matlab和超几何检验,用超几何分布检验做富集分析

我们可以直接使用R的bioconductor里面的一个包，GOstats里面的函数来做超几何分布检验，看看每条pathway是否会富集

我们直接读取用limma包做好的差异分析结果

setwd("D:\\my_tutorial\\补\\用limma包对芯片数据做差异分析")

DEG=read.table("GSE63067.diffexp.NASH-normal.txt",stringsAsFactors = F)

View(DEG)

我们挑选logFC的绝对值大于0.5，并且P-value小雨0.05的基因作为差异基因，并且转换成entrezID

probeset=rownames(DEG[abs(DEG[,1])>0.5 & DEG[,4]<0.05,])

library(hgu133plus2.db)

library(annotate)

platformDB="hgu133plus2.db";

EGID

length(unique(EGID))

#[1] 775

diff_gene_list

这样我们的到来775个差异基因的一个list

首先我们直接使用R的bioconductor里面的一个包，GOstats里面的函数来做超几何分布检验，看看每条pathway是否会富集

library(GOstats)

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