胡侃一些自己的个人经历

我接触到生物信息学还是在老师的带领下自己学进去，对我们还算幸运地学习了这一课程，在这之前其实我对生物信息学是非常敌视，当时自己有一些对于实验生物学的优越感，认为啊，实验生物学就是正统，什么生物信息学就是不正统之类的，于是乎就比较鄙夷。（现在觉得当时自己还是比较可笑）自己也是进入了实验生物学的实验室。但是随着我学习了这样一门课程，才发现生物信息学还是很有趣的，基于各种算法预测，找出我们的想要的东西本来就是一种乐趣。

在这里，笔者希望一些人不要因为自己的偏见丢失了一个比较好的机会。

回到正题。

什么是生物信息学？其实这个问题还是比较有争议性，学术界也是争议不断，毕竟用一个名词如果能把学科特色包含进去，同时把其他学科划清界限，真的很不容易。除此以外，学科的人才真的很多，学计算机的研究算法，学生物学使用工具预测基因的，甚至有些其他院系也在搞测序仪，这些都是生物信息学的一部分，或者说相关的地方。这些人做东西都不一样，但是说自己都是做生物信息学的。你说生物信息学是啥？他们也不知道。

但是对于他们而言，他们的目的是明确可以看到的，比如一个课题组想预测蛋白质的特定序列，另外一个组想用工具来分析自己的实验数据，讲一个更好的故事，还有一个组想与市场结合，研发测序仪，找到测序的更好的方法，对于他们而言，自己的工作都可以说出个一二三，不然这工作也没办法做了不是。

这也是我对于科研的理解，对于一个特定的方向，我们需要的特定的知识（但是最基本还是数学计算机）来获得我们的想要的成果。而本科教育的学科，只是对于我们的所学的知识进行了限定。对于我这个菜鸟而言，没有所谓学科的事情，知识就是一碗面糊糊，你想用到什么样的知识，就用筷子把这碗面糊糊慢慢扒找到我们想要的东西然后吃掉就是了。

好像有些走题了，但是对于一个入门者（也就是我）而言，理解一个学科的概念还是有些意义，至少会对于一个学科有些初步的印象。在这里我从学科的建立目的出发来说明生物信息学的相关概念。

生信本质上对于生物数据进行处理

20世纪其实是分子生物学，生物化学的时代，（所以20世纪才是生物学的世纪）DNA结构的确定，中心法则的确立，以及基因的具体结构，G蛋白化学信号的具体通路等等，随着这研究成果不断变多，生物学家发现，他们的脑袋无法记住所有的东西，DNA序列，RNA序列，蛋白质序列等等这些序列都是成百上千，谁都记不住，那就让计算机来记录吧。数据过多，只能用机器来记录，但是如何运用现有的数据呢？在计算机上储存，只能用计算机的方法来处理了，所以我们才会用到一系列的算法。

没错，这就是生物信息学的由来，数据量过大，人脑袋记不住的，只能用计算机对它们来处理。生物信息学的本质就是处理生物带来的数据获得我们的想要的信息从而进行预测。

比如我们已经知道了一段序列，我想用计算机找到它在哪个物种的那个染色体上的哪个位置。

比如我们已经知道了一坨序列，也知道它们来源于那些物种，我想用计算机找到它们之间相似度有多大，甚至用一个图来表现他们。

比如我们已经知道了特定的序列，也知道了一坨序列里面有啥组成成分，我想用这一坨序列来预测特定序列里面有那些组成成分。

这些都是生物信息学的具体内容，其实现在生物信息学之所以爆炸发展，还是基于数据的爆炸，尤其是二代测序产生的无限多数据，换句话讲生物信息学是分子生物学的高级阶段，所以生物信息学也是与分子生物学息息相关的。

最后我搬一下Wiki的生物信息学的定义。

Bioinformatics is an interdisciplinary field that develops methods and software tools for understanding biological data. As an interdisciplinary field of science, bioinformatics combines biology, computer science, information engineering, mathematics and statistics to analyze and interpret biological data. Bioinformatics has been used for in silico analyses of biological queries using mathematical and statistical techniques.

生物信息学基于理解生物数据来开发算法和软件的交叉学科。为了整合和分析生物数据，它整合了生物，计算机，信息学工程，数学和统计。使用数学和统计，生物信息学被用于基于生物问题的计算机分析。

接下来我会用自己的想法来分析生物信息学的入门和进阶。