Gromacs g_mmpbsa结合能分析

利用g_mmpbsa 计算时的命令：
这里有一步法，也有三步法

三步法的命令：
a:计算真空中的势能
g_mmpbsa -f md_0_100_center.xtc -s md_0_100.tpr -n index.ndx -pdie 2 -decomp
产生两个文件energy_MM.xvg and contrib_MM.dat

b:计算极性溶剂化能
g_mmpbsa -f md_0_100_center.xtc -s md_0_100.tpr -n index.ndx -i …/polar.mdp -nomme -pbsa -decomp
产生两个文件polar.xvg and contrib_pol.dat

c:计算非极性溶剂化能
g_mmpbsa -f md_0_100_center.xtc -s md_0_100.tpr -n index.ndx -i …/apolar_sasa.mdp -nomme -pbsa -decomp -apol sasa.xvg -apcon sasa_contrib.dat
产生两个文件sasa.xvg and sasa_contrib.dat

一步法的命令
g_mmpbsa -f md_0_100_center.xtc -s md_0_100.tpr -n index.ndx -i …/pbsa.mdp -pdie 2 -pbsa -decomp
选择1和13组，即蛋白和配体

然后是利用python 脚本计算
python MmPbSaStat.py -m energy_MM.xvg -p polar.xvg -a apolar.xvg (or sasa.xvg)
得到full_energy.dat 和 summary_energy.dat
里面有总能量以及随时间各项的能量变化。

Gromacs g_mmpbsa结合能分析相关推荐

gromacs 安装_GROMACS：粗粒化力场建立和模拟上线！
粗粒化分子动力学(Coarse Grained Molecular Dynamics, CGMD)方法是近几年来发展起来的一种可以在介观尺度上描述分子体系演变过程的计算机模拟方法.相比于传统分子动力学 ...
GROMACS知识问答
本文来源:"分子动力学"公众号链接:https://mp.weixin.qq.com/s/lg7tuIcsvG1j53egha70yg 问:我在用gromacs计算rmsf时出现 ...
自由能计算专题3：gromacs计算自由能的7种方法案例
前言本教程以甲烷在水中的溶剂化自由能和配体与受体蛋白质结合自由能为入门和进阶例子对使用分子动力学模拟方法来计算自由能的常见方法给出了示例,教程不会过多讲解各种计算自由能方法原理和分析原理,关于自由能 ...
Android 应用进行性能分析/APP/系统性能分析
如何对 Android 应用进行性能分析记录一下自己在使用DDMS的过程:开启AS,打开并运行项目找到TOOL/选择Android Device Monitor 一款 App 流畅与否安装在自己 ...
深入理解 Java 虚拟机-如何利用 VisualVM 对高并发项目进行性能分析
来自:好好学java 前面在学习JVM的知识的时候,一般都需要利用相关参数进行分析,而分析一般都需要用到一些分析的工具,因为一般使用IDEA,而VisualVM对于IDEA也不错,所以就选择Visua ...
mysql profiling表_Mysql-性能分析（profiling 工具）
Mysql-性能分析(profiling 工具) 说明 profiling 工具可以用来查看sql语句的执行时间,可以用来查看sql语句的详细执行过程基本命令 1.查看profiling的开启情况, ...
GROMACS运行参数整理（二）
Gromacs运行参数中文注释中文注释仅供参考!!! GROMACS运行参数整理(一)点击打开链接 9.Temperature couplingtcoupl = ; 指定耦合方法no ;不使用ber ...
GROMACS运行参数整理（一）
Gromacs运行参数中文注释中文注释仅供参考!!! 1.Preprocessinginclude = ... ; 指定拓扑结构目录 define = ... ; 预处理控制拓扑文件-DPOSRES ...
GROMACS运行参数之em_real.mdp文件详解
GROMACS(5.1.4)教程:蛋白质配体复合物官网:点击打开链接李老师博客:点击打开链接蛋白质配体复合物模拟能量最小化过程中需要用到输入文件em_real.mdp,现对里面的各种编辑项目做简 ...

Gromacs g_mmpbsa结合能分析

Gromacs g_mmpbsa结合能分析相关推荐

最新文章

热门文章