NCBI数据上传(二):转录组测序(RNA-Seq)数据
继“16S扩增子原始数据上传”教程发布之后,为满足大家对转录组数据上传的需求,小编马不停蹄地把转录组原始数据上传流程进行了整理,有需求地赶紧收藏吧!
1. 注册及登录账号
1)注册账号:进入NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)网页,选择对应的账号进行注册,按照提示填写。
2)登录账号:输入账号及密码(注册时使用哪种账号注册,登录时选择对应的登录通道登录),点击Log in,然后点击左上角的NCBI大图标回到NCBI的主页,点击图中Submit按钮进入提交数据页面。
2. 生成Biosample编号
1)进入Submit界面之后,选择My submissions。(提交数据前必须先把样品信息录入生成Biosample编号)
2)在下一个界面中选择BioSample,进入新的页面,点击蓝色按钮New submission,。
3)进入如下页面,根据实际情况填写提交者的信息:包括姓名,邮箱(需要填写一个以单位后缀邮箱),学校学院,单位地址,填写完成点击Continue。
4)接下来填写数据释放的时间,可选择立即释放,也可选择指定日期;下一个选项选择batch/Multiple Biosamples,然后点击Continue即可。
5)接下来选择样品类型Sample Type,通常的转录组样品选择比较多:原核转录组可选前两个,真核的根据样品可以选择:Pathogen affecting public health, Model organism or animal sample, Plant sample等等。然后点击最下方的Continue。
6)接下来填写样品信息Attributes,在线填写和上传excel文件都可,小编习惯下载他们的模板填写后上传的方式:点击第二个选项,然后Download Excel。
7)打开该Excel,文件如下,以本次提交的3个样品为例,其中绿色的栏目为必填项,如果不知道具体信息就填写“not collected”,填的越详细NCBI审核的速度会越快,如果都填“not collected”也可以,不过NCBI反馈给你Biosample编号会慢一些,大约需要2-3天,样品名称建议使用唯一的名称。上传之后就可以点击Continue进入下一个关卡了。
8)接下来就是生成BioSample的最后一步,确认信息后点Submit即可。
9)最后就是坐等NCBI的邮件,第一封邮件是点击Submit后自动发送的,可以忽略。我们需要等的邮件是包含Biosample编号的邮件,如下图所示。这封邮件里会详细说明您的每个样品跟Biosample accession号的对应关系,后续上传raw data需要用到。
10)Bioproject编号申请与BioSample编号申请步骤一致,在以下页面点击Bioproject,按照提示填写相关信息即可。
3. raw data上传
1)待收到BioSample编号之后,我们要再次登录NCBI,进入Submit界面,这次我们选择Sequence Read Archive(SRA),然后点击New submission进入最后的数据上传关卡。
2)填写个人信息。
3)第二步填写通用信息,如果提前注册好了Bioproject号。Biosample这里选择yes,Release date根据需要选择即可。点击Continue。
4) 接下来,根据实际项目内容填写项目的摘要,简单的几个词描述一下就可以了。后边的几个选项没有特殊情况的话第一个选择No,其他的不填即可。然后Continue。
5)跟Biosample差不多,也需要填写一个表格,在线填写和下载模板填写再上传一样的,小编以下载Excel表格填写为例。
6)这个表格是这个样子的:biosample accession编号就是邮件里的编号,library_ID这里可以自行命名只要不重复即可。剩下的选项如图所示,通常情况是这样填写,在filename那里,请各位同学一定要保证跟后续要上传的文件名完全一致,并且不能有“,”、“-”等奇奇怪怪的符号,如果有可以改成下划线“_”或者删掉。转录组的数据选项依次是:library strategy: RNA-seq; library source: Transcriptome; library selection; layout: paired。(至于后边的测序仪型号什么的可以咨询给您做项目的销售)。
7)接下来就是最后一步了,上传数据。在这里,我们可以安装一个IBM的软件——Aspera Connect用于大数据传输(下载地址:https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list,下载安装即可,推荐使用360浏览器,与Aspera关联比较方便。
8)选择图中第一个选项,在choose files选择你的所有文件,网站会自动使用Aspera帮您上传文件,速度很快。出现下图的界面就说明正在上传中了。
9)数据上传完后,点击Continue即可。最后一步,核查相关信息,无问题后,点击提交,等待NCBI审核。审核通过后会收到相关邮件。
4. 友情提示
转录组测序的raw data通常较大,如果样品个数少的话可以通过第一个选项Web browser upload via HTTP or Aspera Connect plugin。如果是10个样品以上,推荐用第二个选项Aspera命令行上传(当然用第一个选项上传也是可以的,不过需要一定的耐心)。
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