An Error Correction and DeNovo Assembly Approach for Nanopore Reads Using Short Reads

一种使用短read的纳米孔读错误校正和从头装配方法

文摘:

背景:

误差校正是NGS数据分析和处理中的一项重要工作。错误纠正的目的是为了方便对大型项目进行数据分析，比如de novo assembly项目。在此，我们提出了一种新的混合算法用于长读和短读的纠错。我们的算法可以灵活地适应不同类型的错误。

接下来，我们做一个新的程序集来修正长读。目的:提出一种基于序列比对的MinIon读校正算法，利用Illumina短读算法检测和校正MinIon长读的错误。

方法:

在我们的方法中，我们分为四个步骤。

首先，我们进行质量控制和清洗数据。

其次，我们使用叠架形成的前误差校正步骤。

第三，我们使用对齐来对齐预组装的叠架到长读，我们使用这种对齐来纠正错误的长读。

最后，我们对纠正后的长读进行汇编。

结果:

S.cerevisaeW303(酿酒酵母)和E.coli(大肠杆菌)的映射结果

结果表明，该方法能在合理的时间内获得高质量的长读序列，其对参考基因组的映射率可达99%。

对于denovo程序集，与其他错误纠正工具相比，经过纠正的长读可以在较短的运行时间内提供良好的组装器。

结论:MiRCA是一种新的检测和纠正错误的混合方法。它使用一种基于校准的方法，使用预先组装的短读作为校正纳米孔长读的参考。

参比基因组校正长序列的实验评价。大肠杆菌表明，与现有的相关工作相比，MiRCA确保了最佳的错误纠正。

An Error Correction and DeNovo Assembly Approach for Nanopore Reads Using Short Reads相关推荐

Error Correction and DeNovo Genome Assembly for the MinION Sequencing Reads mixing Illumina Short Re
Error Correction and DeNovo Genome Assembly for the MinION Sequencing Reads mixing Illumina Short Re ...
Efficient Hybrid De Novo Error Correction and Assembly for Long Reads
Efficient Hybrid De Novo Error Correction and Assembly for Long Reads 长read的高效的混合从头纠错和装配 Abstr ...
Hybrid Error Correction approach and DeNovo Assembly for MinIon Sequencing Long Reads
Hybrid Error Correction approach and DeNovo Assembly for MinIon Sequencing Long Reads 混合纠错方法和从头组装的Mi ...
Ratatosk - Hybrid error correction of long reads enables accurate variant calling and assembly
Ratatosk - Hybrid error correction of long reads enables accurate variant calling and assembly 长读的 ...
Oxford Nanopore sequencing, hybrid error correction, and de novo assembly of a eukaryotic genome
Oxford Nanopore sequencing, hybrid error correction, and de novo assembly of a eukaryotic genome 牛津纳 ...
Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing reads
Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing reads 混合误差校正和重新组装的单分子测序读取 ...
MECAT: fast mapping,error correction, and de novo assembly for single-molecule sequencing reads
MECAT: fast mapping,error correction, and de novo assembly for single-molecule sequencing reads MECA ...
复现有道NLPCC-2018 CGEC：A Neural Machine Translation Approach to Chinese Grammatical Error Correction
有道NLPCC-2018 CGEC任务论文:A Neural Machine Translation Approach to Chinese Grammatical Error Correction ...
PacBio sequence error correction amd assemble via pacBioToCA
Illumina二代测序有个致命缺陷,说到底还是基于PCR扩增的,所以存在偏向性和对于高GC含量区无法扩增等系统误差,测序错误是不可避免的,其次就是测序长度短:但其价格便宜,通量非常高,准确性达99% ...

An Error Correction and DeNovo Assembly Approach for Nanopore Reads Using Short Reads

An Error Correction and DeNovo Assembly Approach for Nanopore Reads Using Short Reads相关推荐

最新文章

热门文章