MMPB/GBSA结合自由能计算以残基贡献度分析
MMPB/GBSA结合自由能计算以残基贡献度分析
- 1.MMPB/GBSA结合自由能计算简介
- 2.输入文件准备
- 2.1 拓扑文件处理
- 2.2 mmpbsa.in的编译
- 3.运行程序
- 4.绘图
1.MMPB/GBSA结合自由能计算简介
在运行完MD之后,毫无疑问需要对其进行分析.其中结合自由能计算就是必不可少的一部分:
配体和受体的游离态到结合态之间存在一个能量差,用这个能量差可以衡量两者结合的亲密度.下图是结合MMGBSA的原理,其将结合自由能分为了分子力学能Emm,(范德华力Evdw,静电相互作用Eele),溶剂化自由能(Gsolvation)
2.输入文件准备
为了进行结合自由能计算 我们分别需要
1.复合物拓扑文件 - ->ligand_1_complex.prmtop
2.动力学模拟结果mdcrd文件 - ->07_prod.nc
3.输入参数文件–>mmpbsa.in
2.1 拓扑文件处理
在命令行执行如下命令:
ante-MMPBSA.py -p ligand_1_complex.prmtop -c ligand_1_complex-now.prmtop -r 4l6s_docked.prmtop -l ligand_1.prmtop -s ":WAT,Na+,Cl-" -n ":352"
#-p 输入符合物拓扑文件
#-c 处理后的复合物拓扑文件输出
#-r 处理后的靶点拓扑文件输出
#-l 处理后的配体拓扑文件输出
#-s 需要提出的元素 本例剔除水,钠离子,氯离子
#-n 配体所处的残基序列位置
2.2 mmpbsa.in的编译
&general
startframe=1901, endframe=2000, interval=1,
verbose = 1
ligand_mask = ':352'
receptor_mask = '1-351'
/
&gb
igb=8, saltcon=0.100,
/
&pb
inp=0, radiopt=0,
istrng=0.100,
/
&decomp
idecomp=1, print_res="44,46,51,99,102-113,200-205,208-212,215-222,224,228-249,258-260,290,324,326-331,334,337,339,352",
dec_verbose=1,
/'''
# start/end frame 起始结束帧 interval 步长(间隔10帧取一次) 一般帧数/步长为1000就够
# verbose =1, 输出能量信息。(=0:不输出,=2输出每步能量信息)
# &gb 采用 Generalized Born 方法,盐浓度 单位是摩尔浓度(Morality)
# &pb 离子强度,单位为摩尔浓度(Morality)
# idecomp=1 & 2 时输出结果为单个残基的结合自由能,其中=1将1-4非键相互作用能(1-4 EEL & 1-4 VDW)归为内部势能,而=2则将1-4非键相互作用各自归为静电势能和范德华势能上
# idecomp=3 & 4 时输出结果为残基对的结合自由能。
# print_res 为需要计算残基贡献度的残基,一般选择ligand 5A范围之内的残基以及其本身就行.
3.运行程序
执行下列代码
mpirun -np {mpi_num} MMPBSA.py.MPI -O -i mmgbsa.in -o 11_FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -do 11_FINAL_DECOMP_MMPBSA.csv -cp ligand_1_complex-now.prmtop -rp 4l6s.docked.prmtop -lp ligand_1.prmtop -y ./07_prod.nc > 11_mmgbsa.log'
# {mpi_num} 并行cpu核数
# -i 输入参数文件 -o 输出总能量变化文件 -do 残基贡献度输出文件
# cp/rp/lp 各类输入拓扑文件
# y mdcrd 输入文件
# > 日志文件输出
4.绘图
运行完毕之后 取11_FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat结果选择能量贡献度靠前的残基绘制能量贡献图(如下):
MMPB/GBSA结合自由能计算以残基贡献度分析相关推荐
- 计算机辅助药物设计系列专题(蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接、能量优化、结合自由能计算、深度学习药物发现)
近年来,利用高性能计算机来进行药物虚拟筛选已经被广泛应用,计算机辅助药物设计可以提高药物研发的成功率,降低研发成本,缩短研发周期,是目前创新药物研究的核心技术之一.随着医药大数据的积累和人工智能技术的 ...
- 自由能计算专题3:gromacs计算自由能的7种方法案例
前言 本教程以甲烷在水中的溶剂化自由能和配体与受体蛋白质结合自由能为入门和进阶例子对使用分子动力学模拟方法来计算自由能的常见方法给出了示例,教程不会过多讲解各种计算自由能方法原理和分析原理,关于自由能 ...
- 分子动力学模拟Amber/Gromacs结合自由能计算 药效团模型构建RMSD、RMSF
文章来源:公众号"科研讨论圈" 以下是使用AMBER.GROMAVCS的教程,希望对开始学习分子动力学的同学有帮助. 分子动力学入门理/论 分子力学简介 分子力学的基本假设 分子力 ...
- 液晶弹性自由能计算_自由能方法应用(一)开放计算平台BRIDGE的介绍及使用案例...
简介 BRIDGE(Biomolecular Reaction and Interaction Dynamics Global Environment)是一个开源的网络平台,旨在为设计可靠的方法提供一 ...
- MMPBSA结合自由能计算原理
MMPBSA结合自由能计算原理 计算结合自由能的方法有很多,例如,热力学积分(Thermodynamic Integration,TI).自由能微扰(Free Energy Perturbation, ...
- 自由能计算,PMF,伞形抽样,WHAM
分子模拟计算某一过程的自由能被称分子模拟领域的4大难题之一.大概因为自由能的概念比较令人困惑.下面侃侃我的理解,大家拍砖.. 要说自由能,先说它和它兄弟"能量"的差别.做过模拟都知 ...
- Discovery Studio | Multi-Site Lambda Dynamics (MSLD) 进行自由能计算
目的:通过此教程,了解Discovery Studio中使用Multi-Site Lambda Dynamics(MSLD)计算自由能的操作方法及结果分析. 所需功能和模块:Discovery Stu ...
- 分布、描述性统计和贡献度分析
一.实验目的 (1) 掌握分布分析的方法. (2) 掌握描述性统计分析的方法. (3) 掌握贡献度分析的方法. 二.实验内容 (1) 销售额分布分析. (2) 销售数量描述性统计分析. (3) 销售数 ...
- 数据统计分析案例(对比分析、销量定比分析、同比、双坐标图、环比、shift、贡献度分析(帕累托法则)、差异化分析、resample、季节性波动分析)
本文来自<Python数据分析从入门到精通>--明日科技编著 本章以案例为主,通过简单的知识讲解使读者了解数据统计分析中常用的分析方法,如对比分析,同比.定比和环比分析,贡献度分析,差异化 ...
- python变量贡献率排序_3.2.5 贡献度分析
贡献度分析又称帕累托分析,它的原理是帕累托法则,又称20/80定律.同样的投入放在不同的地方会产生不同的效益.例如,对一个公司来讲,80%的利润常常来自于20%最畅销的产品,而其他80%的产品只产生了 ...
最新文章
- linux snmp磁盘io,cacti利用snmpdiskio 监控服务器磁盘
- 从扁鹊医术看华为数据中心智能化运维之道
- 22_2D函数优化实例
- LeetCode 747. 至少是其他数字两倍的最大数
- jboss修改服务器端口,改了默认端口的jboss不能用shutdown.sh关闭,怎样解决
- Linux环境变量详解
- TypeScript + Gulp + 混淆 + 打包
- 如何合理封装你的轮子、飞机、大炮(以封装OkHttp为例)
- 基于SRIO总线的高速通信
- 海康摄像头音频方案(播放音频文件+语音对讲+语音转发)-支持window/Linux-java版本
- 基于onnxruntime的YOLOv5单张图片检测实现
- welearn综合教程网课答案
- 杨百翰大学计算机科学专业,杨百翰大学计算机科学硕士.pdf
- 2021年全国职业院校技能大赛 “大数据技术与应用”—模拟赛题(三)
- java获取手机通讯录权限_iOS6 中如何获得通讯录访问权限
- 微信小程序中如何改变switch的样式
- OpenCV实践之路——opencv玩数独之一九宫格轮廓提取与透视变换
- 内容:提出含冰蓄冷空调的微电网多时间尺度优化调度模型,研究冰蓄冷空调 的不同运行方式对优化调度的影响
- 计算机与农业机械化,计算机与农业机械化的相关性研究.pdf
- Android单元测试中AndroidJUnit4获取context