GO分析(cytoscape)
1.下载安装软件
访问生信自学网或官方网站自行下载安装
note:软件路径地址需要英文路径,否则很难使用
2.软件BiNGO的安装
打开cytoscape软件—点击Apps—Apps Manager—Install Apps—在搜索框内搜索BiNGO—点击选中中间框中的BiNGO—点击右下角的Install安装—关闭Apps Manager窗口
3.打开BiNGO
选择Apps—点击安装的BiNGO,打开BiNGO界面
4.使用BiNGO进行GO分析
(1)在Cluster name中输入GO分析后产生的文件名称
(2)选中Paste genes from text,并在下面框中填入进行GO分析的基因名称
(3)在Choose a significance level填入显著性—0.05或者0.01
(4)在Select ontology file中填入进行GO分析的类别,细胞分析的是BP,CC和MF分析
(5)在Select organism/annotation中选择物种
(6)最后选中Save BiNGO data file in并填入生成文件的保存路径
5.最后使用Excel打开生成的文件就完成GO分析了,也可以利用表中数据进行绘图分析。或者,根据研究的功能在相应的功能中选取感兴趣的基因进行研究。
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