使用Bioconda管理生信软件(以bwa为例)
1.安装conda
要使用Bioconda,必须先安装conda,有两个版本可供我们选择:miniconda和anaconda。miniconda的体积较小,但是能满足正常的生物信息学使用,如果你的网速较慢或者硬盘空间较小,可以优先选择此版本。进入miniconda的下载页面,选择合适的版本进行下载和安装
#下载miniconda安装包
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#安装miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2.启动conda
在上一步选择no之后,输入conda是会报找不到此命令的。那要如何启动呢?
找到你刚才安装的miniconda,如果没有更改过安装位置的话应该是在/home
下面,cd
到miniconda3的bin目录下面,能看到有一个activate。
这里需要给activate
添加一下权限才能使用
chmod 777 activate
接下来启动conda
. ./activate #这里的第一个点跟source是一样的效果,我比较懒。
成功启动conda
当命令行前面出现(base)
的时候说明现在已经在conda的环境中了。这时候输入conda list
命令就有反应了
conda list
3.使用bioconda管理生物信息学软件
# 此处以软件bwa为例
# 安装bwa,默认安装最新版本
conda install bwa
# 查找bwa的所有版本
conda search bwa
- 安装完成后,可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置
which bwa
4.# 安装特定版本的bwa
conda install bwa=0.7.12
# 查看conda中已经安装过的软件
conda list
# 升级软件
conda update bwa
# 卸载软件
conda remove bwa 或者
conda unistall bwa
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