魔鬼R包—SNPassoc的下载与安装

想通过R检验SNP是否满足哈温伯格定律，在网上找到教程说SNPassoc这个包可以完成。

怎么对一组SNP 数据进行统计（频率、哈温平衡检验）_邓飞----育种数据分析之放飞自我-CSDN博客_哈温平衡怎么对一组SNP 数据进行统计（频率、哈温平衡检验）library(SNPassoc)Loading required package: haplo.statsLoading required package: survivalLoading required package: mvtnormLoading required package: paralleldata(SNPs)查看SNPshttps://yijiaobani.blog.csdn.net/article/details/58603028?spm=1001.2101.3001.6650.3&utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7EBlogCommendFromBaidu%7Edefault-3.pc_relevant_paycolumn_v2&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7EBlogCommendFromBaidu%7Edefault-3.pc_relevant_paycolumn_v2&utm_relevant_index=6非常简单的一句 library“SNPassoc”却花了好几天才真正实现

因为每次都报错！（中间省略下载安装Rtools，设置CRAN等步骤）

> library(SNPassoc)
Error: package or namespace load failed for ‘SNPassoc’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
不存在叫‘VariantAnnotation’这个名字的程辑包

那就下载这个包吧！又报错！

Warning in install.packages :
package ‘GenomicRanges’ is not available for this version of R

A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages

继续百度，说要用下面这个代码

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

OK，又报错，

Error: With R version 3.5 or greater, install Bioconductor packages using BiocManager; see https://bioconductor.org/install

继续百度，

> if (!requireNamespace("BiocManager",quietly = TRUE))
+ install.packages("BiocManager")
> BiocManager::install("包")

OK，终于下载好了！但是，

> library(SNPassoc)
Error: package or namespace load failed for ‘SNPassoc’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
不存在叫‘TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene’这个名字的程辑包

微笑，然后就继续

BiocManager::install("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene")

重复下载了6-7个包，终于

> library(SNPassoc)

Registered S3 method overwritten by 'SNPassoc':
method from
summary.haplo.glm haplo.stats

应该.....OK了吧（没好的话我就回来再更新）

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