用R语言做非度量多维尺度分析(NMDS)

2018-11-24

原创 2017-03-10 OmicShare.com 基迪奥生物 基迪奥生物

微信号 gene-denovo

功能介绍 广州基迪奥生物官方公众平台，小圆每天分享各种生信软件使用技巧， 搜罗好玩的科研生活，定期还有掉节操的生物界八卦分享，让科研变得有意思咯~

NMDS(Non-metric Multidimensional scaling)简单来讲就是降维，比如你有20个样本，首先要计算样本与样本间的距离。在微生物分析过程中，这个距离的选择有很多种。

比如有：manhattan、euclidean、canberra、bray、kulczynski、jaccard、gower、altGower、morisita、horn、mountford、raup、binomial、chao、cao、mahalanobis。默认是bray。常用的其实还有jaccard。

非度量多维尺度法是一种将多维空间的研究对象(样本或变量)简化到低维空间进行定位、分析和归类，同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。适用于无法获得研究对象间精确的相似性或相异性数据，仅能得到他们之间等级关系数据的情形。其基本特征是将对象间的相似性或相异性数据看成点间距离的单调函数，在保持原始数据次序关系的基础上，用新的相同次序的数据列替换原始数据进行度量型多维尺度分析。

换句话说，当资料不适合直接进行变量型多维尺度分析时，对其进行变量变换，再采用变量型多维尺度分析，对原始资料而言，就称之为非度量型多维尺度分析。其特点是根据样品中包含的物种信息，以点的形式反映在多维空间上，而对不同样品间的差异程度，则是通过点与点间的距离体现的，最终获得样品的空间定位点图。

用R语言实现非度量型多维尺度分析的过程如下：

library(vegan)

data(varespec)

data(varechem)

## The variables are automatically scaled

rankindex(varechem, varespec)

euc    man      gow     bra      kul

0.2396330 0.2735087 0.2288358 0.2837910 0.2839834

#结果显示kul最优，但是其实bra指数也挺好。

> vare.dis

[1] 0.1117280 0.9539592

> require(MASS)

#载入需要的程辑包：MASS

> vare.mds0

initial  value 18.026495

iter   5 value 10.095483

final  value 10.020469

converged

> ordiplot(vare.mds0, type = "t")

Warning message:

In ordiplot(vare.mds0, type = "t") : Species scores not available

> stressplot(vare.mds0, vare.dis)

vare.mds

vare.mds

plot(vare.mds, type = "t")

参考文献：

【1】A microbita signature associated with experimental food allergy promotes allergic senitization and anaphylaxis. The Journal of Allergy and Clinical Immunology.Volume 131, Issue 1 , Pages 201-212, January 2013.

阅读

精选留言

该文章作者已设置需关注才可以留言

该文章作者已设置需关注才可以留言

加载中

以上留言由公众号筛选后显示

了解留言功能详情

微信扫一扫

关注该公众号

免责声明：本文仅代表文章作者的个人观点，与本站无关。其原创性、真实性以及文中陈述文字和内容未经本站证实，对本文以及其中全部或者部分内容文字的真实性、完整性和原创性本站不作任何保证或承诺，请读者仅作参考，并自行核实相关内容。

http://www.pinlue.com/style/images/nopic.gif