sliva数据库简介--转载
sliva rRNA数据库(http://www.arb-silva.de/)用来检查和比对RNA序列,既可以针对16S/18S,SSU,也可以针对23S/28S, LSU,包括了Bacteria, Archaea and Eukarya。同时也是ARB的官方指定数据库。
LSU: Large subunit (23S/28Sribosomal RNAs)
SSU: Small subunit (16S/18Sribosomal RNAs)
1.下载
1.1 针对arb的下载
到目前(2015.2.4,最新的数据库为Realease119,网页版的已经到121版本了,但是现在不提供下载)
下载介绍http://www.arb-silva.de/download/arb-files/
下载地址:http://www.arb-silva.de/no_cache/download/archive/release_119/ARB_files/
我选择的是其中的 RefNR 99,他是Ref 119的无冗余版本。
wget –c
http://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/release_119/ARB_files/SSURef_NR99_119_SILVA_14_07_14_opt.arb.tgz;
md5sum SSURef_NR99_119_SILVA_14_07_14_opt.arb.tgz;
wget –c ;http://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/release_119/ARB_files/SSURef_NR99_119_SILVA_14_07_14_opt.arb.tgz
1.2 仅仅是下载fasta文件
下载地址:http://www.arb-silva.de/no_cache/download/archive/release_119/Exports/
根据下载的需求,选择针对23S/28Sribosomal RNAs的LSU或者是针对16S/18Sribosomal RNAs的SSU;然后选择是否去冗余的,我选择去,即Nr99;然后选择是否trunc,即是否对名字缩写;选择是否全长比对结果;
*_tax_silva.fasta.gz
-----------------
Multi FASTA files of the SSU/LSU databases including the SILVAtaxonomy for
Bacteria, Archaea and Eukaryotes in the header.
REMARK: The sequences in the files are NOT truncated to theeffective LSU or
SSU genes. They contain the full entries as they have been depositedin the
public repositories (ENA/GenBank/DDBJ).
Fasta header:
>accession_number.start_position.stop_position taxonomic pathorganism name
*_tax_silva_full_align_trunc.fasta.gz
-----------------------
Multi FASTA files of the SSU/LSU databases including the SILVAtaxonomy for
Bacteria, Archaea and Eukaryotes in the header (including the FULLalignment).
REMARK: Sequences in these files haven been truncated. This meansthat all
nucleotides that have not been aligned were removed from thesequence.
*_tax_silva_trunc.fasta.gz
-----------------------
Multi FASTA files of the SSU/LSU database including the SILVAtaxonomy for
Bacteria, Archaea and Eukaryotes in the header.
REMARK: Sequences in these files haven been truncated. This meansthat all
nucleotides that have not been aligned were removed from thesequence.
生成使用与Mothur的silva数据库:http://blog.mothur.org/2014/08/08/SILVA-v119-reference-files/
文献:
Quast C, Pruesse E, Yilmaz P, Gerken J, Schweer T, Yarza P, PepliesJ, Glöckner FO (2013) The SILVA ribosomal RNA gene database project: improveddata processing and web-based tools. Opens external link in new windowNucl.Acids Res. 41 (D1): D590-D596
转载于:https://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/6396427.html
sliva数据库简介--转载相关推荐
- Sybase数据库简介 (转载)
一.Sybase数据库简介 (转载) 1.版本 1984年,Mark B. Hiffman和Robert Epstern创建了Sybase公司,并在1987年推出了Sybase数据库产品.SYBASE ...
- 简单粗暴,微生物生态研究中常用数据库简介--转载
微生物生态(MicrobialEcology),又名环境微生物(Environmental Microbiology),是研究微生物之间及其与环境之间相互关系的学科.从生物角度,其研究对象主要有真核微 ...
- MongoDB数据库简介及安装
一.MongoDB数据库简介 简介 MongoDB是一个高性能,开源,无模式的,基于分布式文件存储的文档型数据库,由C++语言编写,其名称来源取自"humongous",是一种开源 ...
- NCBI中SRA数据库简介
NCBI中SRA数据库简介 SRA数据库简介 SRA 数据库, 为Sequence Read Archive 的缩写.主要存储高通量测序的数据,来自四个测序平台,分别为: Roche_LS454,Il ...
- php mysql数据库简介,mysql数据库
数据库简介 什么是数据库 保存和管理数据的仓库,数据库 什么是数据 文件,图片,视频,订单,用户名,密码等等.这些数据都需要有专门的地方来保存和管理 数据库的分类 关系型:mysql ... 非关系型 ...
- 【Redis6快速深入学习01】NoSQL数据库简介
文章目录 1 NoSQL数据库简介 1.1 技术发展 1.2 NoSQL数据库 1.3 行式存储数据库(大数据时代) 1.4 图关系型数据库 1 NoSQL数据库简介 1.1 技术发展 技术的分类 解 ...
- [Redis6]NoSQL数据库简介_特点
NoSQL数据库简介 NoSQL(NoSQL = Not Only SQL ),意即"不仅仅是SQL",泛指非关系型的数据库. NoSQL 不依赖业务逻辑方式存储,而以简单的key ...
- 1、oracle数据库简介
1.ORACLE数据库简介 数据库指的是存储和管理数据的仓库,是一种文件集合(包括数据文件.临时文件.日志文件和控制文件),我们一般所说的数据库指的是数据库管理系统,一种用于操作数据库的软件,简称DB ...
- mysql数据库基础简介_MySql数据库基础之数据库简介及安装
MySql数据库简介: 众所周知,MySql数据库是一款开源的关系型数据库,在Web应用方面,MySql是最好的.最流行的RDBMS(Relational Database Management Sy ...
最新文章
- python将字典内容存入mysql
- antd option宽度自适应_WordPress文章中添加自适应宽度的表格——墨涩网
- TCGA三个在线可视化网站
- 跨域推荐: 迁移学习和推荐系统的火花碰撞
- NoSQL之HBase
- 51 Nod 1005 大数加法【Java大数乱搞,python大数乱搞】
- MySQL编码转换防止SQL注入_防止SQL注入和XSS注入的方法总结
- pytorch搭建LSTM神经网络预测电力负荷
- 泰坦尼克号数据集的下载
- java聊天软件_java实现简单聊天软件
- 去掉 AD13 PCB网络连线中的双斜杠
- 【冬镜网】什么是搜索引擎优化?
- 冒泡法排序(从小到大)
- HDWiki的兼容性问题
- 不重视,小程序将会带来大风险!——三大风险、隐私合规,小程序主该如何面对?
- tps5430应用电路详解_电源转换芯片TPS5430及其应用
- webRTC(二十四):web远程多台android的实现
- New Empirical Traceability Analysis of CryptoNote-Style Blockchains
- python爬取学校教务管理系统_python requests模拟登陆正方教务管理系统,并爬取成绩...
- Hyperleder Fabric国密改造一键部署工具区块链网络修改工具
热门文章
- yolact_ros出坑记录
- java跨函数跳转_C语言中将绝对地址转换为函数指针以及跳转到内存指定位置处执行的技巧...
- python web开发框架flask_Python Web 开发框架,Flask 与 Django那个更好
- java 清空控制台_利用原生库和JNI(Java原生接口)实现H2数据库漏洞利用
- php增删改查前后端分离,前后端分离之前端增删改查
- java遍历bean_javaweb利用javabean将数据库中内容遍历在页面输出
- redis mysql 集群_mysql_redis
- 独立服务器和虚拟服务器的区别,BlueHost虚拟主机与独立服务器的主要区别
- c语言的发展8个过程,c语言发展过程.pptx
- python中complex函数的用法_Python 内置函数complex详解