基因组变异对于 ceRNA 调控影响的数据库LnCeVar使用方法
lncRNA(long non coding RNA)发挥功能的方式,目前研究最多的还是ceRNA 的功能。经典的ceRNA调控网络是通过 lncRNA-miRNA-mRNA 来构建的。这个研究思路,相对来说已经很成熟了,如果要在这个方面研究的话,其实再加一些变化可能更好一些,毕竟成熟的思路就代表创新性少一些,而如果要加变化的话,由于 ceRNA 调控的原始还是序列的结合,所以最直接能加的还是看基因组变异对于ceRNA 调控的影响。所以这次给大家推荐一个基因组变异对于ceRNA调控影响的数据库:LnCeVar
地址见文末
数据库原理
所谓 ceRNA 就是一个 lncRNA 和一个 mRNA 都可以都可以结合同一个miRNA。由于 miRNA 和 mRNA 结合会抑制本身 mRNA 的表达,所以如果 lncRNA 可以结合一定的 miRNA,相当于就把 mRNA 释放出来进而促进其表达发挥功能了。
基于这个原理,这个数据库首先通过几个数据库来预测 lncRNA-miRNA 可能的调控作用(miRanda, TargetScan, RNAhybrid),进一步又使用两个数据库来预测miRNA-mRNA的相互调控作用(TarBase, miRTarBase)。这样寻找同样结合一个miRNA的 lnc 和 mRNA,那就有可能存在ceRNA调控关系,进而就获得了lnc-miRNA-mRNA的结果了。
PS:其实刚才预测lnc-mi的数据库完全可以用来预测mi-m。主要是TarBase和miRTarBase这两个数据库是基于实验结果来构建的数据库,所以结果更加准确一些。为了考虑结果的准确性就使用这两个数据库了。
作者通过以上方式构建好ceRNA调控网络之后,进一步的来了解基因组变异(SNP, 突变以及拷贝数)对于 ceRNA 调控网络的影响。对于SNP/突变对于ceRNA的影响,作者也不是简单的通过评选其结合能的变化来预测的。而是使用了一些测序的数据(千人基因组,TCGA,Cosmic),这样让结果更加的准确一些。
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