在linux下运行qiime,科学网—QIIME2在Linux环境下使用遇到的问题 - 肖斌的博文
1)qiime demux summarize --i-data demux.qza --o-visualization demux.qzv出现如下报错信息
解决方案2:由于个人是利用windows登陆服务器,为此下载Xming,在putty中对登陆节点进行localhost:0的设置
重新运行后,出现如下结果
此处注意,用解决方案1不能使用命令
qiime tools view demux.qzv
用解决方案2,用此命令查看数据时,出现一些报错信息,但不影响结果查看
2)qiime dada2 denoise-single --i-demultiplexed-seqs demux.qza --p-trim-left 0 --p-trunc-len 120 --o-representative-sequences rep-seqs-dada2.qza --o-table table-dada2.qza
此步在利用qiime的全路径运行时,没有在source activate qiime2的环境下(/home/xiaob/miniconda3/envs/qiime2-2017.6/bin/qiime dada2 denoise-single --i-demultiplexed-seqs demux.qza --p-trim-left 0 --p-trunc-len 120 --o-representative-sequences rep-seqs-dada2.qza --o-table table-dada2.qza ),出现报错信息如下
为此报错google查了很长时间,没有找到明确的解决方案,尝试在source activate qiime2的环境下运行,顺利得到结果
3)qiime feature-classifier classify-sklearn --i-classifier gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza --i-reads rep-seqs.qza --o-classification taxonomy.qza,出现报错信息如下
scikit-learn的版本不一样,个人的解决方案是重新将qiime-2017.6更新为qiime-2017.7,重新运行
4)qiime feature-classifier classify-sklearn --i-classifier gg-13-8-99-nb-classifier.qza --i-reads rep-seqs.qza --o-classification taxonomy.qza,出现报错信息如下:
TypeError: _futuristic_archive_error() takes 2 positional arguments but 3 were given
提示这是2017.7版的bug,为此删除2017.7版,更新安装2017.12,此错误得以解决。
5)利用2017.12运行qiime feature-classifier classify-sklearn --i-classifier gg-13-8-99-nb-classifier.qza --i-reads rep-seqs.qza --o-classification taxonomy.qza,出现报错信息如下:
OSError: [Errno 28] No space left on device
提示需要指定个空间足够的temp目录,为此export TMPDIR=* 设定个环境变量,重新运行,此错误得以解决。
转载本文请联系原作者获取授权,同时请注明本文来自肖斌科学网博客。
链接地址:http://wap.sciencenet.cn/blog-306699-1068502.html
上一篇:QIIME2在Linux环境下的安装
下一篇:早产儿败血症肠道菌群的跟踪研究
在linux下运行qiime,科学网—QIIME2在Linux环境下使用遇到的问题 - 肖斌的博文相关推荐
- linux计算圆周率程序,科学网—[转载]关于Linux中使用bc命令计算圆周率(π):可以计算上千位或上万位,顺便评测CPU的计算能力 - 张成岗的博文...
Posted on 2020-12-19 20:28 520_1351 阅读(149) 评论(0) 编辑 收藏 Linux系统中,我们可以安装bc计算器用来计算pi值(π圆周率) 在玩的同时 ...
- linux子系统安装gromacs,科学网—Windows下GROMACS程序的编译 - 李继存的博文
2015-12-07 22:12:05 总的来说, Windows下的GROMACS程序用于模拟意义不大, 对于长时间的模拟, 我都是放在Linux服务器上进行的. 但将Windows下的GROMAC ...
- linux合并pdf命令,科学网—[转载]linux下利用命令行工具pdftk对PDF进行合并分割(转载) - 崔鹏碧的博文...
pdftk是非常好用的PDF页面操作工具,能够切割.合并.提取指定页面等. 常用包括的功能如下:合并 PDF: 分割 PDF 页面: 旋转 PDF 页面: PDF 带密码访问: PDF 填加密码: 用 ...
- linux下 卸载qt_科学网-Bernese安装:Qt的安装与卸载-潘林的博文
在安装Linux Bernese5.2时,需要先安装QT,我使用的是openSUSE,就下载了 qt-linux-opensource-5.0.2-x86-offline.run 的安装包,并进行了安 ...
- linux 后台计算,科学网-如何在Linux中做批处理和后台计算-张彦的博文
单个计算任务的提交 How to compute by Gaussian 03? 1. Upload "xxx.gjf" to your folder. 2. Perform &q ...
- linux安装ld编译器,科学网—手动安装特定版本的gcc编译器 - 亓欣波的博文
Linux发行版中一般预装了gcc编译器,版本随系统不同而不同,有时候不想用(或者是不能用)系统默认的gcc编译器,就需要自己编译特定版本的gcc编译器. 这里以在Ubuntu14.04环境(默认gc ...
- oracle10安装注意事项,科学网—Asianux server 3.0下安装oracle 10.2注意事项 - 谢安涛的博文...
Asianux server 3.0下安装oracle 10.2注意事项 这几天刚接触到linux下的环境,还真不习惯.下面是安装的一些总结. 1)首先做好交换空间:(也可以在2步骤之中再设置) dd ...
- linux apache24 使用,科学网—linux_centos第24_2次课Apache的安装 - 郭会强的博文
第24次课Apache的安装 下载apache的网址 [root@ghq~]# cd /usr/local/src [root@ghqsrc]# ls mysql-5.1.40-linux-i686- ...
- Linux系统设置手动ip,科学网—linux手动设置静态ip - 张志翔的博文
电脑装的ubuntu 16.04, 所里的网络要设置内网静态ip,这个当然没有什么难的.但是因为办公室刚换过几台电脑,我的新电脑联有线之后,总是连上一个啥自动以太网,我把这个自动以太网里面的参数改成静 ...
最新文章
- Ubuntu9.10使用windows的字体的方法!
- ASP.NET 第五天 CSS在支付宝中的应用
- netcore命令行部署|跨域问题
- WPF 中使用附加属性,将任意 UI 元素或控件裁剪成圆形(椭圆)
- 牛客假日团队赛8:H.Cell Phone Network(最小支配集)
- php注册界面模板,WeUI注册页面
- 46 - 算法 -Leetcode-189-旋转数组-数据结构vector或者reverse函数
- stm32单片机OLED取字模软件使用 PCtoLCD2002
- 质量和品质的区别_质量体系认证,与产品质量认证的区别 !
- iOS NSMutableURLRequest 上传图片
- JavaScript学习笔记 及 JAVAScript优化
- 【Cocos2d-html5】运动中速度效果
- 新建Office文件丨默认模板文件
- CI框架实现某字段自加数值
- 用cmd命令下载百度云的资源
- Chrome、FireFox浏览器新标签页打开搜索和书签
- mysql 合并同类项_使用Excel处理交易数据同一ID下的多条交易记录
- 线性目标规划(线性目标规划、图解法、单纯形法)
- shell脚本——awk详细介绍(包含应用案例)
- android/IOS NTP 获取在线的GMT 网络时间
热门文章
- K-means聚类分析算法(二)
- kafka sink mysql,kafka之七 sinkTask详解
- OpenShift Security (3) - 准备客户端环境和演示应用
- Python 2 结束支持,Ubuntu 20.04 LTS 继续进行将其移除的工作
- WPF窗口允许通过拖放进行切换
- 计算机的工作原理是二进制原理吗,电子计算机的工作原理基于二进制。()
- weblogic控制台查看日志_weblogic 控制台日志保存到文件
- VisualStudio安装
- mysql update form_Update From 用法 | 蒲公英网
- html垂直线性渐变,html5线性渐变