在线作图|微生物多样性分析—

物种累计曲线

物种累计曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度，在生物多样性和群落调查中，被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。
一般而言，在样本量较少的情况下，随着样本数量的增加，将有较大可能性发现大量新的物种，此时曲线呈急剧上升状态；当样本数量已经较大时，此时群落中的ASV/OTU总数将不再随着样本数量增加而显著增加，曲线将趋于平缓。因此，通过物种累积曲线可以判断样本量是否充分：若曲线始终保持上升趋势，则表明样本量不足，反之，则表明样本量已足以反应群落的物种组成。在样本量充分的前提下，运用物种累积曲线还可以对物种丰富度进行预测。

如何不使用R绘制物种累计曲线

小编和他的小伙伴们开发了一个在线的作图小网站——云图图（www.cloudtutu.com，免费的哦~），操作步骤如下：
①登录网址：www.cloudtutu.com（推荐使用360或者谷歌浏览器）
②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录；
③登录后在全部工具那一栏找到物种累计曲线，点击进入；
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作~

Step 1 上传数据

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理，但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别)
a)准备一个数据矩阵（形式参照示例数据，如微生物物种丰度表）；
b)表格需要带表头和列名，每一列为样本名，每一行为各种指标数据名，例如OTU等；
c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为：全选excel中的所有内容（ctrl+A），复制到记事本中，将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。

Step 2 参数设置

2.1 字体大小：按需求自行设置
2.2 pch形状选择：“+”、“-”、“*”
2.3 背景颜色选择1：箱线图之间的连线线条颜色选择
2.4 背景颜色选择2：阴影颜色选择
2.5 线条颜色选择：箱线图填充颜色选择
2.6 筛选显示种类：按需自行选择要用的样本进行作图。（如无需要可以不填）

Step 3 下载文件

点击“运行”开始作图，点击“下载”保存PDF格式的矢量图或者表格。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。

Step 4 作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图，可通过矢量图处理软件进行编辑和调整（如：文字字体，文字大小，图片分辨率等）。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。

Step 5 写作建议

XXXX was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website.

尊敬的用户，如果图图云平台在您的科研中有幸提供了些许帮助，我们期望您能在方法学或者致谢中提及我们，引用方法如下：XXXX analysis was performed on Tutools platform (http://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website. 目前平台还处于测试阶段，使用过程中有任何疑问或者报错欢迎随时联系小编反馈。您的反馈和建议是我们最大的动力~

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