Predict Binding Sites of Transcription Factor 富集分析

标题

**1.一般的来说，目前发现的2000个转录因子一般是分为基础性和调控性的，基础性有1300；基础的转录因子与RNA聚合酶一起和启动子区域特异性结合，发挥作用，开始转录；而特异性的一般是和增强子一起结合形成增强体，进而发挥复杂的生物学功效。
2.在学习中，我发现一般采用参照motif（转录因子模板）的位置权重矩阵对一段序列（一般是启动子区域的sequence）进行predict；
3还有就是对转录因子进行识别，因为毕竟并不是所有sequence匹配上的gene段都是binding sites，还需要更加精确和复杂的生物学构象才可以决定是否成为对应motify的结合区域，一般是对significance评估，设定阈值，筛选，得到靶序列。
ps:一般进行预测转录因子结合位点，可以上www.gene-regulation.com，可以免费预测。**

transcription factor的富集分析
是我最近看的一篇关于colorectal cancer基因芯片分析了解的，纯属个人观点，欢迎讨论~
1.首先和go，pathway富集一样，对筛选出来的显著基因进行累计超几何分布，或是Fisher精确检验等等的富集方法，FDR校正后卡阈值得到significant的转录因子集合位点；
2.对显著gene卡一个值p，具体根据研究和数据大小定，基因中启动子区域有超过p的筛出来；

Predict Binding Sites of Transcription Factor 富集分析相关推荐

canoco5冗余分析步骤_基因富集分析|理解
Gene Set Enrichment Analysis 基因富集分析哈罗大家好!ヾ(≧▽≦*)o 年初在和老板研究 Identifying Cell Subpopulations 有关的课题,发现 ...
单个基因集富集分析泡泡图绘制
富集分析是生物信息分析中快速了解目标基因或目标区域功能倾向性的最重要方法之一.其中代表性的计算方式有两种: 一是基于筛选的差异基因,采用超几何检验判断上调或下调基因在哪些GO或KEGG或其它定义的通路 ...
一个R包完成单细胞基因集富集分析（全代码）
singleseqgset | 单细胞RNA-Seq基因集富集分析 NGS系列文章包括NGS基础.转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这).ChIP-seq分析 (Ch ...
【富集分析】GO KEGG
RNASeq 第二章富集分析之GO和KEGG 文章目录 RNASeq 前言一.环境配置二.加载包三.差异分析 1.准备数据 2.分析 3. ID转换 4.差异基因筛选 5.保存对象三.GO分 ...
linux下的go富集分析,GO富集分析（转载）-Go语言中文社区
GO富集介绍每个基因都会对应有一个或多个GO term(也就是GO功能). 富集涉及到两个概念:前景基因和背景基因.前景基因就是你关注的要重点研究的基因集,背景基因就是所有的基因集.比如做两个样本对 ...
r语言进行go富集分析_GO富集柱状图
分析模块,输入差异基因GO富集分析结果,由分析模块"GO Enrichment Analysis"生成,输出GO富集结果柱状图. 输入: 差异基因GO富集分析结果文件,由分析模块& ...
生信常用分析图形绘制03 -- 富集分析圈图
有了R语言的基础,以及ggplot2绘图基础,我们的生信常用分析图形的绘制就可以提上日程了!本系列,师兄就开始带着大家一起学习如何用R语言绘制我们自己的各种分析图吧! 由于本系列的所有分析代码均为师兄 ...
R语言ggplot2绘图教程——Pathway富集分析气泡图
library(ggplot2) pathway = read.table("C://Users//Desktop//path.richFactor.head20.tsv",hea ...
GO富集分析可视化——柱形图和棒棒糖图
在RNA-seq的GO富集分析中,若遇到较多的基因一起拿去GO富集分析,此时得到的GO term玩玩很多,而且GO term还可以分为BP(Biological Process).CC(Cellula ...

Predict Binding Sites of Transcription Factor 富集分析

标题

Predict Binding Sites of Transcription Factor 富集分析相关推荐

最新文章

热门文章