本文转载自“生信宝典”，己获授权。

生信的作用越来越大，想学的人越来越多，不管是为了以后发展，还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情，也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作，却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作，但不懂得背后的原理，不知道什么参数需要修改，结果可以出来，却把我不住对还是错。

学习生信从来就不是一个简单的事，需要做好持久战的心理准备。

在学习时，我们都希望由浅入深的逐步深入，不断地练习和实践，这就是为什么我们需要一本书，因为书很系统。但生信发展的历史短于计算机编程的历史，如果想要一门程序设计的入门数据，每种语言都可以找到几本。但想要一个囊括生信的书，就有些难了。本身生信跨领域，需要多学科的知识，而其内部又有不少分子，都囊括了太大，包括的少又有些隔靴搔痒的感觉。

我们当时都是零基础下自学Linux, 自学Python，自学R，自学高通量测序；这些学习经历，之前都零星地记录在博客里。现在回头去看几年前自己记录的东西，觉得好简单，而当时却费了很大的力气。这些零星的随手记，当时也只是为了自己看，到现在确实只有自己能看得懂，不便惠及更多的人。

因此我们创建了生信宝典，希望从不同的角度传播知识。这个不同有三点含义，一是形式上的不同，摒弃之前主编们单人作战想写啥就写啥，而是有组织有计划的内容聚合，提供一系列的教程，由入门到提高。二是内容的不同，不去用网上现有教程的通用数据做例子，而是拿实际生物数据，讲述如何解释生信中普遍碰到的问题，讲述如何处理自己的数据。三是立足点不同。在写作时，我们回到了当年，在回忆中用整个阶段的学习去指导当初的那个小白，从那些会了的人觉得微不足道而不会的人又迈不过的坎入手，直击痛点。知识点的收录依据不是是否炫酷，是否难，而是是否必要。如果必要，再简单，也要提及；如果不必要，再炫酷，也暂不纳入。

通过大量的生信例子、关键的注释和浓缩的语句形成下面的一系列学习教程。每一篇内容都不多，可以当做小说阅读，也可以跟着去练，反复几遍，每读一次都会有不同的收获和体会。

系列教程

• 生物信息之程序

• 如何优雅的提问

• 生信宝典视频教程

• 好色之旅-画图三字经

• 转录组分析的正确姿势

• 生信的系列教程

• 生信的系列书籍

• 文章用图的修改和排版 (1)

• 文章用图的修改和排版 (2)

• 简单强大的在线绘图

• 简单强大的在线绘图-升级版

• 论文图表基本规范

• 学术图表的基本配色方法

• 英语写作常见错误总结和学习视频

NGS分析工具评估

• 39个转录组分析工具，120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版)

• 39个转录组分析工具，120种组合评估(转录组分析工具大比拼 （完整翻译版）)

• 无参转录组分析工具评估和流程展示

宏基因组教程

• 微生物组入门必读+宏基因组实操课程

• 扩增子图表解读-理解文章思路

• 扩增子分析流程-把握分析细节

• 扩增子统计绘图-冲击高分文章

• 宏基因组分析教程

• 4500元的微生物组培训资料

系列宣传

• 120分的转录组考题，你能得多少

• 生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版和Python编程培训研讨班开课了

• 维密摔倒不可怕，关键时有人搀一把，坚持走下去

• 生物信息作图系列 - R、网络图及文章图形排版

• 易生信转录组培训总结和优惠分享

• 生物信息9天速成班 — 你也可以成为团队不可或缺的人

• Python没有捷径，但可以加速，零基础九天你也可以会编程

• 小学生都学Python了，你还不知道怎么开始-资源帖

• 一个月学会Python的Quora指南和资料放送

• 扩增子分析基本流程和结果解读

• 微生物组——扩增子分析专题实战开课啦

生信生物知识

• 生物研究中不可缺少的数字概念，多少，多大，多快

文献精读

• CRISPR-CAS9发展历程小记

• 一场大病引起的诺贝尔2017年生理学奖角逐

• Science搞反狗脑 - 人脑和狗脑一样？

• 一篇压根不存在的文献被引用400次？！揭开” 幽灵文献” 的真面目

• 基于人工智能的文献检索，导师查找，更聪明

• GeenMedical：文献查询、筛选、引用排序、相似文献、全文下载、杂志分区、影响因子、结果导出、杂志评述、直接投稿，一站服务

• YANDEX搜索，不翻墙稳定使用近谷歌搜索

• Nature我的研究对后人毫无用途：21%的学术论文自发布后从未被引用

• SCI-HUB镜像, SSH隧道访问学校内网

Linux

• Linux-总目录

• Linux-文件和目录

• Linux-文件操作

• Linux文件内容操作

• Linux-环境变量和可执行属性

• Linux - 管道、标准输入输出

• Linux - 命令运行监测和软件安装

• Linux-常见错误和快捷操作

• Linux-文件列太多，很难识别想要的信息在哪列；别焦急，看这里。

• Linux-文件排序和FASTA文件操作

• 用了Docker，妈妈再也不担心我的软件安装了 - 基础篇

• Linux服务器数据定期同步和备份方式

• 不用Linux也可以的强大文本处理方法

• Linux - Conda软件安装方法

• 查看服务器配置信息

• Linux - SED操作，awk的姊妹篇

• Linux - 常用和不太常用的实用awk命令

• Bash概论 - Linux系列教程补充篇

CIRCOS系列

• CIRCOS圈图绘制 - circos安装

• CIRCOS圈图绘制 - 最简单绘图和解释

• CIRCOS圈图绘制 - 染色体信息展示和调整

• CIRCOS增加热图、点图、线图和区块属性

R统计和作图

• 在R中赞扬下努力工作的你，奖励一份CheatShet

• 别人的电子书，你的电子书，都在bookdown

• R语言 - 入门环境Rstudio

• R语言 - 热图绘制 (heatmap)

• R语言 - 基础概念和矩阵操作

• R语言 - 热图简化

• R语言 - 热图美化

• R语言 - 线图绘制

• R语言 - 线图一步法

• R语言 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图）

• R语言 - 箱线图一步法

• R语言 - 火山图

• R语言 - 富集分析泡泡图 （文末有彩蛋）

• R语言 - 散点图绘制

• 一文看懂PCA主成分分析

• 富集分析DotPlot，可以服

• R语言 - 韦恩图

• R语言 - 柱状图

• R语言 - 图形设置中英字体

• R语言 - 非参数法生存分析

• 基因共表达聚类分析和可视化

• R中1010个热图绘制方法

• 还在用PCA降维？快学学大牛最爱的t-SNE算法吧, 附Python/R代码

• 一个函数抓取代谢组学权威数据库HMDB的所有表格数据

• 文章用图的修改和排版

扩增子三步曲

• 1图表解读-理解文章思路

• 2分析流程-把握分析细节

• 扩展1：视频教程-夯实分析思路

• 扩展2：QIIME2教程-了解分析趋势

• 3统计绘图-冲击高分文章

宏基因组分析专题

• 1背景知识-Shell入门与本地blast实战

• 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer

• 3组装拼接MEGAHIT和评估quast

• 4基因注释Prokka

• 5基于Kmer比较数据集sourmash

• 6不比对快速估计基因丰度Salmon

• 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

• 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin

• 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvio

• 10绘制圈图-Circos安装与使用

• MetaPhlAn2分析有参宏基因组

NGS基础

• NGS基础 - FASTQ格式解释和质量评估

• NGS基础 - 高通量测序原理

• NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件

• NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换

• 本地安装UCSC基因组浏览器

• 测序数据可视化 (一)

• 测序文章数据上传找哪里

• GO、GSEA富集分析一网打进

• GSEA富集分析 - 界面操作

癌症数据库

• UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)

• ICGC数据库使用

• TCGA数据库在线使用

Python

• Python学习 - 可视化变量赋值、循环、程序运行过程

• Python极简教程 （一）

• Python教程（二）

• Python教程（三）

• Python教程 （四）

• Python教程（五）

• Python教程 （六）

• Pandas，让Python像R一样处理数据，但快

• Python解析psiBlast输出的JSON文件结果

• 为啥我的Python这么慢 - 项查找 (二)

• 为啥我的Python这么慢 (一)

• Python资源

• 关于Python中的main和编程模板

NGS软件

• Rfam 12.0+本地使用 （最新版教程）

• 轻松绘制各种Venn图

• ETE构建、绘制进化树

• psRobot：植物小RNA分析系统

• 生信软件系列 - NCBI使用

• 去东方，最好用的在线GO富集分析工具

Cytoscape网络图

• Cytoscape教程1

• Cytoscape之操作界面介绍

• 新出炉的Cytoscape视频教程

分子对接

• 来一场蛋白和小分子的风花雪月

• 不是原配也可以-对接非原生配体

• 简单可视化-送你一双发现美的眼睛

• 你需要知道的那些前奏

生信宝典之傻瓜式

• 生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列

• 生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络

• 生信宝典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里发光 - 如何查找基因在发表研究中的表达

• 生信宝典之傻瓜式 (四) 蛋白蛋白互作网络在线搜索

• 生信宝典之傻瓜式 (五) 文献挖掘查找指定基因调控网络

生信人写程序

• 生信人写程序1. Perl语言模板及配置

• 生信人写程序2. Editplus添加Perl, Shell, R, markdown模板和语法高亮

小技巧系列

• 参考文献中杂志名字格式混乱问题一次解决