创建时间：2021-08-16，更新时间：2022-07-05

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一、概览
二、需要注意的坑们
- 1. 安装wine
- 2. wine下安装WeChat
- - 2.1 安装
  - 2.2 可能遇到的问题
- 3. .run文件运行不了
- 4. Anaconda安装和使用
- - 4.1 安装
  - 4.2 使用
  - 4.3 可能出现的问题
- 5 配置xxx（略）
- 6. 桌面上的.Desktop文件双击运行不了
- 7. 为应用创建桌面快捷方式
- 8. FileZilla的安装和使用
- 9. 安装医学处理软件的其他环境如mrtrix，dipy等
- 10. FSL的安装和使用
- - 10.1 安装
  - 10.2 使用
- 11. ANTs的安装和使用
- - 11.1 相关资料
  - 11.2 使用
  - 11.3 可能遇到的问题
  - 11.4 ANTs对应的Python版本
- 12. ITK-Snap的安装和使用
- - 12.1 安装
  - 12.2 使用
  - 12.3 可能遇到的问题
- 13. python中torchbiomed库
- 14. AFNI的安装和使用
- - 14.1 安装
  - 14.2 使用
- 15. FreeSurfer的安装和使用
- - 15.1 下载
  - 15.2 使用
  - 15.3 可能遇到的问题
- 16. MatLab的安装（使用见另一个文件“Matlab")
- 17. R语言的安装和使用
- - 17.1 安装
  - 17.2 使用
- 18. 搜狗输入法的安装
- 19. 坚果云网盘client的下载
- 20. MRICro的安装和使用
- - 20.1 安装
- 21. oh-my-zsh的安装和使用
- - 21.1 安装：
  - 21.2 设置zsh为默认终端
  - 21.3 更改终端主题
  - 21.3 将之前bash中设置的环境变量导入zsh
  - 21.4 同时安装命令语法高亮和自动补全
- 22. RadiAnt DICOM Viewer的安装和使用
- - 22.1 安装
- 23. Paraview的安装和使用
- - 23.1 安装
  - 23.2 使用

一、概览

环境：Ubuntu 20.04
说明：以下加粗的为我最终选择安装的，未加粗正体为的可选的，斜体为最终选择不装了的

代码编辑器：PyCharm，Visual Studio Code
虚拟环境，包管理器：Anaconda 或 Miniconda
Linux下的Windows平台：Wine
- PDF阅读器：福昕或 Acrobat Reader
- 聊天工具：WeChat，TIM
- 办公编辑软件：office (word, ppt, excel) 或WPS
终端管理：tmux、oh-my-zsh
科学上网工具：electron-ssr，以及proxychans4。可选monocloud，蜂巢等
文件传输工具：FileZilla
医学图像处理工具：FSL、ANTs（配准分割等都很好用）、ITK-Snap、AFNI（以及要用到的R语言）、FreeSurfer、mrtrix3、MRICron（看Dicom序列或者将Dicom序列转成Niftii格式）、MRIcroGL（作用同上但是更新）、RadiAnt DICOM Viewer（看DICOM很方便，医生强推）、Paraview（看surface的mesh文件）、3D Slicer
团队协作工具（网页版）：trello、bitbucket、confluence、GitHub
代码管理软件（桌面版，仅支持Windows和mac OS）：sourcetree
编程/数据处理软件：Matlab（以及其上的SPM）
输入法软件：搜狗
网盘：坚果云
远程控制软件：Teamviewer、向日葵

二、需要注意的坑们

安装wine
wine下安装WeChat
.run文件运行不了
Anaconda安装和使用
配置xxx（略）
桌面上的.Desktop文件双击运行不了
为应用创建桌面快捷方式
FileZilla的安装
安装医学处理软件的其他环境如mrtrix，dipy等
FSL的安装和使用
ANTs的安装和使用
ITK-Snap的安装和使用
python中torchbiomed库
AFNI的安装和使用
FreeSurfer的安装和使用
MatLab的安装（使用见另一个文件“Matlab")
R语言的安装和使用
搜狗输入法的安装
坚果云网盘client的下载
MRICro的安装和使用
oh-my-zsh的安装和使用
RadiAnt DICOM Viewer的安装和使用
Paraview的安装和使用

1. 安装wine

搜索wine的官网，有说怎么安装。
然后安装winetricks

2. wine下安装WeChat

2.1 安装

到微信官网下载windows下的.exe文件
把这个文件放到/home/username/wine/文件夹下（方便管理，其他的也行），其中username是当前用户的名字。
进入命令行，直接wine xxxx.exe，其中xxxx.exe就是待安装的安装包。
完了之后直接运行就可以了。
或者按win徽标键，然后搜索wechat，回车运行即可。

2.2 可能遇到的问题

问题1：显示不了中文
安装好之后运行：
- 方法1：在/home/username/Desktop/文件夹下有WeChat.desktop
  - 修改该文件，给“env”后面加上“LC_ALL=

3. .run文件运行不了

因为下载的福昕阅读器是arm架构适用的，但是我的电脑是x86。所以需要重新下载对应的合适的安装包。

4. Anaconda安装和使用

Anaconda是包管理器，创建虚拟环境什么的也很实用。

4.1 安装

首先，到Anaconda官网下载对应系统的最新版本的安装包：https://www.anaconda.com/products/individual#
默认是下载到/home/username/Downloads/下面，我为了管理方便，把它mv（move）到了/home/username/ProgramFile/下。
然后，命令行进入安装包所在位置，bash ./Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh，其中后面是安装包的名称。
根据提示进行安装即可，中间需要确认安装的位置，我选择的是/home/username/ProgramFile/anaconda3/。
不出意外的话会安装成功。
然后更新环境变量：source ~/.bashrc

4.2 使用

查看版本（以及是否安装成功）：conda --version
新建虚拟环境：conda create --name new_env package=2.1
- 其中--name可以用-n代替，new_env是新的虚拟环境的名字，package是导入的包，不指定的话就先不导入，=2.1是可以指定包的版本。
复制虚拟环境：conda create --name new_env --clone old_env
- 其中new_env是新的虚拟环境的名称，old_env是被复制的虚拟环境的名称。
进入虚拟环境：conda activate env_name
- 其中env_name是要进入的虚拟环境的名称
退出虚拟环境：conda deactivate
查看已安装的包：conda list
查找包：conda search pkg_name
- 其中pkg_name为查找的包的名字
安装包：conda install pkg_name
- 其中pkg_name为查找的包的名字
- 安装不上的话可以用pip install pkg_name
更新conda：conda update conda
查看已创建的虚拟环境：conda env list
删除某个虚拟环境：conda remove -n <env_name> --all
- 其中<env_name>是要被删除的虚拟环境的名称。
创建指定路径下的虚拟环境：conda create --prefix=/public/home/username/env/py38 python=3.8
- 其中--prefix后面的路径是目标保存的路径，最后是指定的包的版本。
- 激活该虚拟环境时也要指定完整的路径名，如：conda activate /public/home/username/env/py38
- 退出和以前一样：conda deactivate

4.3 可能出现的问题

问题：安装成功后conda --version显示找不到conda命令。

解决：需要更新一下环境变量：source ~/.bashrc
重新打开terminal，即可看到前面多了"(base)"字样，也可以正常使用conda命令了。

问题：不想要默认进入(base)环境

解决：conda config --set auto_activate_base false

5 配置xxx（略）

6. 桌面上的.Desktop文件双击运行不了

对该图标 右键 -> Allow Launching
就可以双击打开啦。

7. 为应用创建桌面快捷方式

到本地电脑的~/.local/share/application/下找到对应的.desktop文件（可能在其下的子目录中）
复制该文件到~/Desktop/下，或直接拖到/复制到桌面，就好了。
然后对桌面上的.desktop文件右键 -> Allow Launching。

8. FileZilla的安装和使用

安装：sudo apt-get install filezilla
安装对应的语言包：sudo apt-get install filezilla-locales
使用：
- 在命令行：filezilla即可调出主界面。

9. 安装医学处理软件的其他环境如mrtrix，dipy等

首先进入虚拟环境，比如创建并进入一个名为“mri”的虚拟环境：
- conda create -n mri
- conda activate mri
安装一些常用的包：
- conda install -c mrtrix3 mrtrix3
- conda install -c conda-forge dipy

10. FSL的安装和使用

FSL是常用的医学处理软件。

10.1 安装

下载：需要先注册，再下载使用。官网：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation
下载安装比较费时，这个软件比较大。

10.2 使用

查看MRI图像：mrview
- 例如：mrview T1.nii.gz
调出FSL主界面：fsl
去脑壳、抠脑子：bet
- 例如：bet T1.nii.gz T1_r20_f015.nii.gz -r 20 -f 0.15 -B -S -m -R -o
配准：flirt
缩放视野：robustfov
应用变换矩阵：convert_xhm
transformconvert：把flirt_import或itk_import的transformation变换成mrtrix库可以认识的形式
从功能像中挑出一张来：fslroi
进行subcortical的分割：first方法。
- 参考1：（总结文档）http://learning-archive.org/wp-content/uploads/2019/05/%E4%BD%BF%E7%94%A8FIRST%E5%88%86%E6%9E%90%E7%9A%AE%E4%B8%8B%E6%A0%B8%E5%9B%A2%E5%BD%A2%E5%8F%98.pdf
- 参考2：（官方教程）https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FIRST/UserGuide

11. ANTs的安装和使用

11.1 相关资料

Advanced Normalization Tools，基于Insight ToolKit（ITK）
官方教程中推荐从source code下载：https://brianavants.wordpress.com/2012/04/13/updated-ants-compile-instructions-april-12-2012/
- 即：
```
> git clone git://github.com/stnava/ANTs.git
> mkdir antsbin
> cd antsbin
> ccmake ../ANTs
按 “c” 进行configuration
按 “q” 进入advanced mode，将SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOC设置为OFF从而关闭firewall
按 “g” 进行genration
> make -j 4
```
- 如果编译结束后antsbin目录下没有bin的话，那就创建一个bin目录，然后把一些文件复制进去：
```
> mkdir bin
> cp -r ./ANTS-build/Examples/* ./bin
> cp -r ./staging/bin/* ./bin
> cp -r ../ANTs/Scripts/* ./bin
```
- 然后把路径加到环境变量~/.bashrc文件中。比如：
  编辑文件：
  > vim ~/.bashrc
  加入路径：
```
# ANTs
export ANTSPATH=/home/username/ProgramFile/ants/antsbin/bin
export PATH=$ANTSPATH:$PATH
```
  保存退出，然后更新：
  > source ~/.bashrc
- 后面如果要更新ANTs的话，就进入ANTs文件夹下，然后：
  git pull origin master
安装可以参考这个PDF文件：http://learning-archive.org/wp-content/uploads/2017/09/%E4%BD%BF%E7%94%A8ANTs%E8%BF%9B%E8%A1%8CMRI%E5%9B%BE%E5%83%8F%E9%85%8D%E5%87%86.pdf
也可以参考官方文档：http://stnava.github.io/ANTsDoc/
了解ANTs的介绍、历史等的slides（没啥用）：http://stnava.github.io/ANTsTalk/#/
如何使用可以参考官方教程（有用的！还有原始论文！）：http://stnava.github.io/ANTs/

11.2 使用

配准：antsRegistration
利用矩阵进行形变：antsApplyWarp
把配准生成的transformation的.mat文件变成可读的格式：ConvertTransformFile

11.3 可能遇到的问题

问题1：在服务器上安装了ANTs，但是在用户这边找不到命令。
解决1：修改本用户的环境变量~/.bashrc文件：
- 加入：
```
export ANTSPATH=/public/software/ANTSbin/bin
export PATH=$ANTSPATH:$PATH
```
- 保存并退出，然后：source ~/.bashrc
问题2：ANTs生成的变换矩阵，FSL那边不认。
解决2：ANTs是基于ITK的，所以这个问题就变成了如何将ITK格式的transformation转换成fsl格式。
- ANTs带的ConvertTransformFile命令可以将ANTs生成的变换矩阵.mat文件转换成普通可读的文件，这样就可以用cat进行读取了（原始的文件是读不出来的）。但是这样还是没有转成FSL格式。
  - 比如：ConvertTransformFile 3 registeredMI1_0GenericAffine.mat registeredMI1_0GenericAffine_readable4.mat --hm
- 下载c3d tool（Convert3D Medical Image Processing Tool）：https://sourceforge.net/projects/c3d/
- 然后进入解压：tar -xvzf <file_name>
  - 其中<file_name>为下载的toolbox的名字。
- 进入解压后的文件，找到其下的bin文件夹，里面就有需要的函数。记下这个路径名。
- 像上面问题1的解法一样，修改环境变量的~/.bashrc文件，把这个路径加进去，然后source ~/.bashrc更新环境变量，就可以用c3d tool啦。
- 然后根据使用提示进行操作就好了。
- 但是我的各个坐标系之间还是有问题，转换之后还是不对。
问题3：在安装ITK时，那一步make -j 4中，显示连接不到remote的git
解决3-1：走代理吧。
- 比如在make的命令前面加上proxychains4。
- 嗯，当然是要先配置以下proxychans4的，参考另一篇。
解决3-2：在ccmake的时候更改一些配置：
- SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL 改成 “OFF”. (把防火墙关掉，否则后续编译自动适配下载ITK会超时)
- RUN_LONG_TESTS 和 RUN_SHORT_TESTS 改成 “OFF”. （否则后续编译会报 recipe for target 错误）
- 然后再按‘c’进行configuration。

11.4 ANTs对应的Python版本

安装：pip install antspyx
- 注意，是antspyx，不是ants！！！
- 这个库有300MB，直接下载比较慢，可以通过镜像下载，即：
```
pip install antspyx -i https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/
```
使用：
- 官方教程：https://antspy.readthedocs.io/en/latest/registration.html
- PDF版手册：https://buildmedia.readthedocs.org/media/pdf/antspy/stable/antspy.pdf

12. ITK-Snap的安装和使用

12.1 安装

下载ITK-Snap：https://sourceforge.net/projects/itk-snap/files/itk-snap/3.8.0/itksnap-3.8.0-20190612-Linux-x86_64.tar.gz/download

12.2 使用

打开一个nii.gz文件：itksanp <file_name>

12.3 可能遇到的问题

问题：安装ITK-SNAP之后，执行itksnap命令，报错：~/ProgramFile/itksnap-3.8.0-20190612-Linux-gcc64/lib/snap-3.8.0/ITK-SNAP: error while loading shared libraries: libpng12.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
解决：下载libpng12.so.0这个东西
- sudo add-apt-repository ppa:linuxuprising/libpng12
- sudo apt update
- sudo apt install libpng12-0
- 再执行itksnap就会发现ok啦！

13. python中torchbiomed库

torchbiomed库：特定于生物医学成像的数据集、转换和实用程序
直接pip install下载不下来，显示找不到
但是可以这样：
python -m pip install git+https://github.com/mattmacy/torchbiomed.git
如果要指定版本（即从某个稳定的节点安装），后面接“@”，比如：
python -m pip install git+https://github.com/mattmacy/torchbiomed.git@661b3e4411f7e57f4c5cbb56d02998d2d8bddfdb

14. AFNI的安装和使用

14.1 安装

AFNI (Analysis of Functional NeuroImages)
官网：https://afni.nimh.nih.gov/
找到对应电脑版本，进行安装：https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/background_install/install_instructs/steps_linux_ubuntu20.html#
- 但是我觉得这个安装教程有点问题… 不可全信。

14.2 使用

afni
suma

15. FreeSurfer的安装和使用

大脑成像处理包
可以和suma（音）结合使用。

15.1 下载

比较大，7.2.0版本有4.7GB。
官方下载：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/DownloadAndInstall
- 方法1：直接点击对应链接下载；
- 方法2：找到下载链接，然后到命令行里用wget命令下载，比如：
  wget https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.2.0/freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.2.0.tar.gz
这个安装包下载用常规的网络特别慢，十几k/s，所以最后我从服务器上copy了别人下载安装好的，然后添加到环境变量中，就可以用了。

15.2 使用

官方的Wiki：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki
youtube上的讲解视频集：https://www.youtube.com/watch?v=zeFPx0fMXRQ
查看图像：freeview
在软件主界面，左上角双击图片（volumn）的名字，可以让它排在top位置。
关于ROI labeling的wiki：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/AnatomicalROIV6.0
加载ROI labeling的mask，比如：
```
freeview -v ~/Documents/1000_3/T1_brain_preprocessed.nii.gz ~/Documents/1000_3/T1_rois_106.nii.gz:colormap=lut:opacity=0.4
```
- 其中的lut意思是Look-Up-Table：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/AnatomicalROI/FreeSurferColorLUT。
- 默认用的是Desikan/Killiany atlas，也可以用更多ROIDestrieux atlas parcellation：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/CorticalParcellation
做皮层重建，
- 官方文档：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/recon-all
- 使用方法：recon-all -s xxx -i xxx.nii.gz -all -qcache
- 包括31个步骤，每个步骤的输入输出可以参考blog：https://read.douban.com/reader/column/594403/chapter/3949428/ （不是很规范，但是可以参考）
- 也可以参考我的纸质笔记。
- 主要的就是aseg和aparc的结果，分别是皮层下组织分割和皮层分割的结果。
- recon-all 涉及到的算法的相关论文：
  
  [1] Collins, DL, Neelin, P., Peters, TM, and Evans, AC. (1994) Automatic 3D Inter-Subject Registration of MR Volumetric Data in Standardized Talairach Space, Journal of Computer Assisted Tomography, 18(2) p192-205, 1994 PMID: 8126267; UI: 94172121
  [2] Cortical Surface-Based Analysis I: Segmentation and Surface Reconstruction Dale, A.M., Fischl, Bruce, Sereno, M.I., (1999). Cortical Surface-Based Analysis I: Segmentation and Surface Reconstruction. NeuroImage 9(2):179-194
  [3] Fischl, B.R., Sereno, M.I.,Dale, A. M. (1999) Cortical Surface-Based Analysis II: Inflation, Flattening, and Surface-Based Coordinate System. NeuroImage, 9, 195-207.
  [4] Fischl, Bruce, Sereno, M.I., Tootell, R.B.H., and Dale, A.M., (1999). High-resolution inter-subject averaging and a coordinate system for the cortical surface. Human Brain Mapping, 8(4): 272-284
  [5] Fischl, Bruce, and Dale, A.M., (2000). Measuring the Thickness of the Human Cerebral Cortex from Magnetic Resonance Images. Proceedings of the National Academy of Sciences, 97:11044-11049.
  [6] Fischl, Bruce, Liu, Arthur, and Dale, A.M., (2001). Automated Manifold Surgery: Constructing Geometrically Accurate and Topologically Correct Models of the Human Cerebral Cortex. IEEE Transactions on Medical Imaging, 20(1):70-80
  [7] Non-Uniform Intensity Correction. http://www.bic.mni.mcgill.ca/software/N3/node6.html
  [8] Fischl B, Salat DH, Busa E, Albert M, Dieterich M, Haselgrove C, van der Kouwe A, Killiany R, Kennedy D, Klaveness S, Montillo A, Makris N, Rosen B, Dale AM. Whole brain segmentation: automated labeling of neuroanatomical structures in the human brain. Neuron. 2002 Jan 31;33(3):341-55.
  [9] Bruce Fischl, Andre van der Kouwe, Christophe Destrieux, Eric Halgren, Florent Segonne, David H. Salat, Evelina Busa, Larry J. Seidman, Jill Goldstein, David Kennedy, Verne Caviness, Nikos Makris, Bruce Rosen, and Anders M. Dale. Automatically Parcellating the Human Cerebral Cortex. Cerebral Cortex January 2004; 14:11-22.
更改默认的SUBJECT_DIR: setenv SUBJECT_DIR <new-path>
- 其中<new-path>为新的路径。
- 或者也可以直接（比如）：export SUBJECTS_DIR='pwd' 将其设置为当前所在目录。
将.mgz文件（可以用mrview打开）转换成.nii.gz文件（可以用itksnap打开）
- mri_convert xxx.mgz xxx.nii.gz
快捷键：
- 隐藏或显示当前选中的图层：v
- zoom（放大或缩小）：鼠标悬停在图像上并滚动滚轮，或按住右键拖动
- 平移图像：按住鼠标中间的按键进行拖动或按住Shift键用鼠标左键对图像进行拖动。
- 改变亮度window：按住Shift键，鼠标右键进行上下拖动。
- 改变亮度的contrast：按住Shift键，鼠标右键进行左右拖动。
导入label的文件，load volume -> color map: LUT
可以选择截屏吼~

15.3 可能遇到的问题

问题1：ERROR: FreeSurfer environment FREESURFER_HOME is not defined.
解决1：到官网查找解决方法：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/SetupConfiguration_Linux
主要就是打开自己的环境配置文件：
- vim ~/.bashrc
- 在后面添上两行：
```
export FREESURFER_HOME=<freesurfer_installation_directory>/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
```
  - 其中<freesurfer_installation_directory>是本地安装freesurfer的路径。
问题2：ERROR: FreeSurfer license file <freesurfer_installation_directory>/freesurfer/.license not found.
解决2：到官网注册一下，它会给license.txt：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html
注册之后会将lisence.txt文件发送到注册的邮箱，然后把这个文件copy到FREESURFER_HOME目录下就可以了。

16. MatLab的安装（使用见另一个文件“Matlab")

MatLab官网下载安装包.tar文件：https://ww2.mathworks.cn/products/matlab.html
下在之后解压，进去，看Readme文件，里面写了不同系统应该用什么方法进行安装。比如Ubuntu系统寻找 “install” 文件。
在命令行执行相应的安装脚本：
- ./install
- 然后根据界面提示进行操作就好了～

17. R语言的安装和使用

17.1 安装

使用CRAN软件源进行安装：https://cran.r-project.org/
以下安装方式参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/148819843

安装必要的安装包，添加软件源：

sudo apt install dirmngr gnupg apt-transport-https ca-certificates software-properties-common

把软件源添加到系统的源列表：

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'

安装R：
```
sudo apt install r-base
```
验证是否安装完成：
```
R --version
```

17.2 使用

可以参考菜鸟教程的R语言部分。

18. 搜狗输入法的安装

官网下载就好了。
至于皮肤的安装我还没弄明白。

19. 坚果云网盘client的下载

官网下载：https://www.jianguoyun.com/s/downloads/linux
建议参考里面的"How to install from source code"直接从源码下载。

20. MRICro的安装和使用

20.1 安装

MRICRO的官网下载对应版本的安装包
解压：tar -xzfv xxxxxxxx.tar.gz
在安装的位置./startmricro就可以运行了。
把这个加入用户的环境变量~/.bashrc
然后就可以在任意terminal中startmricro来运行了。

21. oh-my-zsh的安装和使用

21.1 安装：

首先安装zsh：sudo apt-get install zsh
然后安装oh-my-zsh：
- 官网：https://ohmyz.sh/#install
- GitHub官网：https://github.com/ohmyzsh/ohmyzsh
- 安装命令：sh -c "$(wget https://raw.github.com/ohmyzsh/ohmyzsh/master/tools/install.sh -O -)"
更新命令：upgrade_oh_my_zsh
卸载命令：uninstall_oh_my_zsh

21.2 设置zsh为默认终端

查看当前终端：echo $SHELL
查看zsh安装路径：which zsh
设施为zsh：sudo chsh -s $(which zsh)
然后log out 当前用户
重新log in
再打开终端就能看到新的终端了~

21.3 更改终端主题

查看可用主题：ls .oh-my-zsh/themes
每种主题对应的示例预览可以看官方给的效果图：https://github.com/ohmyzsh/ohmyzsh/wiki/Themes
修改配置文件：vim ~/.zshrc
将里面ZSH_THEME="robbyrussell"中双引号的名字改成目标主题的名字，比如ZSH_THEME="amuse"
如果更改之后发现字体显示有问题，那么下载一个font包就可以：sudo apt-get install fonts-powerline

21.3 将之前bash中设置的环境变量导入zsh

将~/.bashrc文件中的那些export PATH之类的设置copy到~/.zshrc中并source ~/.zshrc。
注意有一些和“bash”有关的内容不要copy进去，不然在source的时候会报错。
对于anaconda，在上面的做完之后还需要在命令行多执行一步，conda init zsh方可正常使用conda。

21.4 同时安装命令语法高亮和自动补全

语法高亮：安装方法：https://github.com/zsh-users/zsh-syntax-highlighting/blob/master/INSTALL.md
自动补全：https://github.com/zsh-users/zsh-autosuggestions/blob/master/INSTALL.md
- 记得要给~/.zshrc文件中添加一行：
```
source ~/.oh-my-zsh/custom/plugins/zsh-autosuggestions/zsh-autosuggestions.zsh
```
  这样就相当于把安装的.zsh文件也source一下~

22. RadiAnt DICOM Viewer的安装和使用

22.1 安装

官网：https://www.radiantviewer.com/download/?src=mbst&f=setup
下载。安装。
软件收费的，但是可以试用。

23. Paraview的安装和使用

可以用来看mesh文件，比如脑皮层重建的结果。

23.1 安装

安装地址：https://www.paraview.org/download/
选择合适的版本，下载.
进入安装路径，tar -xvzf ParaView-5.10.1-MPI-Linux-Python3.9-x86_64.tar.gz
- 其中ParaView-5.10.1-MPI-Linux-Python3.9-x86_64.tar.gz是包名，视下载版本而定
进入解压后的文件夹，里面的‘bin’文件夹，copy其路径
修改配置文件：vim ~/.zshrc
- 注意，如果用的是bash，则为vim ~/.bashrc

添加几行：

# Paraview
export PARAVIEWPATH="/home/glourier/ProgramFile/paraview/ParaView-5.10.1-MPI-Linux-Python3.9-x86_64/bin"
export PATH=$PARAVIEWPATH:$PATH

保存退出
更新配置文件：source ~/.zshrc 或source ~/.bashrc （和前面vim的文件对应）

23.2 使用

进入软件后，有example visualizations~
拖入.vtk文件即可打开
可以更改render内容为curv，并rescale显示范围，对于brain surface的话可以rescale到[-0.5, 0.5]

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从头配置一台医学影像处理的电脑 Ubuntu20.04

文章目录

一、概览

二、需要注意的坑们

1. 安装wine

2. wine下安装WeChat

2.1 安装

2.2 可能遇到的问题

3. .run文件运行不了

4. Anaconda安装和使用

4.1 安装

4.2 使用

4.3 可能出现的问题

5 配置xxx（略）

6. 桌面上的.Desktop文件双击运行不了

7. 为应用创建桌面快捷方式

8. FileZilla的安装和使用

9. 安装医学处理软件的其他环境 如mrtrix，dipy等

10. FSL的安装和使用

10.1 安装

10.2 使用

11. ANTs的安装和使用

11.1 相关资料

11.2 使用

11.3 可能遇到的问题

11.4 ANTs对应的Python版本

12. ITK-Snap的安装和使用

12.1 安装

12.2 使用

12.3 可能遇到的问题

13. python中torchbiomed库

14. AFNI的安装和使用

14.1 安装

14.2 使用

15. FreeSurfer的安装和使用

15.1 下载

15.2 使用

15.3 可能遇到的问题

16. MatLab的安装（使用见另一个文件“Matlab")

17. R语言的安装和使用

17.1 安装

17.2 使用

18. 搜狗输入法的安装

19. 坚果云网盘client的下载

20. MRICro的安装和使用

20.1 安装

21. oh-my-zsh的安装和使用

21.1 安装：

21.2 设置zsh为默认终端

21.3 更改终端主题

21.3 将之前bash中设置的环境变量导入zsh

21.4 同时安装命令语法高亮和自动补全

22. RadiAnt DICOM Viewer的安装和使用

22.1 安装

23. Paraview的安装和使用

23.1 安装

23.2 使用

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