分子动力学模拟Amber/Gromacs结合自由能计算 药效团模型构建RMSD、RMSF
文章来源：公众号“科研讨论圈”
以下是使用AMBER、GROMAVCS的教程，希望对开始学习分子动力学的同学有帮助。
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- 分子力学简介
- 分子力学的基本假设
- 分子力学的主要形式
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LINUX入门 LINUX 简介 - 用户属组及权限
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Shell常用命令练习
AMBER简介及安装 AMBER简介和安装 - GCC简介及安装
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AMBER安装运行
研究对象模型获取 模型文件的预处理 - 模型来源简介
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研究对象模型构建 模型文件的预处理 - 蛋白预处理
小分子预处理
- AMBER力场简介
- 拓扑文件、坐标文件简介
- top、crd文件的生成
- tleap模块的使用
案例实践：
HIV-1复合物的预处理
分子动力学模拟 能量优化、分子动力学模拟 - 能量优化意义以及方法
- 模拟温度调节意义及方法
- 溶剂模型分类及选择
- 动力学模拟输入文件的编写
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- 输出内容解读
案例实践：
HIV-1复合体系能量优化、分子动力学模拟
结合自由能计算 焓变计算 - 实验数据分析及检索
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- GB模型讲解及分类
- 焓变输入文件的编写
焓变结果解读
熵变计算
- Nmode计算熵变原理
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实验值与理论值对照分析
案例实践：
HIV-1与抑制剂之间结合自由能计算
可视化软件 3D可视化分析 - VMD安装和使用
- Discovery Studio 安装和使用
Pymol 安装和使用
基于分子动力学的轨迹特征获取 构象分析 - RMSD分析
- B-Factory 分析
RMSF分析
- RG分析
- 二级结构分析
- VMD动画展示
距离角度测量
基于能量的相互作用机理分析 能量分析 - 残基分解（相互作用分析）
- 丙氨酸扫描（寻找热点残基）
- 氢键网络（其它相互作用）
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