导入库

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from rdkit.Chem.Draw.MolDrawing import MolDrawing, DrawingOptions 

修改分子默认显示

DrawingOptions.bondLineWidth=1.8

smiles转换为分子对象

mol = Chem.MolFromSmiles('CC(C)Cc1ccc(cc1)C(C)C(=O)O')

显示分子2D结构

mol

RDKit | 分子处理入门相关推荐

  1. RDKit分子的3D结构

    RDKit|分子的3D结构 RDKit MCS代码的功能之一是在生成MCS时将原子坐标考虑在内,这一点可能不太为人所知.这里的想法是找到一组3D分子之间的MCS,其中考虑了潜在匹配原子之间的距离. 1 ...

  2. RDKit|分子修改与编辑

    文章目录 一.初级篇 1.氢原子显示与隐藏 2.芳香键与kekule式转换 二.高级篇 1.Atom和Bond对象的编辑功能 2.RWMol类的编辑功能 一.初级篇 1.氢原子显示与隐藏 正常情况下, ...

  3. RDKit|分子3D构象生成与优化

    文章目录 一.构象生成算法概述 1.基于距离(distance-based) 2.基于知识(knowledge-based) 二.代码实现 1.添加氢原子 2.距离几何算法生成3D结构 3.距离几何+ ...

  4. rdkit 分子性质描述符(Descriptors)

    文章目录 一.引入所需库 二.性质描述符计算 三.原子对性质的贡献可视化 分子性质也被称为描述符. RDKit中内置了大量的分子描述符的计算方法, 这些方法主要位于 rdkit.Chem.Descri ...

  5. RDKit|分子指纹提取、相似性比较及应用

    文章目录 一.分子指纹提取 1.Topological Fingerprints 2.MACCS 3.Atom Pairs and Topological Torsions 4.Morgan Fing ...

  6. rdkit分子指纹生成;相似性检索

    1.分子指纹生成 常见生成的方法: a.smiles2fp simles转分子指纹,支持morgan: Morgan fingerprint. * maccs: MACCS keys. * rdkit ...

  7. RDKit | 分子坐标的测量和绘图

    导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole ...

  8. RDKit | 分子的多种构象

    导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole ...

  9. RDKit | 比较分子之间的相似性

    比较分子之间的相似性 获取结构和数据,将SMILES转换为RDKit分子对象,然后比较相似性. 1.导入python模块 import numpy as np import pandas as pd ...

最新文章

  1. 「周末观赛指南」澳网新王当立?勇士冲击十连胜
  2. 值得收藏的45个Python优质资源
  3. 猜数字游戏python程序_python实现的简单猜数字游戏
  4. if you miss it, you can hope for future
  5. 一定要牢牢掌握的技术!Spark+Flink+推荐系统+数据挖掘等
  6. leetcode 224. Basic Calculator | 224. 基本计算器(中缀表达式求值)
  7. 在Excel中引用Visual Studio.NET 2008编写的COM组件
  8. HAproxy负载均衡动静分离实现及配置详解
  9. 01.J2EE开发环境搭建
  10. 有哪些好用的云盘软件?2022不限速云盘网盘推荐
  11. [BZOJ 3561] DZY Loves Math VI
  12. 【观察】新华三:云智原生,重塑未来
  13. DSAPI多功能.NET函数库组件
  14. 乐符识别matlab,GitHub - Nuullll/music-synthesizer: Homework No.1 for summer course: MATLAB
  15. nginx反向代理到第三方服务商的服务器
  16. win下海康工业相机使用python读取视频并转换成cv格式
  17. 如何在图片上编辑文字?三招教你怎么编辑图片上的文字
  18. 矩阵的rank,nullspace以及eigenvalue的理解
  19. Simscape/Simulink 电力仿真降压电路 Buck Converter
  20. 数据同步利器之Tapdata Cloud

热门文章

  1. 某程序员吐槽:提离职后领导开始演戏,假装不知道我工资低,对我进行挽留,怎么办?...
  2. 【Redis】缓存的三大问题及其解决方案
  3. 卧槽,面试官质疑我不会配置中心原理,看不起谁呢?
  4. springboot + rabbitmq 用了消息确认机制,感觉掉坑里了
  5. 饿了么监控体系:从架构的减法中演进而来
  6. 掌握计算机视觉开发技能的8个步骤
  7. 推荐8个年薪100万BAT级优质技术大号
  8. 推荐10个windows软件,让你的办公更高效
  9. shiro处理ajax请求未登录,shiro处理ajax请求session失效跳转
  10. 逻辑模型三要素-数据结构