lammps建模技巧：msi2lmp转换data文件结构错位解决办法

大家好，我是小马老师。
本文讲解lammps data文件处理技巧。
在MS建模后，需要使用msi2lmp把car类型的文件转为lammps data文件，具体的方法已经介绍过多次：

但是，有时候模型在ms中显示没有问题，但是转换为data文件后结构会发生变化。
如下图模型是在ms中建立的纳米流体的一个模型：

转为data文件后，结果为：

本来三层的结构，现在变成了4层。

主要原因是在转换过程中，整体结构沿z方向发生了偏移，在周期性边界条件下，产生了看似混乱的结构，实际上，原子之间的相对关系并没有出错。

解决的办法也比较简单，在转换代码中加“-shift”命令。
“-shift“命令后分别设置x、y、z三个方向的偏移量即可。
如本例可使用：

msi2lmp layer -class I -frc cvff -shit 0 0 -20 >data.layer

或者简写为“-s":

msi2lmp layer -class I -frc cvff -s 0 0 -20 >data.layer

经过位置调整后，得到的新模型为：

此时，新的结构和ms结构就能保持一致了。
至于偏移量应该设多大，需要根据具体模型定，不断尝试就能得到比较合理的数值。

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