RNA-seq数据下载

1. 下载

NCBI公共数据库下载

或者SRA官网下载，SRA (https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/)网页：直接获取一个项目号里所有样本run号

下载后，sra文件转换为fastq格式

利用fastq-dump软件，服务器上有，现成使用

fastq-dump --split-3 --gzip SRRID 速度较慢

或者使用fasterq-dump软件

fasterq-dump -e 16 --split-3 SRR11657463 -O ./SRRID

速度快，但生成的是文件夹，无法自动压缩，需要手动压缩

gzip SRR11657463.R1.fq
gzip SRR11657463.R2.fq

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