PubChem的Python接口PubChemPy
PubChem
PubChem,即有机小分子生物活性数据,是一种化学模组的数据库,由美国国家健康研究院( US National Institutes of Health,NIH)支持,美国国家生物技术信息中心负责维护。
PubChem数据库包括 3个子数据库: PubChem BioAssay 库用于存储生化实验数据,实验数据主要来自高通量筛选实验和科技文献; PubChem Compound 库用于存储整理后的化合物化学结构信息; PubChem Substance 用于存储机构和个人上传的化合物原始数据。
PubChemPy简介
PubChemPy提供了一种Python与PubChem进行交互的方法。 允许按名称、子结构和相似性进行化学搜索、化学标准化、化学文件格式之间的转换、化学性质的描述和检索。
PubChemPy功能
- 通过名称,SMILES,InChI和SDF搜索PubChem物质和化合物数据库。
- 检索给定输入结构的标准化化合物记录。
- 在SDF,SMILES,InChI,PubChem CID等之间转换。
- 检索计算的属性,指纹和描述符。
- 生成2D和3D坐标。
- 获取给定化合物的IUPAC系统名称,商品名称和所有已知的同义词。
- 将复合记录下载为XML,ASNT / B,JSON,SDF并以PNG图像形式进行描述。
- 使用pandas DataFrames构造属性表。
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