celldex包使用

celldex包提供一组参考表达数据集，这些数据集带有精确的细胞类型标签，用于单细胞数据的自动注释或批量RNA序列的反卷积等过程。

官方R代码

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("celldex")## ---- echo=FALSE, results="hide", message=FALSE-------------------------------
knitr::opts_chunk$set(error=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE)
library(BiocStyle)## -----------------------------------------------------------------------------
library(celldex)
ls("package:celldex")
HumanPrimaryCellAtlasData(...)#BlueprintEncodeData(...)
#ImmGenData(...)
#MouseRNAseqData(...)
#DatabaseImmuneCellExpressionData(...)
#NovershternHematopoieticData(...)
#MonacoImmuneData(...)ref <- HumanPrimaryCellAtlasData()## ----tabulate, echo=FALSE-----------------------------------------------------
samples <- colData(ref)[,c("label.main", "label.fine","label.ont")]
samples <- as.data.frame(samples)
DT::datatable(unique(samples))## -----------------------------------------------------------------------------
ref <- BlueprintEncodeData()## ---- echo=FALSE, ref.label="tabulate"----------------------------------------
samples <- colData(ref)[,c("label.main", "label.fine","label.ont")]
samples <- as.data.frame(samples)
DT::datatable(unique(samples))## -----------------------------------------------------------------------------
ref <- MouseRNAseqData()## ---- echo=FALSE, ref.label="tabulate"----------------------------------------
samples <- colData(ref)[,c("label.main", "label.fine","label.ont")]
samples <- as.data.frame(samples)
DT::datatable(unique(samples))## -----------------------------------------------------------------------------
ref <- ImmGenData()## ---- echo=FALSE, ref.label="tabulate"----------------------------------------
samples <- colData(ref)[,c("label.main", "label.fine","label.ont")]
samples <- as.data.frame(samples)
DT::datatable(unique(samples))## -----------------------------------------------------------------------------
ref <- DatabaseImmuneCellExpressionData()## ---- echo=FALSE, ref.label="tabulate"----------------------------------------
samples <- colData(ref)[,c("label.main", "label.fine","label.ont")]
samples <- as.data.frame(samples)
DT::datatable(unique(samples))## -----------------------------------------------------------------------------
ref <- NovershternHematopoieticData()## ---- echo=FALSE, ref.label="tabulate"----------------------------------------
samples <- colData(ref)[,c("label.main", "label.fine","label.ont")]
samples <- as.data.frame(samples)
DT::datatable(unique(samples))## -----------------------------------------------------------------------------
ref <- MonacoImmuneData()## ---- echo=FALSE, ref.label="tabulate"----------------------------------------
samples <- colData(ref)[,c("label.main", "label.fine","label.ont")]
samples <- as.data.frame(samples)
DT::datatable(unique(samples))

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