vardict使用说明

vardict是由perl写的、用于检测NGS数据变异的一款软件。在命令行中输入perl vardict.pl 就可以看到vardict的帮助信息。如下图所示。

在帮助信息中简明扼要地说明了vardict的几个优点。这些不去理会它，更关心如何使用，需要设置哪些参数。首先，需要设置参考基因组，这里选用hg38参考基因组。其次，需要设置样本名称。然后，设置等位基因频率阈值和待检测的已建立索引的bam文件。接下来，设置检测区域信息。默认为IGV中的refGene.txt文件，当然也可以指定bed文件。最后，设置检测结果输出方式。

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