GROMACS运行参数整理（二）

Gromacs运行参数中文注释

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9.Temperature couplingtcoupl =  ; 指定耦合方法no ;不使用berendsennose-hooverv-rescale
nsttcouple =  ; 热耦合频率，默认1，表示与nstlist一致
tc_grps =  ; 热耦合组
tau_t =  ; 热耦合时间常数， ps, -1, 表示不耦合，个数对应组
ref_t =  ; 参考温度---恒温值，个数对应组10.Pressure couplingpcoupl =  ; 指定压力耦合方式no ; 不耦合，即固定盒子大小berendsenParrinello-Rahmanpcoupltype =  ;isotropic ; 盒子各向同性semiisotropic ; x/y 方向同性，z方向不同形；一般用于膜模拟anisotropic ; 各向异性surface-tension ;xy平面张力耦合
nstpcouple =   ; 压力耦合频率，默认-1，表示与nstlist一致，速度积分是设为1
tau_p =  ; 压力耦合时间常数
compressibility =  ; 水可压缩性，默认1ps
ref_p =  ; 参考压力--恒压值，一般为1 bar
refcoord_scaling =  ;no ; 坐标限制不被修改，默认值allcom
11.Simulated annealingannealing =  ; 指定每个温度组别的退火算法no ;不进行模拟退火，仅耦合参考温度值single ; 单序模拟退火，若模拟时间长于升温后的最后时间，则之后是耦合温度periodic ; 从最初的温度开始，到最后温度，在整个模拟时间里反复进行annealing_npoints =  ; 退火参考/控制点数，与温度组别值相等，0表示不使用退火
annealing_time =  ; 每个温度组别退火时间，若使用周期性退火，则在最后一个值再开始退火，ps,个数与annealing_npoints的值一致
annealing_temp =  ; 退火温度组别，个数与个数与annealing_npoints的值一致12.Velocity generationgen_vel =  ;速度生成no ; 不生成速度。输入文件没有速度，则为0yes ; 根据麦克斯韦速度分布函数生成速度，只对md有意义gen_temp =  ; 体系温度，用于麦克斯韦速度分布gen_seed =  ; 初始速度初试随机数，-1表示为进程的ID数

13.Bondsconstraints =  ; 键约束none ; 没有约束，除特意指明外hbonds ; 氢键约束all-bonds ; 所有键约束h-angles ; 所有氢键键长和键角约束all-angles ;所有键长和键角约束
constraint-algorithm =  ; 约束算法LINCS ; 不能用于角度约束SHAKE ; 比LINCS慢且不稳定；不能用于能量最小化continuation =  ;no ; 初试构象应用约束，并复位，第一次MDyes ; 初试构象不约束，不复位，用于精确的继续计算或重计算shake_tol =  ; 默认0.0001，SHAKE相对容忍度
lincs_order =  ;约束偶合矩阵阶次，用于LINS精度，默认4
lincs_iter =  ; 迭代次数，用于LINCS约束精度，默认1
lincs_warnangle =  ; 键最大旋转角度，默认为30morse =  ;no ; 键为谐波势能yes ;键为Morse势能14.Energy group exclusionsenergygrp_excl =  ;排除一对组之间的非键相互作用，在能量计算等方面应用15. COM pullingpull =  ;no ; umberlla ;constraint-al;16.Free energy calculationsfree_energy =  ; no ; 仅适用拓扑Ayes ; lambda 插值

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