imageJ基本操作

这篇文章会针对图像拼接的各种情况，介绍ImageJ中不同的自动图像拼接方法。

自动图像拼接大概可以分为以下三种情况：

一、图片无重叠

二、图片有规律重叠

三、图片无规律重叠

下面会针对这三种情况，介绍不同的解决方案。
一、图片无重叠

这种情况并不多见，通常运用于理想情况下，图片无重叠分割后，重新拼接。

（1）对于无重叠的两张图片(Stack)，如下图所示

图片拼接方法（Image -> Stacks -> Tools -> Combine）

这里的情况需要横向拼接，如果要纵向拼接，可以勾选Combine vertically，拼接结果：

2）对于无重叠的平铺扫描的一系列图片，如下图所示：

图片拼接方法（Plugins -> Stitching -> Grid/Collection stitching）

进行平铺扫描的图片拼接时，必须要知道扫描的方式（Type），方向（Order），这里的扫描方式是由左到右，由上到下，所以选择Grid: row-by-row，Right&Down。

以及这组图片在x、y上的Grid size，即每行每列有几张图，这里总共有98张图片，x轴上每行14张图片，y轴上每列7张图片。初始化窗口如下：

重点注意红框中的参数：

Directory：定义图片文件夹路径，待拼接的图片需要放入一个文件夹。

First file index i：定义i的初始值，这里定义i的初始值为1。

File name for tiles：读取命名为tile_{i}.tif的图片，这里的{i}是可变参数。

不要勾选Compute overlap，因为图片之间没有重叠。

拼接结果：

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