核苷酸pi值计算方法
核苷酸pi值计算方法
哈喽，今天小编给大家分享的是核苷酸pi值计算方法，主要是介绍序列比对（MEGA和MZAFFT版的两种方法）计算pi值（dnasp）的两个步骤，有兴趣大家可以瞅瞅。
一．序列比对
准备好比对的序列文件，文件格式如下：
方法一：将准备好的要比对的文件直接拖进MEGA软件
选择Alignment -Align by ClustalW -ok
(温馨提示：过程可能有点儿慢，需要您耐心等待)
方法二：MAFFT
1）L-INS-I(这是最准确的方法。适合小于200条，且长度小于2000aa/nt的序列。)M-mafft --maxiterate 1000 --localpair input > output
2）G-INS-I(适合序列长度相似的比对，小于200条，且长度小于2000aa/nt的序列。)mafft --maxiterate 1000 --globalpair input > output
3）E-INS-I(适合序列中包含较大的非匹配区域，小于200条，且长度小于2000aa/nt的序列。)mafft --maxiterate 1000 --genafpair input > output或者选用mafft --auto in > out
二．计算pi值（dnasp）
将比对好的文件导入到dnasp
1） 导入文件：File - open Data File
2）Analysis - DNA Ploymorphism按照自己的需求去设置window 和step点ok出现对应的Pi值
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