论文返修与校对的经验教训

科技论文（Decoupling the dynamics of bacterial taxonomy and antibiotic resistance function in a subtropical urban reservoir as revealed by high-frequency sampling）投稿期刊为Frontiers in Microbiology，以下是投稿全过程：

2019.04.03 Submitted;

2019.04.04 With editor;

2019.04.10 Under review;

2019.04.28 Moderate revision;

2019.05.08 Resubmitted;

2019.06.11 Accepted;

2019.06.17 Proof;

2019.06.21 Finished.

这是我的第一篇英文论文，现针对整个投稿过程中出现的问题，总结了以下几点经验教训和心得体会：

1. 原始数据的准确性。原始数据是论文的基础和核心，在整个实验与数据分析、论文撰写投递过程中需要对其进行反复核查，并邀请其他人进行整体逐一核对。例如：本论文在刚开始分析时误用了150个样品均一化的OTU表，得到了20014个OTU；随后发现，选择与抗性基因分析完全一致的51个样品，重新均一化后样品的OTU只有9834个，虽然结果总体趋势相差不大，但在OTU数据上存在较大差异。

2. 图表与正文保持统一一致。图表中的描述一定要与正文中统一，数据一定要保持一致，并且图表中的单词拼写和空格等问题也要多加注意。例如，在正文中写的是“antibiotic deactivation”，而在附图3中用的却是“antibiotic deactivate”，最后统一修改为名词形式“antibiotic deactivation”。在附图5中，出现了将“normalized”拼成“normalazed”的情况，之前自认为已经全部改过了，检查时才发现部分单词并没有改过来，因此，一定要把不同的修改版本按时间顺序建立新的文件夹保存，文件名一定不要忘记注明修改日期。

3. 图表的美观。图表是审稿人和读者对文章最直观的印象，在制作过程中一定要注意美观，例如：附图5中纵坐标的bar刚开始的时候只有三个，显得整个Y轴有点空，加到五个之后看起来好了很多，通常5个左右比较合适、更加协调。此外，图表中的上标、下标也是需要特别注意的，因为在Adobe Illustrator CS6里直接设置成上角标，这会使得上标显示过度偏下，通常按偏上三分之一的原则，适当上移。另外，在制作图表时一定要注意整体是否有错误，有的时候不需要改的地方也会出现跑偏的状况。“治聋子却治成了哑巴”！特别是对于合成图而言，做任何一次修订之后，都需要进行仔细比对和检查。例如，在修改图1时，一个箭头不小心被删掉，导致基因名与折线间空隙变大，校稿时才发现这个问题。

4. 论文撰写有参考，杜绝自己编句子。在论文的撰写过程中，要多参考英语为母语作者书写的论文，模仿其句子结构，这样可以减少语法和词语错误。但是，一定要避免直接拷贝！！！在一些词组或短语使用时，也要多查找文献，确保准确无误。例如，在本文中用“rapid urbanization”代表城镇化，这一用法虽然在文献中出现过，但用“rapidly urbanizing”更能表达该地区处于快速城镇化阶段。

5. 回答问题切题、语言准确、有条理、有针对性。本论文的审稿专家提的问题虽然不是很难回答，但我们仍然需要仔细思考和认真对待，不能掉以轻心。阅读相关文献，针对问题逐条回答，列出第一、第二、第三，不要主观地将答案综合在一起，还应该适当引用相关文献。此外，回答问题时，必须参考审稿意见对正文进行相应修改，使文章更加完善。例如：审稿专家问到每张膜的过水体积是不是一样，以及采样点的情况；我们在返修时，就根据这些问题将材料方法中采样部分的描写进行了相应的补充。

6. 全文表达准确、统一。在结果部分的书写中，有一些语句是根据主观想法去写的，没有做到心中有读者，导致存在一些疑问。例如：在描述图3时，MLSB明显比多重耐药边多，但在文中主观写了多重耐药而不是MLSB，这是不准确的，在以后的文章撰写中要避免这一问题。在描写结果部分时，每一句话都应该表达准确，并且有数据或图表支持，不然很容易让读者产生误解。例如：在讨论部分描述拟杆菌与除了磺胺类之外的所有抗性基因都显著相关，这一点是根据图3和附表2综合得出的结果，要标出来源，不然读者一头雾水。

7. 注意细节。本论文中存在一些单复数问题，例如：图3的图例中，相关系数rho是主语，应该用单数形式was，而不是were。在英语语法上要多加强学习，并且请师兄师姐们帮忙多检查。此外，在Proof时发现了一些单词拼写错误和时态不准确的问题，所以在检查时要更加注重细节，全文多通读几遍，尽量将错误降到最低。还有可能是由于排版失误，导致Proof文章中存在很多单词连在一起和缺少空格的地方，这就需要仔细通读，及时发现并校正。

8. 举一反三。收到杨老师和师兄师姐的意见后，应该举一反三，通篇阅读，看看全文中和图表中是否存在相同的问题，及时更正。例如，在附图3中，坐标轴存在横线偏短的问题，那么对相同类型的图也要进行相应的检查和修改。此外，phosphorus是名词、phosphorous是形容词，本文出现了将磷拼写成phosphorous的错误，而这个单词在全文中出现频率较高，所以要全文排查。

9. 反复核查。错字、别字、多字、漏字最常见，例如：我在根据大家意见修改时，出现了遗漏单词的问题，最终导致语句不通顺，并且在Proof过程中还出现了修改后没有保存成功的问题。所以在整个Proof校对修改过程中，都需要认真、仔细、反复核查，尽可能错误率降至最低。此外，对于DNA测序平台、序列号和序列数等关键的信息也有必要多次核对，避免张冠李戴。

猜你喜欢

10000+：菌群分析 宝宝与猫狗 梅毒狂想曲 提DNA发Nature Cell专刊 肠道指挥大脑

系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组  宏基因组

专业技能：学术图表 高分文章 生信宝典 不可或缺的人

一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树

必备技能：提问 搜索  Endnote

文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical

扩增子分析：图表解读 分析流程 统计绘图

16S功能预测   PICRUSt  FAPROTAX  Bugbase Tax4Fun

在线工具：16S预测培养基 生信绘图

科研经验：云笔记  云协作 公众号

编程模板: Shell  R Perl

生物科普:  肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进  细胞暗战 人体奥秘

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。PI请明示身份，另有海内外微生物相关PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍未解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读