3DSlicer教程(1)简介
1.什么是3DSlicer
3DSlicer用于医学图像分析(包括配准和交互式分割)和可视化(包括3D渲染)以及用于图像引导治疗研究的软件平台。
支持的操作系统:Linux,Mac OSX和Windows
2.相关网址
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3.3DSlicer能够应用那些数据格式
3DSlicer能够应用的最基本格式是DICOM,DICOM格式包含患者姓名、医院、检查日期、扫描方式、层厚等参数,通常CT和MRI扫描都会生成DICOM格式。我们要取得这些数据最简洁的方式是通过PACS系统,或者到影像科刻录光盘。其次3DSlicer也可以处理nii、nii.gz、nrrd、img等格式。
3DSlicer也可以处理一系列的jpg、tiff或者png格式数据,但需要知道图像的比例尺和层厚数据,处理的效果远远不如DICOM。
4.轴位图(横断面)很清晰,但是冠状位图和矢状位图模糊原因
应用于3DSlicer三维重建的数据仅需要轴位、矢状位或冠状位其中之一即可。如导入到3DSlicer中的图像为轴位图像时候,3DSlicer会根据轴位图像重建矢状位和冠状位图像,此时如果轴位图像扫描层厚偏大时,轴位图像为原始图像,一般会很清晰,而重建后的矢状位和冠状位图像则模糊。要想达到满意的重建效果,建议影响扫描层厚1mm以下,血管重建建议0.625mm。
如下图所示为扫描层厚5mm的头颅CT数据重建效果,原始数据为24幅轴位图像。
下图为扫描层厚0.625mm的头部CTA数据重建效果,原始数据为579幅轴位图像(包括头颈部)。
5.数据保存
- 1.保存MRML文件(场景文件):MRML Scene(.mrml)
- 2.保存MRB文件(医疗现实束):Medical Reality Bundle(.mrb)
- 3.保存Volume(体数据):格式可为nrrd、nii、nii.gz、img等
5.1数据格式之间的关系
- 1.
mrml
与nrrd
格式之间的关系
mrml
为场景数据类型,为3DSlicer特有的一种文件类型,保存时需要与其他数据一同保存,下次直接导入mrml
数据即可进入到上次退出时的视图界面,因mrml
数据包含有应用程序的状态和可视化参数。
nrrd
为体数据文件,其他数据是在体数据的基础上生成的,单纯保留的nrrd
格式文件可以应用,而单纯保存的mrml
文件是不能应用的。 - 2.
nii
与nii.gz
格式之间的关系
nii
是NIfTI
格式文件的扩展名,是未压缩格式,nii.gz
为压缩之后的数据,两种数据都是体数据。 - 3.如何保存为
img
文件格式
Analyze
格式储存的每组数据组包含2个文件,一个为数据文件,其扩展名为.img
,包含二进制的图像资料;另外一个为头文件,扩展名为.hdr
,包含图像的元数据。
3D Slicer
除了对DICOM
数据支持外,还对Analyze
和NIfTI
数据提供支持。
Analyze
格式储存的每组数据组包含2个文件,一个为数据文件,其扩展名为.img
,包含二进制的图像资料;另外一个为头文件,扩展名为.hdr
,包含图像的元数据。
Analyze
格式是fMRI
早期最常用的格式,现在逐渐被NIfTI
格式所取代。Analyze
格式的缺点是头文件不能真正反映元数据。
NIfTI
格式最重要的特征是能反应MRI
的像素指数与空间位置。标准NIfTI
图像的扩展名是.nii
,包含了头文件及图像资料。
单独的.nii
格式文件的优势就是可以用标准的压缩软件(如gzip),而且一些分析软件包(如FSL)可以直接读取和写入压缩的.nii
文件(扩展名为.nii.gz
)。
6.学习数据素材
百度云链接:https://pan.baidu.com/s/1kiyBGhtN6ZMQNFUu6vyCUA 提取码:mlcx
3DSlicer示例数据离线数据包:
链接:https://pan.baidu.com/s/1ziAcnOvWesmWIdCeaqqGog 2
提取码:1234
参考目录
3DSlicer扫描18问
https://forum.slicercn.com/t/topic/271
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