TMB计算的小工具-calculate

TMB即肿瘤突变负荷，在很多文章中均又涉猎。什么是TMB呢？
普遍认为单位长度内检测到的基因突变个数。例如某检测覆盖基因1MB长度，在1MB长度内检测到了有20个突变，那么就属于肿瘤突变负荷高（TMB—H）。
不同检测所覆盖的基因长度和个数稍有差异。选择的基因大概是随机分布在23对染色体上。
如何去计算呢？生信菜鸟团中写的已经很详细，详细的可以看一下链接，这里不过多介绍。http://www.bio-info-trainee.com/2513.html
如果大家会使用代码，可以看上面的链接，自己学着计算TMB的得分，这里只是给不会写代码的人推荐，本人根据链接的内容将该计算方法进行包装，方便大家直接计算，详细看下面！
首先，还是一样的，先安装python3.8以上的版本，有人也一直私信问我，为什么一定要3.8以上的版本，主要在包装的过程中，本人使用的就是3,8的版本，低版本的就会不兼容哈，安装步骤，可自行百度哈。
接着，我们打开压缩包，里面配置了一个maf的文件，计算TMB使用的就是这个文件
在dist\calculate_TMB文件夹下有一个calculate_TMB.exe文件，双击打开，即可
选择合适maf文件，如果是TCGA的数据，直接点击运行即可，如果不是，则需要知道样本名称的那一列的名称，常见的可以用excel打开，查看列名
这时候在maf文件的同一文件夹下多了一个result.txt的文件

打开该文件，即为样本的TMB的得分
有兴趣朋友也可以测试一下，本人在封装的过程中，与生信自学网计算的结果也进行对比，也欢迎大家积极尝试！如果需要获取压缩包，可加本人微信
当然也可以直接下载，压缩文件已经上传
https://download.csdn.net/download/weixin_43949246/16605060

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