，宏基因组决定接收可视化实验杂志（JoVE）的邀请，开设主题为“微生物组的扩增子和宏基因组学数据分析和可视化方法”的专刊 https://www.jove.com/methods-collections/426/analysis-visualization-methods-for-amplicon-metagenomic-data

该专刊的目的是全面概述微生物组的扩增子和宏基因组学数据的分析和可视化方法

根据Clarivate Analytics在2019年发布的2018年《期刊引证报告》，最新的JoVE影响因子（ISSN 1940-087X）为1.108，5年影响因子 1.682，《期刊》目前被PubMed，EMBASE，Scopus和Web of Science等主要数据库索引。

提交后，将对每份手稿进行编辑和同行评审，这通常需要1-2个月的时间。文字文章通过审核后，将生成一个剧本。通常，拍摄日期定在接受后的4-8周内。摄像师将被派遣至作者的实验室以拍摄该教学视频。

如果您有兴趣，请给我发消息或在此处提交摘要 https://www.jove.com/methods-collections/426/analysis-visualization-methods-for-amplicon-

Dear Friends and Colleagues,

To date very few Journals are available to accept video articles for submission/publication in our field, despite this type of articles are of paramount importance in microbiome analysis in order to share new techniques and approaches.

For this reason, I decided to open a Collection titled “Analysis and visualization methods for amplicon and metagenomic data of microbiome” on the Journal of Visualized Experiments (JoVE): https://www.jove.com/methods-collections/426/analysis-visualization-methods-for-amplicon-metagenomic-data

The purpose of the Collection is to offer a comprehensive overview of Analysis and visualization methods for amplicon and metagenomic data of microbiome

The most recent Impact Factor for JoVE (ISSN 1940-087X) is 1.184, according to the 2017 Journal Citation Reports released by Clarivate Analytics in 2018, and the Journal is currently indexed in the major databases, including PubMed, EMBASE, Scopus and Web of Science.

After submission, each manuscript will be editorially and peer reviewed, which is typically a 1-2 month process. Once a text article passes review, a script will be generated. Generally, a filming date will be scheduled within 4-8 weeks after acceptance. A videographer will be sent to the authors’ site to film the procedure.

If you are interested, either message me or submit an abstract here https://www.jove.com/methods-collections/426/analysis-visualization-methods-for-amplicon-metagenomic-data

邀请信模板：https://docs.google.com/document/d/1HO9r1jAdbK0pz7C_eFJj-yT-39oviG1bbzS1CWAfNKY/edit

正式邀请信邮件版

亲爱的朋友和同事，

作为JoVE的客座主编，我正在组织一个方法学专刊，标题为“微生物组扩增子和宏基因组学数据的分析和可视化方法”。

JoVE是领先的经过同行评审的科学方法视频期刊，旨在提高研究的知名度和可重复性。JoVE的团队会负责拍摄和制作视频的整个过程。

该方法集将是“微生物组数据的分析和可视化”技术的权威记录，并为同行内的可重复性设定标准。我的目标是涵盖该领域的高级实验和分析方法，我认为您的工作将是对本领域空白的补充。

完成后，此专刊将分发给该领域活跃的研究人员完整列表。这将促进同行研究人员之间的合作，并促进更广泛地采用创新方法。

该专刊将成为未来几年该领域方法的首选资源，我希望收录您的文章。

您对发表方法及拍摄视频教程感兴趣吗？

在此处提交摘要：https://www.jove.com/methods-collections/426/analysis-visualization-methods-for-amplicon-metagenomic-data

客座主编

刘永鑫，中国科学院遗传与发育生物学研究所

陈同，中国中医科学院国家中药资源中心

郑茂盛，华北电力大学环境科学与工程学院

Dear Friends and Colleagues,

As a Guest Editor for JoVE, I am organizing a Methods Collection titled “Analysis and visualization methods for amplicon and metagenomic data of microbiome“.

JoVE is the leading peer-reviewed scientific methods video journal, aimed at increasing the visibility and reproducibility of research. JoVE’s team takes care of the entire process of filming and producing your video.

This Methods Collection will be the definitive record of “Analysis and visualization of microbiome data”  techniques and set the standard for reproducibility within the community. I am aiming to cover advanced experimental and analysis approaches in the field, and I think your work would be an invaluable addition.

Once complete, this collection will be distributed to a comprehensive list of researchers who are active in the field. This will promote collaboration among researchers in the community and facilitate wider adoption of innovative methodologies.

This collection will be the go-to resource for methods in the field for years to come, and I look forward to including your article.

Would you be interested in contributing?

Submit an abstract here: https://www.jove.com/methods-collections/426/analysis-visualization-methods-for-amplicon-metagenomic-data

Best Regards,

Guest Editors

Yong-Xin Liu, Institute of Genetics and Developmental Biology, Chinese Academy of Sciences

Tong Chen, National Resource Center for Chinese Materia Medica, China Academy of Chinese Medical Sciences

Maosheng Zheng, College of Environmental Science and Engineering, North China Electric Power University

地区要求

因为此文章有拍摄视频的要求，可提供上门拍摄的中国城市如下：

中国大陆：北京、成都、杭州、南充、南京、宁波、上海、深圳、天津

中国香港：香港岛、九龙

中国台湾：新竹、台中、台南、桃源、台北

更多国家和地区，可参考 https://www.jove.com/files/JoVE_Videographer_Network.pdf

注：不在以上地区，也可自己录制视频，但需要达到杂志的要求。

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