R语言画好看的聚类树
本次例子用到的R包主要有
TreeAndLeaf
、RedeR
、igraph
、RColorBrewer
,示例数据来自于Rflexclust
包的nutrient
数据。
加载数据和R包
library(TreeAndLeaf)
library(RedeR)
library(igraph)
library(RColorBrewer)data(nutrient, package = "flexclust") # 加载数据
对数据进行简单的查看和处理
head(nutrient) # 简单看一下数据energy protein fat calcium iron
beef braised 340 20 28 9 2.6
hamburger 245 21 17 9 2.7
beef roast 420 15 39 7 2.0
beef steak 375 19 32 9 2.6
beef canned 180 22 10 17 3.7
chicken broiled 115 20 3 8 1.4row.names(nutrient) <- tolower(row.names(nutrient)) # 把行名变成小写
聚类分析
hc <- hclust(dist(nutrient))
画图
tal <- treeAndLeaf(hc) # 转化为树和叶的形式,其实是转化为igr
R语言画好看的聚类树相关推荐
- R语言画森林图方法4
获取更多R语言知识,请关注公众号:医学和生信笔记 医学和生信笔记,专注R语言在临床医学中的使用,R语言数据分析和可视化.主要分享R语言做医学统计学.meta分析.网络药理学.临床预测模型.机器学习.生 ...
- R语言画基因突变结构图
R语言画基因突变结构图 做遗传病的同志们经常头痛的一个事应该是怎么画突变示意图,以前都是PPT直接画,但是最近碰到一个问题,综述里涉及到数个基因的数百个突变位点,PPT画的画得累死,于是开始搜索怎么用 ...
- R语言ggplot2可视化可视化聚类图、使用geom_encircle函数绘制多边形标定属于同一聚类簇的数据点、并自定义每个聚类簇数据点的颜色、多边形框的颜色(Cluster Plot)、主副标题题注
R语言ggplot2可视化可视化聚类图.使用geom_encircle函数绘制多边形标定属于同一聚类簇的数据点.并自定义每个聚类簇数据点的颜色.多边形框的颜色(Cluster Plot).主副标题题注 ...
- R语言Affinity Propagation+AP聚类实战
R语言Affinity Propagation+AP聚类实战 目录
- R语言聚类分析之层次聚类(hierarchical clustering)实战
R语言聚类分析之层次聚类(hierarchical clustering)实战 目录 R语言聚类分析之层次聚类(hierarchical clustering)实战 #距离计算
- 利用R语言画简单时间序列图
R 语言无法自动将读取的数据转化为时间序列格式, 所以利用R语言画时间序列图的一个关键步骤就是将读取的数据转变为时间序列格式, 下面是一个简单的程序: # 读取数据, 首先将excel 格式的转化为 ...
- R语言画个中国地图使用shp文件
R语言画个中国地图,使用shp文件 前几天帮人用R语言画个一个河北省的地图,河北省各个市被填充上颜色,颜色的深浅和这个市的GDP有关系,效果如下: 然后加上各个城市的名字并加上指北针.再把背景的网格去 ...
- 【R语言画生日蛋糕】
R语言画生日蛋糕 直接上代码! rm(list = ls())a100 <- seq(0, 100, by = 1) a50 <- seq(12, 88, length.out = 101 ...
- R语言的三种聚类方法
一.层次聚类 1)距离和相似系数 r语言中使用dist(x, method = "euclidean",diag = FALSE, upper = FALSE, p = 2) 来计 ...
- k均值聚类算法案例 r语言iris_聚类分析—系统聚类
聚类就是按照某个特定标准把一个数据集分割成不同的类或簇,最后的结果是希望同类之间的差异性尽可能小,不同类之间的差异性尽可能大.不同的类具有能够表达异于其他类的指标,这样针对不同的类,后续就能采取不一样 ...
最新文章
- 【英文文本分类实战】之二——数据集挑选与划分
- mysql备份数据库语句6_13.4 MySQL用户管理;13.5 常用sql语句;13.6 MySQL数据库备份恢复...
- LineageOS编译
- 【Java】5.2 方法详解
- tensorflow教程 学习笔记 之 Eager execution 急切执行
- pmp每日三题(2022年2月25日)
- malloc和calloc的区别
- Codewars-Regex validate PIN code(正则检验PIN码)
- 小米发布首款TWS降噪耳机:Air 2 Pro售价699元
- 编译linux源码,linux源码树编译
- Taproot激活时间将改由MTP计算
- [tensorflow]tensorflow2.1.0使用内置方法进行培训和评估
- 网维无盘服务器错误代码,网维大师无盘环境INTER傲腾方案常见问题解答?
- 用java找出2个数组中重复的数字_【Java】 剑指offer(1) 找出数组中重复的数字
- 解决VMware下Win10主机和win7虚拟机实现文件共享问题
- 《 指数基金投资指南 》by 银行螺丝钉 - 笔记 - 4 - 第二部分
- Java 桥接方法(Bridge Method)
- [论文翻译]A review on image segmentation techniques
- sgd kmeans
- 清默网络——RIP单播更新