互作转录组常用数据库介绍

互作转录组可研究两个物种或多个物种的相互作用机制，也就是说利用该研究方法，我们不仅可以得到宿主防御病原菌机制，也可以研究病原菌如何侵染宿主。关于病原菌如何导致宿主患病和宿主如何防御病原菌入侵，一直以来就是生物学研究的重要内容，因此在很长的研究历程中，就有了各种宿主病原体相关的数据库，本次就为大家介绍一下研究中可能会用到的数据库。

1.TOP1（强烈推荐） PHI-base1、PHI-base

http://www.phi-base.org/

该数据库收录的主要是被实验证实具有毒力和效应基因的细菌、卵菌、真菌，宿主则包括了动物、植物和真菌。同时数据库还囊括了与FRAC合作得到的一些抗真菌化合物数据。该数据库的特点是每个条目都有明显的实验证明，同时为了方便数据与其他数据库互通检索还囊括了Uniprot,GO,EC等相关编号。
该数据库检索也存在两种方法，一种是序列比对，通过进入界面中的”BLAST”进入，然后输入相关的序列进行比对检索。

另一种是通过search搜索框检索，这里软件主要通过以下四种关键词检索：

（1）GENENAME基因名：例如NIP2、TalC等

（2）HOSTSPECIES宿主：例如HUMAN、RICE等

（3）PATHOGENSPECIES病原菌：例如Fusariumgraminearum、Pseudomonasaeruginosa等

（4）DISEASENAME疾病名：例如Tumors、Bacterialleafstreak等

当然由于数据库中的关联信息多，搜索也不仅限于以上内容。例如大家在搜索注释“GO:0009405”时也会得到相应的结果，如下，可以看到对于一个检索结果会得到相关的基因、表型、病原体等相关信息和分类。
2.TOP2 VirusMentha

http://virusmentha.uniroma2.it/

这是一个针对病毒-病毒，病毒-宿主相互作用的数据库，建立在IMEx协议上。数据来源于发表的文献，由人工整合收集而成，并且整合收录了MINT 、IntAct、DIP 、MatrixD B 、BioGrid等几个库中的病毒相关数据。该数据库每周定期自动更新。对数据的检索只能通过搜索框中输入基因ID、关键词等信息检索。
值得注意的是在使用时可以使用宿主和病毒家族信息进行筛选，目前该数据库收录宿主包扩Arabidopsisthaliana(拟南芥)、Caenorhabditiselegans(线虫)、Droso-philamelanogaste(果蝇)、EscherichiacoliK-12(大肠杆菌K-12)、Homosapiens(人)、Musmusculus(小鼠)、Rattusnorvegicus(大鼠)、SaccharomycescerevisiaeS288c(酵母)；收录的病毒家族包括Baculoviridae(杆状病毒)、Hepadnaviridae(肝炎病毒)、Herpesviridae(疱疹病毒)等25个病毒科。

3.TOP3 VirHostnet

http://virhostnet.prabi.fr/

VirHostnet也是一个针对病毒宿主互作的数据库，值得注意的是该数据初期以人的相关病原体为主，虽然在后期的版本加入了其它物种的信息，但仅是其中很少的一部分。

数据库的搜索方法包括关键检索和序列搜索，序列搜索依然可以点击BLAST标签然后输入序列获得，关键词则可以搜索相关的Protein(蛋白)、Domain(功能域)、Path-way(通路)、Taxonomy(物种分类)、Publication(文献)获得。
4.TOP4 EHFPI

http://biotech.bmi.ac.cn/ehfpi

病原体感染的必要宿主因子（EHF）数据库，该数据库主要收集通过RNA干扰实验（RNAi）验证的宿主细胞基因。与其它数据库最大的不同是，这些基因的干扰极大地影响病原体的感染，但不影响宿主细胞的生存能力，因此被称为病原体的必要宿主因子（EHF）。

目前，数据库共收集了4634个EHF基因，宿主只包括果蝇和人类，病原体包括25种临床重要的病原体类型。

该数据库的检索方式只支持搜索框检索，包括Quick和Advancedsearch。搜索内容则包括以下4种：

（1）Gene/GeneProduct：基因名或基因ID编号

（2）Pathogen：病原体或所在物种分类

（3）Publication：文献相关PUBMED编号

（4）EHFPIAcc：EHFPI数据库编号
关于病原菌与宿主互作的数据库有很多，本次为大家介绍的是一些收录物种较多，用途广泛的数据库。

其中HPIDB2和PHI-base是两个收录物种最为齐全的库，不论大家研究的是什么物种都可以在这两个数据库中检索。

VirusMentha、VirHostnet是两个关于病毒与宿主互作的数据库，如果研究对象是病毒的话，这两个库是不错的选择。

EHFPI是关于必要宿主因子的数据库，如果对病原菌感染过程中宿主关键作用基因可以尝试使用该库。

数据库中HPIDB2、PHI-base和VirHostnet都提供了在线比对(Blast)的方法，如果研究的是一些非常见物种，可以使用相关序列进行搜索，查找近源物种相关互作基因。

当然还有一些专业的数据库，例如专门收录HIV与人类互作(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/retroviruses/hiv-1/interactions/)、专门收录Ralstoniasolanacearum与拟南芥互作的数据库(http://protein.cau.edu.cn/ppira/)等，在这里就不为大家一一介绍了。

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