在线作图|2分钟在线绘制三维CCA图

三维CCA

典型相关分析（Canonical Correlation Analysis）是研究两组变量之间相关关系的一种多元统计方法，它能够揭示出两组变量之间的内在联系。冗余分析（redundancy analysis, RDA）或者典范对应分析（canonical correspondence analysis, CCA）是基于对应分析（correspondence analysis, CA）发展而来的一种排序方法，将对应分析与多元回归分析相结合，每一步计算均与环境因子进行回归，又称多元直接梯度分析。CCA分析结果的可视化不仅可以用二维坐标表示，还可用三维坐标表示，即三维CCA图。

如何不使用R绘制三维CCA图？

小编和他的小伙伴们开发了一个在线的作图小网站——云图图（https://www.cloudtutu.com/#/index，免费的哦~），操作步骤如下：
①登录网址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推荐使用360或者谷歌浏览器）
②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录，无需注册，直接使用，不必担心隐私泄露，是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏（全部工具）里找到三维CCA，点击进入；
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作，即可在2分钟内获得一张三维CCA图。

Step 01 上传文件

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传（平台可对不规范的数据格式进行部分处理，但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别）
a）准备两个数据矩阵,格式见下图（如微生物物种丰度表、环境因子表、基因表达量矩阵、代谢物含量表，也可以是测量数据，例如身高、体重、表型等）；
b）表格需要带表头和列名，每一列为样本名，每一行为各种指标数据名，例如OTU，基因ID、身高、代谢物名称等。
c）请提交.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为：全选excel中的所有内容（ctrl+A），复制到记事本中，将记事本文件另存后上传该文件。

文件一：微生物物种丰度表

文件二：对应的环境因子表

Step 02 参数设置

2.1 在界面右侧编辑分组信息：需要对所有样品进行分组，本网站支持在线修改分组名称的功能。有在线输入(方式一)和手动粘贴(方式二)两种方式。(绘图前必须检查分组名称)

2.2方法选择：本网站提供helliger、normalize、standardize、total、max、freq、range等方法
a) hellinger，hellinger转化，就是总和标准化数据的平方根(default MARGIN=1)，hellinger转化后的数据使用欧氏距离函数计算将得到hellinger距离矩阵。
b) normalize，模标准化，将数据除以每行或者每列的平方和的平方根(default MARGIN=1)，模标准化后每行、列的平方和为1（向量的模为1），也即在笛卡尔坐标系中到原点的欧氏距离为1，样品分布在一个圆弧上，彼此之间的距离为弦长，因此也称为弦转化。在基于欧氏距离的PCA、RDA中分析群落数据可以将每个样方弦转化可以弥补欧氏距离的缺陷。弦转化后的数据使用欧氏距离函数计算将得到弦距离矩阵。
c) standardize，z-score标准化，最常用的标准化方法之一，将数据减去均值比上标准差(default MARGIN=2)，z-score标准化后数据均值为0，方差为1，服从正态总体的数据标准化后服从标准正态分布。z-score标准化可以去除不同环境因子量纲的影响。
d) total，总和标准化，将数据除以该行或者列的总和，也即求相对丰度(default MARGIN=1)，总和标准化后数据全部位于0到1之间。
e) max，最大值标准化，将数据除以该行或者列的最大值(defaultMARGIN=2)。若数据非负，最大值标准化后数据全部位于0到1之间。
f) freq,数据矩阵除以行或列的最大值,并乘以非零值的个数
g) range，Min-max标准化，将数据减去该行或者列的最小值，并比上最大值与最小值之差(defaultMARGIN=2)，Min-max标准化后的数据全部位于0到1之间。
2.3 元素大小：图中元素显示的图形大小
2.4 颜色选择：三种颜色对应坐标轴的颜色

Step 03 网页预览

点击“运行”开始作图，出图后可选择“网页预览”的方式进行在线查看（图片展示不全，可下载网页版文件调整细节）。以下是网页版文件小工具使用的小tips：

Step 04 下载文件

图片确认无误后可点击“下载”保存结果文件，其中包括网页版图片。

Step 05 写作建议

XXXX was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website.

尊敬的用户，如果图图云平台在您的科研中有幸提供了些许帮助，我们期望您能在方法学或者致谢中提及我们，引用方法如下：XXXX analysis was performed on Tutools platform (http://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website. 目前平台还处于测试阶段，使用过程中有任何疑问或者报错欢迎随时联系小编反馈。您的反馈和建议是我们最大的动力~

在线作图|2分钟在线绘制三维CCA图相关推荐

在线作图|2分钟在线绘制RDA图
三维RDA RDA分析(Redundancy analysis),即冗余分析,对比主成分分析可以发现,其实冗余分析就是约束化的主成分分析.冗余分析(redundancy analysis, RDA)或 ...
在线作图|2分钟轻松绘制ROC曲线
Question 1:什么是ROC曲线? 受试者工作特征曲线 (receiver operating characteristic curve,简称ROC曲线),又称为感受性曲线(sensitivit ...
在线作图|两分钟在线做中性群落模型分析
中性群落模型中性理论是过去十年中生态学核心理论的重大突破之一.中性理论考虑同域的竞争相似资源的营养相似物种.完全抛弃了如竞争优势等物种特性,甚至认为不同物种是功能等值的.模型假设群落中所有种有关这些 ...
MATLAB绘制三维曲面图和等高线绘图（2）
绘制三维曲面图步骤: 1): 对数据进行处理,得到三维曲面上的点坐标组方法有: 1.将自变量离散, x=xmin:dx:xmax y=ymin:dy:ymax 2.利用meshgrid 指令生成 ...
三维荧光学习记录--在Origin中绘制三维荧光光谱图（补充）及荧光区域积分（FRI）
三维荧光学习记录–在Origin中绘制三维荧光光谱图(补充)及荧光区域积分(FRI) 注:本文仅作为自己的学习记录以备以后复习查阅关于区域积分的简介,大家可以去看我之前的文章,这里就不赘述了,主要想 ...
Matlab来绘制三维曲面图、等高线图等
文章目录前言一.Matlab插值 1.Meshgrid函数 2.Griddata函数二.绘制 1.使用函数 (1)linspace函数 (2)peaks函数 (3)polt3函数 (4)mesh ...
三维荧光学习记录--在Origin中绘制三维荧光光谱图
三维荧光学习记录–在Origin中绘制三维荧光光谱图注:本文仅作为自己的学习记录以备以后复习查阅记录一下如何在Origin中绘制三维荧光光谱图(数据分析的学习之路任重而道远啊~~) 一.数据准备 ...
在线作图|2分钟绘制三维PCA图
三维PCA 主成分分析算法(PCA)是最常用的线性降维方法.PCA降维为了在尽量保证"信息量不丢失"的情况下,对原始特征进行降维,也就是尽可能将原始特征往具有最大投影信息量的维度上 ...
在线作图|2分钟绘制一张环状热图
环状热图热图因其丰富的色彩变化和生动饱满的信息表达被广泛应用于各种大数据分析场景.在组学相关的文章中,我们常常可以看到热图(Heatmap)的展示,热图作为一种对实验数据及其结果分析的直观表达方式, ...

在线作图|2分钟在线绘制三维CCA图

在线作图|2分钟在线绘制三维CCA图相关推荐

最新文章

热门文章