RDKit | 基于SSSR区分环状化合物和链状化合物
基于RDKit描述的SSSR概念进行相同的分类。
导入库
from rdkit import rdBase, Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Draw, Descriptors, PandasTools
import pandas as pd
载入数据
df = pd.read_csv('PD1_inhibitor_dataset.csv')
PandasTools.AddMoleculeColumnToFrame(df, 'smiles')
GetSSSR函数
SSSR有两个函数:GetSSSR和GetSymmSSSR。
首先,使用GetSSSR函数,这是一个可以获得SSSR数量的函数。
第一个分子的结构。
test_mol = df.loc[0, 'ROMol']
Draw.MolToImage(test_mol)
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