单细胞(10Xgenomics)测序学习1
单细胞数据的下载:
首先在文章中找到其提供的GEO号,然后在GEO数据库中查找一下。如下所示:
在图中我们可以看到,最下面的(http)是用于下载文章中别人处理好的数据(表达矩阵),上面的 Rations的 SRA 是SRA数据库,用于将SRA数据分开下载。由Samples中可以看出,文章将数据分为三类。
点击SRA那个SRP339472
可以看到三类共5个数据,测序数据非常的大。
这里要强调一下,单细胞测序有两种:
1、smart-seq2,主打基因数量
2、10X Genomics,主打细胞数量
我这里下载的数据是 10X Genomics 的,文章链接:、
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35118670/
本文点击最后一个链接:
这里两个链接都可以使用,接下来,我们回到服务器中,使用prefetch工具下载,拿到一个新的Linux服务器,我们需要安装 conda ,然后用 conda 安装 sra-tools ,然后使用 prefetch 下载:
$prefetch SRR16127055
还有一种方案就是,将刚刚的链接:
$prefetch https://sra-download.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra73/SRR/015749/SRR16127055
接下来就是开始使用 RNA-seq 流程进行上游分析
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