OncoKB:肿瘤药物靶点相关基因组变异数据库
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OncoKB收集了肿瘤发生发展相关的,具有临床意义的基因组变异信息,对于每个变异,提供了其对应的生物学效应,药物互作,预后和治疗意义等详细信息,对应的文章链接如下
http://ascopubs.org/doi/full/10.1200/PO.17.00011
数据库的网址如下
http://oncokb.org/
该数据库以基因为中心,提供了每个基因上的变异,相关肿瘤类型,实验证据等信息,示意如下
根据实验证据的来源和可信度,划分为下图所示的不同等级
其中level1和level 2A是具有临床意义的基因组变异,通过Actionable Genes
菜单,可以查询基因组变异与药物的互作信息,示意如下
点击每个基因ID, 可以查看该基因上所有的基因组变异,分为两类
Clinically Relevant Alterations
All Annotated Alterations
以ABL1
为例,示意如下
通过Cacner Genes
菜单,可以查询肿瘤原癌基因和抑癌基因的列表,示意如下
除了查询功能外,该数据库还提供了命令行工具,用于注释自己的基因组变异信息,支持SNV, CNV, 融合基因等信息的注释,该工具名为oncokb-annotator, 网址如下
https://github.com/oncokb/oncokb-annotator
该数据库中的信息已经被整合到了cBioPortal中,可以帮助科学家们更好的开展肿瘤研究。
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