GROMACS(5.1.4)教程：蛋白质配体复合物

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蛋白质配体复合物模拟添加离子过程中需要用到输入文件em.mdp，现对里面的各种编辑项目做简单注释。

###em.mdp###

; LINES STARTING WITH ';' ARE COMMENTS
title       = Minimization ; Title of run; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
integrator  = steep        ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
emtol       = 1000.0   ; Stop minimization when the maximum force < 10.0 kJ/mol
emstep      = 0.01      ; Energy step size
nsteps      = 50000        ; Maximum number of (minimization) steps to perform
energygrps  = system   ; Which energy group(s) to write to disk; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist         = 1            ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type         = grid     ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
rlist           = 1.0      ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)
coulombtype     = PME      ; Treatment of long range electrostatic interactions
rcoulomb        = 1.0      ; long range electrostatic cut-off
rvdw            = 1.0      ; long range Van der Waals cut-off
pbc             = xyz      ; Periodic Boundary Conditions

中文注释仅供参考

###npt.mdp###

; LINES STARTING WITH ';' ARE COMMENTS
title       = Minimization ; Title of run; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
integrator  = steep        ; #指定积分算法
emtol       = 1000.0   ; #能量最小化收敛值
emstep      = 0.01      ; #初试步长
nsteps      = 50000        ; #积分或能量最小化步数
energygrps  = system   ; #保存能量的组; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist         = 1            ; #邻近列表更新频率
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type         = grid     ; #邻近列表搜索方法
rlist           = 1.0      ; #短程邻近列表截断，默认1nm
coulombtype     = PME      ; #库伦计算方式
rcoulomb        = 1.0      ; #短程库伦截断，默认1nm
rvdw            = 1.0      ; #短程范德华力截断，默认1nm
pbc             = xyz      ; #周期性边界条件

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