分子动力学理论篇（1）——牛顿力学、哈密顿动力学和相空间

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分子动力学理论-总结

接下来我们画出harmonic spring 在相空间的轨迹：
MALAB 代码如下：

clc;clear;
%--------------------------------%
% initial setting
step = 0.1;
X_initial  = -4;
V_initial = 0;
lambda    = 1;
mass      = 1;
X_current = X_initial;
V_current = V_initial;
t         = 0;run = 0;
%--------------------------------%
% Run
while (t<=100)t   = t+step;half_t    = 0.5*step;a = -X_current;V_current = V_current+a*step;X_current = X_current+V_current*step;momentum  = V_current;%---------------------------------------%% plot hold on;  s = scatter(X_current,momentum);s.LineWidth = 0.6;s.MarkerEdgeColor = 'b';s.MarkerFaceColor = [0 0.5 0.5];run = run +1;  %---------------------------------------%% output if(mod(run,100)==0)fprintf("The step %d is finished!\n",run);      end
end
disp("--------------------------");
disp("--------ALL DONE!!!-------");
disp("--------------------------");

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