RDKit | 分子的多种构象

导入库

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from rdkit.Chem.Draw.MolDrawing import MolDrawing, DrawingOptions
import pickle
from rdkit.Chem import PyMol

molH = pickle.load(open('molH.pkl','rb'))
molH

cids = AllChem.EmbedMultipleConfs(molH, clearConfs=True, numConfs=100, pruneRmsThresh=1)

RDKit | 分子的多种构象相关推荐

RDKit|分子3D构象生成与优化
文章目录一.构象生成算法概述 1.基于距离(distance-based) 2.基于知识(knowledge-based) 二.代码实现 1.添加氢原子 2.距离几何算法生成3D结构 3.距离几何+ ...
RDKit分子的3D结构
RDKit|分子的3D结构 RDKit MCS代码的功能之一是在生成MCS时将原子坐标考虑在内,这一点可能不太为人所知.这里的想法是找到一组3D分子之间的MCS,其中考虑了潜在匹配原子之间的距离. 1 ...
RDKit | 基于RDKit的单分子多构象生成
通过从单个分子生成多个结构来研究分子的各种可能构象. 导入库导入必要的库.应当注意的是,适当的立体结构的产生,所以氢原子是很重要的存在,使用分子对象或从SMILES创建分子,可以使用Chem.Add ...
RDKit | 分子处理入门
导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole ...
RDKit|分子修改与编辑
文章目录一.初级篇 1.氢原子显示与隐藏 2.芳香键与kekule式转换二.高级篇 1.Atom和Bond对象的编辑功能 2.RWMol类的编辑功能一.初级篇 1.氢原子显示与隐藏正常情况下, ...
rdkit 分子性质描述符（Descriptors）
文章目录一.引入所需库二.性质描述符计算三.原子对性质的贡献可视化分子性质也被称为描述符. RDKit中内置了大量的分子描述符的计算方法, 这些方法主要位于 rdkit.Chem.Descri ...
RDKit|分子指纹提取、相似性比较及应用
文章目录一.分子指纹提取 1.Topological Fingerprints 2.MACCS 3.Atom Pairs and Topological Torsions 4.Morgan Fing ...
rdkit分子指纹生成；相似性检索
1.分子指纹生成常见生成的方法: a.smiles2fp simles转分子指纹,支持morgan: Morgan fingerprint. * maccs: MACCS keys. * rdkit ...
RDKit | 分子坐标的测量和绘图
导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole ...

RDKit | 分子的多种构象

RDKit | 分子的多种构象相关推荐

最新文章

热门文章